清順治三年(1646年)，波雅科夫率領殘部經馬亞河、阿爾丹河進入勒拿河，逃回雅庫次克。波雅科夫回去后揚言，只要派兵300，修上3個堡寨，就能征服黑龍江。波雅科夫帶回的有關黑龍江流域的情報和他提出的武力侵入黑龍江流域的打算，引起了沙俄 當局的重視和贊許。

順治六年(1649年)，雅庫次克長官派哈巴羅夫率兵70名從雅庫次克出發，于這年末侵入黑龍江，強占中國達斡爾頭人拉夫凱的轄區，其中包括達斡爾頭人阿爾巴亞的駐地雅克薩城寨(今黑龍江左岸阿爾巴金諾)，遭到當地人民的抵抗。哈巴羅夫將同伙交由斯捷潘諾夫率領，自己回雅庫茨克求援。次年夏末，哈巴羅夫率領138名亡命之徒，攜3門火炮和一些槍支彈藥，再次侵入黑龍江，強占雅克薩城，不斷派人四出襲擊達斡爾居民，捕捉人質，擄掠婦女，殺人放火。九月底，哈巴羅夫又率領侵略軍200余人，侵入黑龍江下游烏扎拉河口(今宏加里河)中國赫哲人聚居的烏扎拉村，強占城寨，蹂躪當地居民。英勇的赫哲人民奮起抗擊，并請求清政府予以支援。

順治九年(1652年)二月，清政府令寧古塔章京(官名)海包率所部進擊，戰于烏扎拉村，打死沙俄侵略者10人，打傷78人。清順治十五年(1658年)六月，寧古塔都統沙爾瑚達率戰艦40艘同侵略軍激戰于松花江下游，殲敵270人。

順治十七年(1660年)寧古塔將軍巴海率水軍破敵于古法壇村，斬首60余級，溺水死者甚眾。經過中國軍民的多次打擊，侵入中國黑龍江流域的俄國侵略軍一度被肅清。后來，沙俄侵略勢力又到雅克薩筑城盤踞。清政府雖多次警告，都無濟于事。在同沙俄的長期交涉中，清朝皇帝看到，若非“創以兵威，則罔知懲畏”，于是決意征剿。同時也認識到，“昔發兵進討，未獲翦除”的原因，一是黑龍江一帶沒有駐兵，從寧古塔出兵反擊，每次都因糧儲不足而停止。二是沙俄侵略軍雖為數不多，但由于“筑室散處，耕種自給”，加上尼布楚人與之貿易，故使其得以生存。于是造成“我進彼退、我退彼進，用兵不已， 邊民不安”的局面。

針對這種情況，康熙采取恩威并用、剿撫兼施的方略，即發兵扼其來往之路，屯兵永戍黑龍江，建立城寨，與之對壘，進而取其田禾，使之自困。同時再輔以嚴正警告。

如果侵略軍仍執迷不悟，則堅決予以翦滅。為此，康熙采取了一系列措施，加強邊防建設，準備剿滅沙俄侵略軍：偵察地形敵情，派兵割掉侵略軍在雅克薩附近種植的莊稼，又令蒙古車臣汗斷絕與俄人的貿易，以困憊和封鎖侵略者;屯戍要地，康熙二十一年(1682年)十二月，決定調烏喇(今吉林市北)、寧古塔兵1500人往黑龍江城一帶，駐扎愛琿、呼瑪爾(今呼瑪南)。后鑒于兩處距雅克薩路途遙遠，令呼瑪爾兵改駐額蘇里(今俄斯沃特德內西南)。次年七月，寧古塔副都統薩布素率軍進駐額蘇里。九月，確定在愛琿筑城永戍，預備炮具、船艦。同時派烏喇、寧古塔兵五六百人、達呼爾(今黑龍江嫩江縣境)兵四五百人，調往愛琿一帶;修整戰具，設置驛站，運儲軍需。這些措施，適合當時東北邊防斗爭的需要和特點。

這是因為黑龍江至外興安嶺地區距東北腹地遙隔數千里，同沙俄這樣的入侵者斗爭，單靠當地人民的部落武裝是無法制止其侵略的。必須籌劃全邊，扼要屯兵戍衛，在適當地點控制一定兵力作機動，才能對付沙俄飄忽不定的反復侵擾。為此，需要建立相當數量的驛站和糧站，開辟水陸交通線和籌集運輸工具，從而保障反擊作戰的勝利，并在反擊勝利后建立一條較完整的邊界防守線，才有利于長期的邊防斗爭。

康熙二十二年(1683年)九月，清勒令盤踞在雅克薩等地的沙俄侵略軍撤離清領土。侵略軍不予理睬，反而率兵竄至愛琿劫掠，清將薩布素將其擊敗，并將黑龍江下游侵略軍建立的據點均予焚毀，使雅克薩成為孤城。但侵略軍負隅頑抗。康熙二十四年(1685年)正月二十三日，為了徹底消除沙俄侵略，康熙命都統彭春赴愛琿，負責收復雅克薩。

四月，清軍約3000人在彭春統率下，攜戰艦、火炮和刀矛、盾牌等兵器，從愛琿出發，分水陸兩路向雅克薩開進。五月二十二日抵達雅克薩城下，當即向侵略軍頭目托爾布津發出通牒。托爾布津恃巢穴堅固，有兵450人，炮3門，鳥槍300支，拒不從命。清軍于五月二十三日分水陸兩路列營攻擊。陸師布于城南，集戰船于城東南，列炮于城北。二十五日黎明，清軍發炮轟擊，侵略軍傷亡甚重，勢不能支。托爾布津乞降，遣使要求在保留武裝的條件下撤離雅克薩。經彭春同意后，俄軍撤至尼布楚(今涅爾琴斯克)。清軍趕走侵略軍后，平毀雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根(今黑龍江嫩江)屯田，加強黑龍江一帶防務。

沙俄侵略軍被迫撤離雅克薩后，賊心不死，繼續拼湊兵力，圖謀再犯。康熙二十四年(1685年)秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。當獲知清軍撤走時，侵略軍頭目托爾布津率大批沙俄侵略軍再次竄到雅克薩。俄軍這一背信棄義的行為引起清政府的極大憤慨。次年初，康熙接到奏報，即下令反擊。

七月二十四日，清軍2000多人進抵雅克薩城下，將城圍困起來，勒令沙俄侵略軍投降。托爾布津不理。八月，清軍開始攻城，托爾布津中彈身亡，改由杯敦代行指揮，繼續頑抗。八月二十五日，清軍考慮到沙俄侵略者死守雅克薩，必待援兵，且考慮隆冬冰合后，艦船行動、馬匹糧秣等不便，于是在雅克薩城的南、北、東三面掘壕圍困，在城西河上派戰艦巡邏，切斷守敵外援。

侵略軍被圍困，戰死病死很多，826名侵略軍，最后只剩66人。雅克薩城旦夕可下，俄國攝政王索菲亞急忙向清請求撤圍，遣使議定邊界。清答應所請，準許侵略軍殘部撤往尼布楚。雅克薩反擊戰結束后，雙方于康熙二十八年(1689年)七月二十四日締結了《中俄尼布楚約》，規定以外興安嶺至海格爾必齊河和額爾古納河為中俄兩國東段邊界，黑龍江以北，外興安嶺以南和烏蘇里江以東地區均為清朝領土。