1271年，忽必烈定國號為大元，正式即位為皇帝，并開始實施南下攻打南宋的計劃。此時南宋占據著臨安(今天的杭州)等地，忽必烈極其需要一條通道，來把南方的糧食運到北方。

蒙古人作為騎在馬背上的游牧民族，一向慣于陸地作戰，他們向南方進軍時，亦聰明地懂得如何利用海洋——他們不僅收納了背叛的南宋海軍，擁有規模龐大的海洋戰艦，大型的海洋貨船;還從另一條看起來更不可能的途徑——海盜——得到了幫助，建立了從東南亞至波斯灣的海外貿易，以及一個穩定的海上糧食運輸系統。

國初海運自朱張長江出海口處有幾個島嶼，其中最大的一個為崇明島。崇明島四面環水，易守難攻，13世紀的時候已不受宋朝政府的控制，成為海盜的自由天堂。13世紀中葉，此地有兩個著名海盜：朱清和張瑄，他們率眾“嘯眾剽劫”，販賣私鹽，擄掠富商巨舶，最多時曾糾集海盜近千人，船只五百艘，活動范圍南至通海，北至膠東半島和萊州灣，后被南宋招安。

1273年，朱清和張瑄背叛南宋，成為元水軍的重要力量，朱清被授予代理管軍千戶的武職。三年后，兩個前海盜接到了一個任務：運送南宋庫藏。那一年，元軍攻占了臨安，南宋降臣建議丞相伯顏把南宋的庫藏，包括檔案、圖表、祭祀器具都運送到當時元朝的首都元大都來，以備修宋史時用。但當時的淮東地區仍在南宋將領的控制之下，所以，伯顏想到了海道運輸，他將此任務交給朱清和張瑄，并獲成功。

六年之后，通過大運河運到北京的糧食遲遲不到，而且內河糧運的運費昂貴，伯顏因而想起1276年經海道搬運宋室庫藏的事。

伯顏將此法上報忽必烈后，忽必烈權衡了不同漕運方案的利弊得失，決定采納丞相伯顏的建議，下令建造60艘海船，招募大量熟悉海上情況的船工、船員，任命朱清、張瑄為海道運糧萬戶，負責海上漕運。

1282年元朝政府的60艘平底船建造已畢，在朱清和張瑄的主持下，漕船在今天的江蘇省太倉縣瀏河裝糧，大船裝載1000石，小船裝載300石，60艘平底海船共裝運漕糧4.6萬石。船隊離開港口以后，經揚州，過海門縣以東的黃連沙咀和萬里長灘，然后向西北航行，到達淮安、鹽城縣，再往北行，沿著漫長的海岸線一直北上，在今天的山東榮成地區折轉向西航行，到達登州古港，繼續西行進入今天的海河口，整個航程歷時四個多月，所有糧食于1283年3月到京。數目雖不足觀，卻有了一個很好的開端——這次航行證明了海路運輸糧食的可行性。當時張晃為有一句詩“國初海運自朱張，百萬樓船渡大洋”，就是形容當時海上運糧的情景。

出航成功使得元朝統治者對海上漕運更加重視，至元二十年(1283年)，朝廷建造漕船2000艘，至元二十二年(1285年)，又增加了3000艘，全部投入漕糧運輸。海運漕糧的數量逐年增加，到了至元二十七年(1290年)，漕糧年運量達到了159萬石。

此時忽必烈正一心想入侵日本和占婆(今越南南部)，需要大量船只和水手，而且當時元朝的經濟力量還無法建造適合大量運輸大宗貨物的平底船。所以他決定依賴商人和海盜來完成這危險的海上航行。

他把組織人員運糧的任務全權交給朱清和張瑄。兩人有選擇人員的權力，甚至不經朝廷的批準就可授予官職。13世紀80年代早期，建造一艘排水量在1000料(料為古代測舟船之載重單位)的大船的花費，大約是100錠，而1000擔米的運費是170錠，利潤如此之高，海路商人們當然不會錯過時機。因此朱清和張瑄手下馬上聚集了鹽商、鹽工、船主，漁民、漕運官員和水手幾萬人，兩人也邀請東南沿海的海盜加入。

