耶穌會士到中國后，他們與“東林黨”關系非常密切。他們的結合是道德層面的，而非信仰層面。萬歷二十三年(1595)顧憲成、高攀龍、錢一本的東林講學。無錫東林書院是宋代楊龜山的講學遺址。經十年講學，各方官紳紛紛來此聚會，成為規模，于是重修東林書院。書院在學術上尊程朱，反陸王，用“白鹿洞學規定法程。……闡提性善之旨，以辟陽明子天道證道之失。”但其實書院的宗旨在議政不在論學。黃宗羲《明儒學案·顧憲成》說：“故會中亦多裁量人物，訾議國政。亦冀執政者聞而藥之也。天下君子以清議歸于東林，廟堂亦有畏忌。”參加東林議政的很多是進士翰林，在中央和地方有盤根錯節的勢力，他們的輿論構成一股民間政治力量。

東林的勢力在江南和北京。來華耶穌會士主要也經營這兩個地區，而且也正是利用儒家士大夫作傳教工具。這樣，東林黨政治運動和天主教傳教運動就很自然地聯系起來了。這方面有歷史記錄。十七世紀巴爾托利(Bartoli，1608-1685)的一部《耶穌會歷史》說：徐光啟、李之藻、楊廷筠都在東林書院主講過。神父們對東林黨表現出巨大熱情，大力稱贊東林書院的道德標準。同時，“書院的幾乎所有成員都對基督教表現出極大的友好感情。”東林黨和天主教關系密切的說法可以得到中文資料的證明。鄒元標為東林講學的健將，與顧憲成、趙南星并稱為“三君”。他與耶穌會士早有交往，利瑪竇托郭居靜攜書信去見他，談得很好，并按規矩還信給利瑪竇，明確地引他們為思想盟友。其《愿學集·答西國利瑪竇》曰：

得接郭仰老，已出望外，又得門下手教，真不啻之海島而見異人也。門下二三兄弟，欲以天主學行中國，此其意良厚。仆嘗窺其奧，與吾國圣人語不異。吾國圣人及諸儒發揮更詳盡無余，門下肯信其無異乎？中微有不同者，則習尚之不同耳。門下取《易經》讀之，干即曰統天，彼邦人未始不知天。不知門下以為然否。

天啟、崇禎年間，首輔沈一貫、葉向高、韓偏向天主教，徐光啟被起用負責治歷和防邊，許多天主教徒被重用，像王征、孫元化、李天經、張燾、瞿式耜、陳于階等，形成一個“西學集團”。西學集團和東林黨在許多方面并不相同。“東林講學，遙執朝政”。而入教者通常都不像東林黨那樣富有政治激情，而是靠翻譯和鉆研科學立身，對西學本身更感興趣。西學集團與東林黨在精神上確實有相通之處，在利益上也是聯系的，但這基本上是道義的聯盟。謝和耐說：

東林黨，籠統的講是整個東林運動，和傳教士接近是因為尊重同樣的倫理道德。大家贊揚的勇敢精神、在不幸和苦難中的堅強性以及倫理道德嚴格性，這些既是東林黨人所希望的善行，又是優秀基督徒們的行為。但我們還應進一步說，把東林黨人與傳教士聯系起來的似乎是他們觀點和利益的一致性。他們都與宦官、佛僧及其盟友們為敵。他們對于佛教一直向文人界發展而感到惱火，都反對與事實沒有任何關系的空頭哲學討論，支持與他們有關紳士們的社會責任觀相吻合的實用儒家，關心帝國的防務及其財政狀況等。東林黨人只會感到與傳教士們意氣相投。

西學集團和東林黨人在道義上相投，但在政治權力的爭奪方面，天主教徒并不像東林黨那樣熱衷。天啟四年，葉相高、韓先后被罷去相位，魏忠賢的附黨魏廣微用同年之誼來拉攏徐光啟，任他為禮部右侍郎，徐光啟觀望事態，明智地沒有就任。崇禎二年，閹黨被除，徐光啟為此覺得不光彩，在《再瀝血誠辯明冤誣書》中說清楚這一段歷史;“魏廣微……秉政之日，數與人言，促臣赴任，而臣年余不至。謂臣不入牢籠。”這事說明徐光啟未卷入黨爭，比較慎重，也說明他和他周圍的西學人物與爭權奪利的官場若即若離。查繼佐《罪惟錄·徐光啟》說：“時廷臣酷水火，光啟中立，不逢黨。故此(指用孫元化、王征等人的方案)置之若忘之。獨天子知其學主自盡，將之以誠，不任氣，特手敕以原官兼東閣大學士，參與機務。”因為徐光啟是基督徒，所以比較超然于黨爭。崇禎任用徐光啟是因為他有歷學、水利、農事和制炮的真才實學。他任用的其他西學人物也多半是修歷、造炮、練兵的專家，憑技術和專業知識效國。

