他以日本支持胡惟庸造反為由，于洪武二十年(1387年)果斷地斷絕了跟日本的往來。把日本列為“不庭之國”，永遠不準日本來中國貿易，并把這寫入了傳給后世子孫萬世不變的《皇明祖訓》中。正是在這同一本《祖訓》中，日本還被列入了永不攻打的十五國之一。

甲午海戰、馬關條約、南京大屠殺……中國跟日本有著說不清的恩怨情仇。如果當初朱元璋攻打日本的計劃付諸實施，也許……

中國與日本在地理上一衣帶水，自古以來就是唇齒相依的鄰邦，歷史上有過漫長的蜜月期，如漢唐。也有過水火不容的時候，后者最典型的莫過于元朝時忽必烈的兩征日本，其聲勢浩大，規模可謂空前。但恐怕很少有人知道，在明初建國的時候，雄才大略的朱元璋也有過進攻日本的打算。

“倭寇”是明朝的關鍵詞之一，“倭患”一直貫穿了整個大明王朝。盡管在后期有諸如戚繼光、俞大猷等名將的一力抗擊，但是一直要到德川幕府17世紀，連續三次發布鎖國令的時候，“倭寇”才真正意義上在我國東南沿海絕跡，“倭患”也才真正解決。

早在朱元璋統治的洪武時期，倭寇就長期在我國東南沿海地區騷擾。據統計，洪武年間有記載的倭寇入侵達44次之多，而且其中大部分集中在洪武十四年之前，平均每年超過兩次。為了解決這個問題，朱元璋可謂殫精竭慮，絞盡腦汁。

洪武元年，他派永嘉侯朱亮祖鎮守廣東，在沿海要地設置衛所，派兵防守，同時發國書給日本諸國(當時日本正處于分裂的“南北朝”時期)表達了自己希望與日本諸國建立睦鄰友好關系，一起消滅倭寇，共享太平之福的愿望。但當時的日本幕府將軍足利義詮以“倭寇乃九洲海賊所為，日本政府根本就不知道”為由予以搪塞。洪武二年，著眼于長遠利益的朱元璋又派楊栽等七人出使日本，并親自寫了一封措辭嚴厲的信威脅“倭寇”。

接到信后，日本國的懷良親王大怒，斬殺明使五人，其他的悉數扣留，朱元璋的這一次交涉毫無成果可言。洪武三年三月，不死心的朱元璋又派萊州府同知趙秩等再次出使日本。趙秩經過一番驚險的周旋和唇槍舌劍后，終于軟化了懷良親王的立場。懷良親王派和尚祖來捎帶了大量的貢馬和土特產向明朝“奉表稱臣”，而且還送還了七十多個被倭寇抓去的中國人。朱元璋十分高興，在皇宮設宴款待日本來使，并賞賜了大量的財物。考慮到日本人普遍信仰佛教，朱元璋還派了八個和尚護送祖來回國。但是朱元璋對當時的日本缺乏最起碼的認識，他高估了懷良親王的影響力，懷良親王只是一個親王而不是國王，他的意志并不能代表整個日本國的意志，那么當時最有勢力的日本國王是怎么想的呢？說來還真是湊巧，這位仁兄的想法正好與懷良親王相反，他并不認為跟中國交好是一件多么急切而急需解決的事。于是這次曾給朱元璋帶來希望的交涉就這樣再次擱淺。

后來日本國也有一些零零散散的朝貢，但因為這些多是地方實力派官員貪圖大明朝的賞賜而搞的私人活動，沒有正規的表文和印信，所以朱元璋都不怎么搭理。洪武十三年，日使再次來貢，情況同前幾次一樣也是沒有表文，但帶了一封日本征夷將軍源義滿的奉丞相書，文章寫得極其囂張，朱元璋看后很不開心，便拒絕了日本的朝貢。洪武十四年日本再次來貢，朱元璋又一次推卻，并讓禮部寫了一封信責備日本國王和他們的那個征夷將軍：“王居滄溟之中，傳世久長，今不奉上帝之命，不守己分，但知王環海為險，限山為固。妄自尊大，肆毀鄰邦，縱民為盜。上帝將假手于人，禍有日矣。吾奉至尊之命，移文與王。王若不審巨微，效井底蛙，仰觀鏡天，自以為大，無乃構嫌之源乎？”。

日本不甘示弱，也回了一封極其強硬的信，而且文采斐然：“臣聞三皇立極，五帝禪宗，惟中華之有主，豈夷狄而無君。乾坤浩蕩，非一主之獨權，宇宙寬洪，作諸邦以分守。蓋天下者，乃天下之天下，非一人之天下也。臣居遠弱之倭，褊小之國，城池不滿六十，封疆不足三千，尚存知足之心。陛下作中華之主，為萬乘之君，城池數千余，封疆百萬里，猶有不足之心，常起滅絕之意。夫天發殺機，移星換宿。地發殺機，龍蛇走陸。人發殺機，天地反覆。昔堯、舜有德，四海來賓。湯、武施仁，八方奉貢……”

朱元璋看了這封表文大怒，史載“帝得表慍甚”，但考慮到元朝兩次出征日本損兵折將的前車之鑒，朱元璋忍住了這一口惡氣。雖然如虎將李文忠者也曾建議朱元璋征日本以雪前恨，但朱元璋在深思熟慮之后還是沒有率領大明朝的舟師東渡。

不過這一件事后，朱元璋改變了以往企圖交好日本的策略，而改為在內部積極設防，在沿海各地加強防守和衛所建設等，盡量減少倭寇造成的損失。最后他以日本支持胡惟庸造反為由，于洪武二十年(1387年)果斷地斷絕了跟日本的往來。把日本列為“不庭之國”，永遠不準日本來中國貿易，并把這寫入了傳給后世子孫萬世不變的《皇明祖訓》中。正是在這同一本《祖訓》中，日本還被列入了永不攻打的十五國之一。