這項政策給了商人巨大的利潤空間，鼓勵商人多方參與，最后糧食運輸取得空前成功。半個多世紀里，海路都是元大都糧食供應的主要途徑，到1341年達到了最高峰，運送米的數量達360萬石，在中國的歷史上是空前的。

1287年朱清疏浚婁江(今瀏河)，開劉家港海道通往直沽，朱張二人和他們手下的船員移居到此，這個默默無聞的小村莊，一夜之間成了一個繁忙的港口，琉球、日本、高麗商船也進港貿易，劉家港遂有“六國碼頭”之稱。

盛極而衰當時私人出海經商受到嚴格限制，一經發現全部家財都會被沒收。但朱清和張瑄派出的商船是個例外，因為他們的貿易得到朝廷和高官的默許。朱張二人還可以自己印刷紙幣，與官方發行的紙幣相比，只是紙張稍黑而已。

兩個前海盜做得“盡職盡責”，因此也分享到不少與日本、朝鮮和東南亞國家貿易的利潤。據《元史?食貨二》記載：“具船給本，選人入番貿易諸貨，其所獲之息，以十分為率，官取其七，所易人得其三”，可見70%的利潤返回朝廷，商人得到另外的30%。

朱張二人的權力很快就從海上擴展到陸地，成了中國東南部最富有、最有權勢的人，13世紀80年代，太倉出了100多位高官，12個人官至萬戶侯，64個千戶，還有40個百戶，其中大多數是朱張二人的子侄和親戚。

而朱清本人更是權傾一時，元大德四年(1300年)，他被擢升為江南行省左丞，執掌元朝的漕運大權。《續資治通鑒?元紀》上說兩家“宗戚皆累大官，田園館舍遍天下，巨艘大舶交諸番中，車馬填塞門巷”。

月盈則虧，常常有官員向上遞折子，對他們提出指控。但因著他們縱橫大海的能力，元朝統治者不僅沒有懲罰朱張二人的飛揚跋扈，還發布公告，宣稱朝廷對他們完全信任。當時忽必烈就對丞相完澤說：“朱張有大勛勞，朕寄股肱，卿其卒保護之。”

1303年，忽必烈之子鐵木耳病重，皇后攝政，有人抓住這個機會控告朱張二人謀逆。謀逆在當時是不可恕的重罪，皇后下詔將朱清、張瑄及其家人押解到北京，朱清一怒之下自殺，張瑄和他的兒子文虎被處死。

此后，朱張二人的財產，包括海上的船艦、陸上的土地和家中珠寶都被充公。為處理兩人的財產，朝廷特意設置了欽差大臣，兩人生前富甲一方，光核對和追查隱藏的財產就花費了6年功夫。

雖然朱清和張瑄被處死了，他們的財產也被沒收，但是元朝統治者并沒有按照傳統對謀逆罪的處置，進行“株連九族”，更沒有處理跟著他們進行貿易活動的其他人。這在朝廷是有著復雜考量的——對于元朝來說，海路不能完全禁絕，放過朱張二人的家人和屬下，可以靠這批熟手小范圍地繼續保持海上貿易活動，海路糧食運輸也不會受到太嚴重的損傷。

但不管如何，朝廷不會讓個人再如此大權在握，中飽私囊了。二人死后，朝廷將海運收歸官有，在朱清和張瑄的時代，監管海上貿易的官員至少有4個萬戶侯，24個千戶，他們死去一年之后，平江路(今蘇州附近)的長官接管了海上運輸的任務，大大簡化了行政程序，只設達魯花赤一員，萬戶二員，副萬戶三員。千戶所按地區劃分，改為11處，只設達魯花赤、千戶和副千戶。