天主教徒掌握了“西學”。東林黨人對天主教“西學”中的科學技術不感興趣，但對其道德倫理和熱衷。這是一個有趣的現象。馮應京被視為東林運動的先驅，通過利瑪竇《交友論》、《二十五言》等西方式的道德哲學，堅定了他政治態度，并差最后一步而沒有加入教會，成為教徒。相似的情景發生在后來的葉向高、鄒元標、張問達、馮琦等東林人物身上。黨派斗爭需要對敵勇氣和內部忠誠，在贈給利瑪竇等人的詩文中，東林人物對耶穌會士身上表現出的忠誠、嚴謹、熱心、犧牲給了最多的稱贊。這些都是東林黨人急需的。東林黨人都是忙得沒空治學的人，但他們需要建立自己的政治哲學來主導全國，基督教神學一度成了他們的參照。

通常，中國的皇帝通過學校、科舉、翰林制度，用儒學(在明代是宋明理學)來建立意識形態，教導民眾。“君”與“師”，“政”與“教”合一。明中葉以后，政事荒廢，王學解放人心，政治上和道德上都失去了往日的權威。人們必須重建權威。東林黨在民間爭取政治權威，他們還必須確立一種道德權威。整個明末，儒道佛三家的知識分子都在提倡自己的學說。有主張“氣節”、“師誼”，有主張“性情”、“赤子之情”，也有主張“實學實干”的，總之這是一個學在民間，諸說并起的時代。具有豐富道德內容的天主教神學受到東林黨的注視是很自然的。在葉相高《首善書院記》中就表示書院宗旨在民間砥礪道德精神，而不在學問。他所“講學者必有素常學問之人，高不知學，何以為辭？……余乃言曰：古之所謂教學，則庠序學校盡之矣。當其時里黨之所肄習，師儒之所修明，舍三德六行五倫之外，無他物也。自鄒魯興，齦齦于洙泗鳧繹之區，始言心言性，言道德仁義，而其指歸不出于孝弟。”東林書院、首善書院，他們想把學校改造成古代的道德場所。

在《三山論學記》中，艾儒略和葉向高等談及西方政教體系，講教會和國家分權：“我歐羅巴人國主之外，蓋有教化主(教皇)，其職專以誘。國主傳子，教化主傳賢。國主為君，教化主為師。若然，則二柄難于兼合。即泰西亦慮之矣。”討論國家政治體制改革，是當時東林黨人最感興趣的熱門話題，他們就基督教本質向耶穌會士廣泛咨詢，以期對西方經驗有所借鑒。“(葉)文忠所疑難十數端，多吾輩意中喀喀欲吐之語，泰西氏亦迎機解之”。文藝復興以后，西歐還沒有完成徹底的“政教分離”，但“政教兩立”、“信仰自由”的雛形已具，意大利、法國、德國都已出現民間文化的趨勢。東林黨人對此現象感興趣，說明他們的意識中復活了像古代儒家那樣擔當民間道德權威的野心。“國主傳子，教化主傳賢”、“君”與“師”分，“傳子”與“傳賢”的說法很符合明儒“道統”與“政統”相分的理論。東林時代把西方學說理想化，蓋有其由。

東林黨中的許多重要人物都與天主教有關系。《先撥志始》錄有“東林同志錄”、“東林點將錄”，是一份由閹黨擬定的黑名單，其中就有“天魁星及時雨葉向高”、“天罡星玉麒麟趙南星”、“天微星九紋龍韓”、“天傷星武行者鄒元標”、“地強星錦毛虎馮從吾”、“天巧星浪子錢謙益”、“地然星混世魔王熊明遇”等，他們都有與天主教交往的明確記錄。