公元前99年(天漢二年)，李陵出擊匈奴，兵敗投降，漢武帝大怒。司馬遷為李陵辯護(hù)，觸怒了漢武帝，獲罪被捕，被判宮刑。“人固有一死，或重于泰山，或輕于鴻毛，用之所趨異也。”(《報(bào)任安書》)為了完成父親遺愿，司馬遷含垢忍辱忍受“宮刑”。公元前96年(太始元年)，獲赦出獄，做了中書令，掌握皇帝的文書機(jī)要。他發(fā)憤著書，全力寫作《史記》，大約在他55歲那年，終于完成了全書的撰寫和修改工作。司馬遷以其“究天人之際，通古今之變，成一家之言”的史識(shí)，成就了《史記》——中國(guó)歷史上第一部紀(jì)傳體通史。

大臣們都譴責(zé)李陵不該貪生怕死，向匈奴投降。漢武帝問太史令司馬遷，聽聽他的意見。司馬遷說(shuō)：“李陵帶去的步兵不滿五千，他深入到敵人的腹地，打擊了幾萬(wàn)敵人。雖然打了敗仗，可是殺了這么多敵人，也可以向天下人交代了。李陵不肯馬上去死，準(zhǔn)有他的主意。他一定還想將功贖罪來(lái)報(bào)答陛下。”

武帝聽了，認(rèn)為司馬遷這樣為李陵辯護(hù)，有意貶低李廣利(李廣利是漢武帝寵妃李夫人的哥哥)，便勃然大怒，說(shuō)：“你這樣替投降敵人的叛徒強(qiáng)辯，是不是存心反對(duì)朝廷？”便把司馬遷下了監(jiān)獄，交給廷尉處理。司馬遷被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄以后，案子落到了當(dāng)時(shí)臭名昭著的酷吏杜周手中，杜周嚴(yán)刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對(duì)酷吏，他始終不屈服，也不認(rèn)罪。司馬遷在獄中反復(fù)不停地問自己：“這是我的罪嗎？這是我的罪嗎？我一個(gè)做臣子的，就不能發(fā)表點(diǎn)意見？”不久，有傳聞?wù)f李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。

第二年漢武帝殺了李陵全家，處司馬遷死刑。但是漢朝的死刑要免死的話可以接受兩條路，要不交50萬(wàn)錢，要不接受宮刑，宮刑是個(gè)奇恥大辱，污及先人，見笑親友。

司馬遷被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄以后，案子落到了當(dāng)時(shí)名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴(yán)刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對(duì)酷吏，他始終不屈服，也不認(rèn)罪。司馬遷在獄中反復(fù)不停地問自己“這是我的罪嗎？這是我的罪嗎？我一個(gè)做臣子的，就不能發(fā)表點(diǎn)意見？”不久，有傳聞?wù)f李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。

據(jù)漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法：一是拿五十萬(wàn)錢贖罪，二是受“腐刑”。當(dāng)時(shí)司馬遷官小家貧，只好“腐刑”贖罪。(這里說(shuō)的“腐刑”就是指司馬遷下身被閹割)，服刑后終才保全了性命。

后來(lái)司馬遷在《報(bào)任少卿書》中提及此事中說(shuō)道：“遭遇此禍，重為鄉(xiāng)黨所戳笑，以污辱先人，亦何面目復(fù)上父母之丘墓乎，雖累百世，垢彌甚耳，是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知其所往，每念斯恥，汗未嘗不發(fā)背沾衣也。”在獄中，又備受凌辱，“交手足，受木索，暴肌膚，受榜棰，幽于圜墻之中，當(dāng)此之時(shí)，見獄吏則頭搶地，視徒隸則心惕息”(司馬遷《報(bào)任安書》)。幾乎斷送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集資料，說(shuō)：“人固有一死，或重于泰山，或輕于鴻毛。” 要寫部有關(guān)歷史書的夙愿，因此為了完成《史記》的寫作，忍辱負(fù)重，希望出現(xiàn)一線轉(zhuǎn)機(jī)。司馬遷認(rèn)為受腐刑是一件很丟臉的事，他幾乎想自殺。但他想到自己有一件極重要的工作沒有完成，不應(yīng)該死。因?yàn)楫?dāng)時(shí)他正在用全部精力寫一部書，這就是我國(guó)古代最偉大的歷史著作——《史記》。