朝廷的經營困境機構設置雖有改善，但在運營海上貿易方面，政府遠遠趕不上朱清和張瑄，為了保持運輸量，政府不得不雇傭(很多時候是霸占)私人的船艦，1309年5月北京發生饑荒，政府急需20萬石米來挽救饑饉的災民，結果運輸過程中困難重重。

浙江地區的長官遞交的報告中記載了這些困境，他寫到，在以前，朱清和張瑄控制海上糧食運輸的時候，每年的運輸量從四五十萬擔慢慢增長到每年一百萬擔，運輸的船只總是綽綽有余，運費也很公平，而到了1309年，稅收和苛捐繁重，私人船主陷入困境，為了逃避重稅紛紛躲了起來，結果，運輸糧食的船只遠遠不足。為了湊足船數，官員們不得不遠到福建等地來“征用”船只……

這位官員同時提到，澉浦的楊氏家族擁有船只，并且熟悉水路，他請求朝廷，任命澉浦楊氏為掌管海上運輸的萬戶，利用他們海上運輸的經驗，使得海上運輸順利進行。

這些情況，讓蒙古統治者開始重新思考：把海上糧食運輸收歸官辦到底對不對？

1310年，或許是因為張瑄孫子的請求，或許是因為北方的饑荒迫切要求朝廷重新啟用張瑄家族。總而言之，這一年，皇帝對朱清和張瑄給予平反，令張瑄的長子掌管對日本的貿易。盡管如此，要馬上運糧挽救饑饉已經為時較晚了。

1310年，糧食安全運到天津港之后，皇帝專門派了一名欽差趕到天津，祭祀海神娘娘，感謝海神對船隊的保佑。第二年，朱清一個精明強干的手下成功組建了八百只船的艦隊，并且押送了2773266石米到北京，此次運糧數量之多，今天來看也是一個奇跡。

經過這些事之后，元朝統治者意識到海上運輸的復雜性，再次提升了海上運輸官員的職位。從名臣柳貫的一段記載中可以看出朝廷有多依重他們：這些官員可以佩戴虎頭金牌，出行的時候可以乘坐三匹馬拉的馬車，每個城市的地方官員對他們畢恭畢敬……

澉浦楊氏家族朱清和張瑄之后，另一個著名的被招安海盜家族，是澉浦楊氏家族。

楊氏家族在宋朝就從事海上貿易。其中心人物楊發和朱清、張瑄一樣受到南宋招安，后又投靠元朝。

1277年，忽必烈仿效宋朝，在現在的寧波、上海和澉浦設立了三個市舶司，全部歸楊發管轄，楊家很快搬到海鹽縣澉浦鎮地區居住。4年之后，這里就變成了東南亞的重要商品集散地。意大利人馬可?波羅曾至澉浦，在其游記中寫道：“這里是一個優良的港灣，所以從印度來的貨船，經常都在這里停泊”。

朱清和張瑄倒臺之后，1311年，因“澉浦楊家等有舟，且深知漕事”，楊發被封為海道運糧都漕萬戶，得到了更多的海上遠行和貿易機會。

楊發死后，他的兒子楊梓繼續他的事業。楊梓早年主要從事與日本和高麗等國的海上貿易，1293年曾隨元兵南征爪哇(今屬印度尼西亞)，楊梓因為熟悉海路和東南亞風土民情，被任命為宣慰司官，隨大臣伊克穆蘇負責軍事導航，前往招諭，勝利歸來后，以功受封為安撫總司，后又任杭州路總管。

楊梓的兒子楊樞是中國著名的航海家，曾到達波斯灣附近的忽魯模斯(霍爾木茲)，這是鄭和下西洋的主要目的地，鄭和在第三次下西洋時方才到達。

楊樞下西洋，比起鄭和來早了111年。1301年，19歲的楊樞被委任為官本船的代理人，遠赴印度洋經營海外貿易，歸來時在波斯灣忽魯模斯港停泊時，曾遇波斯合贊王派出的使者那懷等人。那懷于1303年到達中國，在大都覲見元成宗后，又請求再乘楊樞的海船返回波斯，元朝特封楊樞為忠顯校尉、海運副千戶，授予佩帶金符，讓他以官員身份護送那懷一行回國。

