長期以來，處在統治階級壓迫下的奴隸們紛紛起義，宗教的勢力也逐漸衰減。西藏高原出現了王族割據的局面。這種紛爭的局面持續了三四百年之久。

在這些割據的王族中，只有四個王族勢力較大，這就是前藏的拉薩王系、后藏的亞澤王系、山南地區的雅隆覺王系和阿里及拉達克地區的阿里王系，其中以阿里王系的勢力最強盛，所以這段時期又稱為阿里王朝時期。

阿里王朝是達磨贊普的曾孫赤吉德尼瑪貢所創立。到1038年，由于政治相對穩定，尼瑪貢的接班人、古格王智光派人到盂加拉禮聘高僧阿狄夏迪巴卡拉來傳法。后者在1042年到達西藏。他是一位佛法高深的僧人，對天竺古代醫學當然也有精深的理解，盡管他到達阿里時巳經年屆花甲，但他仍努力弘揚佛法，使佛教的理論得到系統化和規范化的發揚，從而被尊稱為“佛尊”。佛教再度興盛，是為西藏古代佛教的“后弘期”。

這樣又過了相當一段時間，到13世紀初，薩迪地區的政權強盛起來了。此時，中原地區巳經建立起蒙古族統治的元王朝，元太宗窩闊臺派次子闊端西征。薩迦的花教教主貢哩堅參代表西藏地區勢力與闊端會見，表示愿意歸順。1270年，元世祖在京接見薩選教主八思巴（1235—1280)，并冊封他為“大室法王”，賜給金印，還把當時全藏十三萬戶地方歸由他統轄，是為薩迦王朝，這是西藏地方正式歸入中國的統一版圖的開始。八思巴對于維護祖國的統一、繁榮經濟、穩定政治形勢、發展包括藏醫學在內的西藏文化做出了很大的貢獻。

公元1354年，山南地區帕姆竹的萬戶長練丘堅贊(1302—1364)起兵，推翻了信奉花教的薩迦王朝的統治，建立一個政教合一的、信奉白教的帕姆竹王朝，受到明王朝的承認和冊封。到第五代法王札巴堅參時，宗喀巴創建了黃教，得到法王的贊許。當時正值明王朝初建，釆取懷柔政策，與邊疆各民族和平相處。在西藏，廣泛設立溪卡的封建莊園。這說明，西藏社會已經由奴隸制進入封建農奴制。這些對于西藏地區政治穩定、經濟繁榮、文化發展起到一定的保證作用。

在這樣一個政權頻繁更迭的社會里，人們難于比較安定地從事一種專業的研究，因而不容易出現象前一階段吐蕃時期那種劃時代的經典巨著。但這種局面對醫學也有其另一種積極的作用，就是不同環境中的醫學家會提出不同的見解，出現了互相爭鳴的局面，從而進一步促進了學術的繁榮和進步。

當阿狄夏來到阿里王朝以后，他進一步帶來古印度的醫學。首先自己編譯了一些醫著，包括《頭部傷的固定治療》、《壯陽補精甘露秘方》。另外，他還帶來了印度吠陀壽命醫學的重要醫著《八支藥方》及其注釋本《月光》，從而進一步促進了藏印醫學的交流。

北方學派以朗杰札桑(1394—1475)為代表。他出生在昂仁縣，曾系統地學習過佛學、語言、文學、天文、歷算和醫學，并拜著名的拜珀東喬勒朗杰和班欽納吉仁欽為師，受到明王朝冊封為大司徒，對醫學尤其精通，醫學著作很多，比較有名的包括：《八支集要如意珠寶》，共120卷，對《根本醫典》的注釋《本論注議義明燈》和《釋論注甘露河流》、《小疏義顯》、《后論釋難萬想如意》、《醫學寶匣》、《詞意顯明》等。另外，他還著有一些短小的醫論，如《三百六十種醫法辨析》、《醫學根本續明燈》、《九絕疲分辨》、《奇幻口訣書信》、《醫生問答獅戲》等等。在這些醫著中，他根據經典著作的教誨，通過本身的實踐，作了個人的發揮，創制了不少新方。他還根據北方自然條件的特點，氣候、地形以及特殊的生活方式，進行經驗總結、辨別藥物，尤其擅長用溫熱性的藥物對北方常見的一些疾病，包括風寒濕引起的風濕病進行治療。也較擅長用艾灸療法及放血術。

南方學派的出現比北方學派略晚，其代表人物為舒卡年姆尼多吉，他1439年出生于前藏塔波拉妥舒卡，又名達磨沙米底歐卻吉，父親是一位醫生，他除學習家傳的醫療知識和經驗外，還從汀頓旺丘桑布、阿旺札巴等人學習醫學及五明學，當時才10歲。14歲時，他曾與北方學派的名醫彌易尼瑪互相學習，討論醫學問題，據說在16歲左右就已學有所成，著成一部《千萬舍利》，其意為以一顆舍利總訣千萬個重要醫學問題，自此聲名大噪。以后，又陸續著成《四部醫典廣注水晶彩函》、《四部醫典問難銀鏡》、《格言陽光》、《自他皆益的教誨》等等。他曾經與山南塔貢地區的涅、洛、恰、埃、娘、工布的醫生們在一起，對自己所著的《珍寶藥物形態識別》、《藥昧鐵發》、《甘露池》、《甘露庫》等著作中的藥物，就性味、功效、本質、主治病證、作用等進行講解和論述，從而使這一地區的醫學空前繁榮。

總之，在年姆尼多吉創立南方學派之后，人才輩出，尤其對《四部醫典》的研究，深有心得和發揮。除了這兩大學派之外，藏區還有一些其他的學術流派。如在宗教派別中的薩迦派、噶舉派、格魯派中，也各出了不少名醫，如察瓦宮卻嘉、葛瑪讓窮多吉等等，都各有自己的著作。在藏歷第10個繞迥木羊年出生的直貢卻吉札巴(公元1595—1659)，又繼承了南方學派各師長的遺訓，苦練技術，著有《四部醫典注文》和論述一千零一種定數對策的《言教美飾》、記載珍寶大黑丸的記錄《賢者歡喜》、治療風濕病的《保壽救命》、治水腫的《秘密管引》等共25類上百種配方，成為一個直貢學派。