闖王李自成手下的部將，有能力者還是很多的，不然他也不會一路勢如破竹的攻入明朝帝都。其手下主要將領有四位，他們分別為：劉宗敏、李過、高一功、李來亨。劉宗敏，陜西藍田人，是普通的鍛造工人出身。劉宗敏是李自成大軍的中堅力量，他曾多次幫助李自成渡過危難，闖軍攻打北京城一役劉宗敏擔任的是北路指揮使。李自成入主北京城之后，劉宗敏的自信心膨脹，在京城干出了很多昏庸的事，其中影響最大的就是他強占了吳三桂的小妾陳圓圓，導致吳三桂降清，間接地導致了李自成大軍的失敗。劉宗敏為人殘暴、自大，匪氣很重，李自成曾經讓劉宗敏出戰山海關，劉宗敏卻當面頂撞李自成，大致的意思是“同樣是土匪，憑什么你享福我拼命”。順治二年，劉宗敏被清廷俘虜殺害。

李過，李自成的侄兒，李自成戰敗失蹤后，闖軍推舉李過做他們的首領，做首領的李過就改名為李錦。李過率領李自成殘部繼續與滿清朝廷進行抗爭，但是由于李過此人勇武有余，智謀不足，再加上分裂后的闖軍謀士的缺少，所以抗清的道路艱難。最終，李過在敗退廣西的時候病逝。高一功，高桂英的弟弟，李自成的小舅子，他是李自成起義的忠實擁護者，同時對李自成有著救命之恩。在李自成敗退北京城之后，高一功與李過一同進行抗清活動。在李過病死之后，高一功率殘部向貴州轉移的途中，遭遇孫可望的狙擊，戰死。

李來亨，李過養子，從小隨著李自成南征北戰，勇猛好戰，素有謀略，人稱“小闖王”。李自成失敗后，他隨李過一同抗清，李過死后，他率部出走，自立大旗，繼承“闖王”稱號，繼續與清廷進行抗爭。李來亨率領的軍隊被稱為“十三家軍”，他的抗清時間在李自成的部將中是最長的。直到康熙三年，“十三家軍”才被清軍剿滅，李來亨自焚而亡。

李自成死后，其所建立的大順政權便很快的分崩離析，其麾下的各大將軍帶著手下各自為戰，企圖分散清軍注意力，為自己爭取茍延殘喘的時間，但是最終還是沒有逃過被清廷一一剿滅的命運。大順軍隊分裂后，繼續轉戰長江以南，在戰斗途中，他們與當時在福建建立政權的唐王朱聿鍵合作。在朱聿鍵的幫助下整合人馬，成立了一個10萬多人的起義軍隊，史稱“忠貞營”，表明了他們對于大順政權的忠貞，李自成的老婆高桂英也在其中擔當重要職位。

但是，此時的天下以不是以前的那個腐朽不堪的政權所統治的了。此時滿清大軍剛剛攻下北京城，一個新的王朝剛剛建立。攻下北京城的滿清大軍銳氣正盛，裹脅著這股銳氣的清軍一路以摧枯拉朽之勢蕩平了中原大地之上的反抗勢力。失去依靠的“忠貞營”只好且戰且退，轉戰廣西，但由于軍士水土不服，使得軍中瘟疫橫行，導致轉戰的“忠貞營”非戰時損失大幅度上升。

除了外部的軍士大幅減員，軍中高層內部的矛盾也漸漸擴大，此時的高桂英已經不幸戰死，起義軍沒有了主心骨，各大部將為了爭權導致矛盾不斷。直到起義軍的最重要的一名元老級人物李過去世，軍中爭權奪利達到頂峰。最終，李過之子，素有“小闖王”之城的李來亨率兵分裂出去，繼續與清兵進行抗爭，其余部眾很快被清兵剿滅。最后，李來亨的部隊在與清朝抗爭十幾年之后也被剿滅，至此，李自成所有部眾全滅。