原來(lái)，司馬遷的祖上好幾輩都擔(dān)任史官，父親司馬談也是漢朝的太史令。司馬遷十歲的時(shí)候，就跟隨父親到了長(zhǎng)安，從小就讀了不少書籍。為了搜集史料，開闊眼界，司馬遷從二十歲開始，就游歷祖國(guó)各地。他到過浙江會(huì)稽，看了傳說(shuō)中大禹召集部落首領(lǐng)開會(huì)的地方;到過長(zhǎng)沙，在汨羅江邊憑吊愛國(guó)詩(shī)人屈原;他到過曲阜，考察孔子講學(xué)的遺址;他到過漢高祖的故鄉(xiāng)，聽取沛縣父老講述劉邦起兵的情況……這種游覽和考察，使司馬遷獲得了大量的知識(shí)，又從民間語(yǔ)言中汲取了豐富的養(yǎng)料，給司馬遷的寫作打下了重要的基礎(chǔ)。以后，司馬遷當(dāng)了漢武帝的侍從官，又跟隨皇帝巡行各地，還奉命到巴、蜀、昆明一帶視察。

司馬談死后，司馬遷繼承父親的職務(wù)，做了太史令，他閱讀和搜集的史料就更多了。在他正準(zhǔn)備著手寫作的時(shí)候，就為了替李陵辯護(hù)得罪武帝，下了監(jiān)獄，受了刑。他痛苦地想：這是我自己的過錯(cuò)呀！我受了刑，身子毀了，沒有用了。但是他又想：從前周文王被關(guān)在羑里，寫了一部《周易》;孔子周游列國(guó)的路上被困在陳蔡，后來(lái)編了一部《春秋》;屈原遭到放逐，寫了《離騷》;左丘明眼睛瞎了，寫了《國(guó)語(yǔ)》;孫臏被剜掉膝蓋骨，寫了《兵法》。還有《詩(shī)經(jīng)》三百篇，大都是古人在心情憂憤的情況下寫的。這些著名的著作，都是作者心里有郁悶，或者理想行不通的時(shí)候，才寫出來(lái)的。我為什么不利用這個(gè)時(shí)候把這部史書寫好呢？

于是，他把從傳說(shuō)中的黃帝時(shí)代開始，一直到漢武帝太始二年(公元前95年)為止的這段時(shí)期的歷史，編寫成一百三十篇、五十二萬(wàn)字的巨大著作《史記》。司馬遷在他的《史記》中，對(duì)古代一些著名人物的事跡都作了詳細(xì)的敘述。他對(duì)于農(nóng)民起義的領(lǐng)袖陳勝、吳廣，給予高度的評(píng)價(jià);對(duì)被壓迫的下層人物往往表示同情的態(tài)度。他還把古代文獻(xiàn)中過于艱深的文字改寫成當(dāng)時(shí)比較淺近的文字。人物描寫和情節(jié)描述，形象鮮明，語(yǔ)言生動(dòng)活潑。

司馬遷寫的《史記》，不僅內(nèi)容翔實(shí)可靠并且文字生動(dòng)優(yōu)美，文字寫的栩栩如生，因此也是一部了不起的文學(xué)著作。因此，《史記》是一部偉大的歷史著作。公元前96年(太始元年)漢武帝改元大赦天下。這時(shí)司馬遷50歲，出獄后當(dāng)了中書令，在別人看來(lái)，也許是“尊寵任職”，但是，他還是專心致志寫他的書。直到公元前91年(征和二年)，《史記》全書完成，共得130篇，52萬(wàn)余字