清朝對新疆實施統(tǒng)治后，對新疆境內(nèi)采取三種不同的政治制度：①在南疆維吾爾族聚居地區(qū)仍然沿用伯克制，只是廢除了世襲制，規(guī)定各級伯克占有不同數(shù)量的土地以及附屬于這些土地上的農(nóng)戶，各級伯克對依附的農(nóng)民擁有進行勞役制剝削的封建特權;②在烏魯木齊附近及以東的地區(qū)，除哈密以外，實行同于內(nèi)地的府縣制;③對于蒙古貴族和歸附清朝較早的哈密、魯克沁等地的維吾爾族頭目則實行札薩克制與封以親王之類的爵號，擁有世襲領地。這個時期維吾爾族地區(qū)處于封建地主經(jīng)濟發(fā)展階段。有些地區(qū)還保留著農(nóng)奴莊園制度。

在新疆南部地區(qū)，占人口8%以地主、富農(nóng)，卻占有40～50%的土地，而占人口92%的農(nóng)民，只有少量土地或沒有土地。主要剝削形式為伙種對分。農(nóng)民種地主土地，只能分得產(chǎn)量的30～50%，還要替地主交納田賦雜稅，每年必須為地主作無償勞役。靠近城鎮(zhèn)的地主，用實物地租剝削農(nóng)民。南疆的墨玉、庫車、阿克蘇有完整的農(nóng)奴莊園。農(nóng)奴主被稱為“和加”(意為圣人后裔)，占有大量土地和各種農(nóng)奴。他們可以隨便買賣農(nóng)奴或把農(nóng)奴作為禮物贈送。

按等級給份地，每戶要有2至4個勞動力為農(nóng)奴主服勞役。一些喪失土地和其他生產(chǎn)資料的農(nóng)民紛紛淪為雇工，受到殘酷的剝削和壓迫，并出現(xiàn)了養(yǎng)子長工、贅婿長工。由于南疆地區(qū)的絕大部分耕地靠昆侖山、喀喇昆侖山和天山雪水灌溉，地主則壟斷水源，利用掌握水權對農(nóng)民進行水租剝削，或收取苛捐雜稅，甚至有意破壞水源以達到兼并農(nóng)民土地的目的。

維吾爾族地區(qū)的地主經(jīng)濟，又往往和宗教統(tǒng)治相結(jié)合。宗教上層占有大量土地、房產(chǎn)、水磨，通稱“瓦合甫”。他們利用掌握的“瓦合甫”，與世俗地主相勾結(jié)，進行封建剝削。宗教稅有“吾守爾”糧，稅率為收獲物的十分之一;“扎卡特’’稅，稅率為全年產(chǎn)品四十分之一。買賣房屋、田產(chǎn)、典押、借貸、繼承、遺囑、宰牲、訴訟等都要交稅，名目繁多，使廣大勞動人民過著十分貧窮、落后和悲慘的生活。生產(chǎn)工具十分簡陋，生產(chǎn)力低下，很多農(nóng)村瀕于破產(chǎn)的邊緣，而國民黨的反動統(tǒng)治和橫征暴斂，更加速了這種進程。

維吾爾族有經(jīng)營農(nóng)業(yè)的悠久傳統(tǒng)，對于植棉和園藝尤其具有豐富經(jīng)驗。新疆最遲在南北朝(420～589)時代就已大量種植棉花，內(nèi)地大量種植棉花是在元朝(1279～1368)以后，而植棉技術傳入內(nèi)地的道路之一就是新疆。在新疆由于有發(fā)達的園藝業(yè)，很多地區(qū)都出產(chǎn)大量的、品種繁多的瓜果，獲得了瓜果之鄉(xiāng)的美譽。其中特別著名的有和田地區(qū)的核桃、水蜜桃，皮山縣的石榴。英吉沙縣的巴丹杏仁，阿圖什縣的無花果，伽師縣、麥蓋提縣和鄯善縣的甜瓜，庫爾勒縣的番梨，庫車縣的杏干和包仁杏，吐魯番縣的無核葡萄和葡萄干，伊犁地區(qū)的蘋果以及呼圖壁縣的西瓜，等等。特別是吐魯番的無核葡萄和葡萄干、庫爾勒的香梨以及鄯善等地的甜瓜近些年來遠銷國外，在國際上贏得了美好的聲譽。