1304年初冬，楊樞護送那懷一行出發，旅途歷經艱險，風暴一再阻礙他們的行程，直到1307年船隊才安全抵達忽魯模斯港，完成使命。

朝廷對海洋貿易的壟斷被打破之后，海洋貿易進一步發展，從事此行的商人可以享受奢華的生活，楊氏家族更以鋪張排場著稱，同時他們還布施寺院，印刷佛經，楊家修建的寺廟遍布浙江和江蘇。

雖然元朝統治者允許商人們擴展海上貿易，但是盡可能多地任命蒙古人來進行此項事業，朱清和張瑄的下屬都被朝廷嚴密監控，楊家在海上的空間越來越小。楊梓則開始醉心戲曲創作，他在家中收養了100多個戲子，隨時可以排演他的新劇本。這在當時聞名一方，元代姚桐壽的《樂郊私語》記載：“楊氏家僮千指，無有不善南北歌調者”，“海鹽少年，多善歌樂府，皆出于澉川楊氏”，即可見一斑。

他所創作的戲曲里，暗暗反映了楊氏家族的不滿。流傳至今的《下高麗敬德不伏老》寫唐代名將尉遲恭遭黜后重新任用;《承明殿霍光鬼諫》寫西漢時大司馬霍光忠于皇室，生前竭力輔佐，死后“為國家呵一靈兒不散”，還以鬼魂進諫。雖然這些戲劇遵循中國正統戲劇的套路宣揚忠君，還是隱隱流露出不平之聲。

從某種意義上說，楊氏家族取代了朱清和張瑄的地位，但元朝統治者對他們的管理更加嚴格。楊家的唯一權力就是征召進行海上貿易的商人，他們沒有得到朱張那樣的高官顯爵，直到朱清和張瑄倒臺之后才有機會得到重用。但是與朱張家族不同的是，楊氏家族的奢華生活一直延續到元朝結束，明朝的開國皇帝朱元璋才將他們鏟除。

被遺忘的良法元朝統治者鼓勵商人從事海上運輸，事先付給高額運費，這種運輸體系，可以讓普通百姓免服運輸糧食的徭役，政府也不必增加負擔增設官僚結構來管理，號稱“一代之良法”。《元史》上說“民無挽輸之勞，國有儲蓄之富”。

因此，除了朱清和張瑄倒臺后那段時間，元朝一直實行這種政策——利用海盜和商人來運輸糧食。元朝統治者征募海上商人的做法大大刺激了造船業。在1294年，可造出的最大的船也不過裝載1000擔米，隨著海上運輸的增多，船的承載量越來越大。到了1314年，最大的船可以裝載8000到9000擔米，最小的船也可裝載一兩千擔，可見船只及其載重量的進步。

在鼓勵海運的同時，元朝統治者也沒有忘記陸運，為了航運順利，1289年，元世祖下令開鑿會通河，起自東平路須城縣(今山東東平)，至臨清抵達御河，全長250多里，建閘門31道。兩年后，在郭守敬建議下，忽必烈又用二百八十多萬勞工，開鑿了通惠河。元政府對入河船只的載重做出限制。初開會通河時，只允許150料的船只通過，商人們建造的船慢慢增長到300-400料甚至500料，這是朝廷付給商人高額運費，刺激商人建造船只的結果。但卻造成了不良結果——因為航行船只過多，大運河上船舶的運輸速度則減慢了。

但可惜的是元朝的海運政策沒有被明朝繼承，到了明代，劉家港和澉浦兩個繁榮的海外貿易港口很快沉寂下來，被人遺忘。