維吾爾族的手工業(yè)有悠久的歷史傳統(tǒng)和精湛的技藝。特別著名的有和田地區(qū)的地毯和絲綢，莎車縣的巴克衫綢，喀什市的繡花小帽，伊寧市的莫合煙和長筒皮靴。

庫車縣的“砍土曼”(一種鐵制農(nóng)具)，烏魯木齊市的烏修爾鐮刀等。尤其是和田至若羌一帶素以出產(chǎn)美玉而著稱。和田玉種類甚多，以“白如截脂、黃如蒸粟、紅如雞冠、紫如胭脂、墨如點漆”者為上品。歷史悠久的玉雕造型別致，制作精美，是中國民族工藝美術品中的一支鮮花。和田的地毯圖案精美，色澤鮮明，作工精細，經(jīng)久耐用，暢銷國內(nèi)外。英吉沙縣和庫車縣制作的小刀，刀刃鋒利，刀柄和刀鞘鑲嵌精美，深受人們的喜愛。

1949年9月，中國人民解放軍第一野戰(zhàn)軍向甘肅河西地區(qū)勝利進軍。同年9月25日和26日，駐新疆的國民黨軍隊將領陶峙岳和新疆省政府主席包爾漢宣布起義，新疆和平解放。

同年10月，中國人民解放軍一兵團在司令員的率領下進駐新疆，與三區(qū)革命軍會合。三區(qū)革命軍改編為第五軍。同年12月，成立了新疆省人民政府，根據(jù)《中國人民政治協(xié)商會議共同綱領》，結(jié)合新疆的具體情況，制定了施政方針。1952年夏季，在農(nóng)村完成了減租反惡霸運動;1953年底完成了土地改革。從1953年起先后建立9個民族鄉(xiāng)、7個民族區(qū)、6個自治縣和5個自治州，于1955年10月1日建立了新疆維吾爾自治區(qū)。1957年，全區(qū)完成了社會主義改造。

40多年來，國家在人力、財力、物力等方面給新疆地區(qū)以巨大支援，雖然經(jīng)歷過曲折的道路，但經(jīng)過維吾爾族和各族人民一道辛勤勞動，各方面發(fā)生了巨大的變化，特別是十一屆三中全會以來，生產(chǎn)迅速發(fā)展，維吾爾族和各族人民的生活有了顯著改善。

1950—1988年新疆用于基本建設的投資累計330億元。其中60 %來自中央。經(jīng)過投資建設，初步形成了相對獨立的國民經(jīng)濟體系。經(jīng)濟格局發(fā)生了歷史性的變化。單一的農(nóng)牧經(jīng)濟結(jié)構正在向綜合經(jīng)濟結(jié)構轉(zhuǎn)變;封閉型經(jīng)濟開始向外向型經(jīng)濟轉(zhuǎn)變;自然經(jīng)濟與計劃經(jīng)濟正在向商品經(jīng)濟的市場經(jīng)濟轉(zhuǎn)變。1990年新疆維吾爾自治區(qū)工農(nóng)業(yè)總產(chǎn)值達207.6億元。

鋼鐵、煤炭、石油、電力、有色金屬、汽車、農(nóng)牧業(yè)機械、紡織、制革、制糖、木材加工等現(xiàn)代工業(yè)崛起于天山南北。農(nóng)、林、牧、副、漁、鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)連續(xù)發(fā)展。商業(yè)流通、對外貿(mào)易出現(xiàn)了新局面。新疆利用沿邊優(yōu)勢、其對外開放的步伐在內(nèi)陸省份中最快。隨著新疆對外開放步伐的加快，一個高速發(fā)展的現(xiàn)代地區(qū)將在亞州大陸腹地崛起。