天啟年間，東林黨由于扶持熹宗即位有功而命運(yùn)出現(xiàn)了轉(zhuǎn)機(jī)，當(dāng)時(shí)的首輔劉一景、葉向高，吏部尚書趙南星，禮部尚書孫慎行，兵部尚書熊廷弼，都是東林黨人或東林黨的支持者，可以說(shuō)明朝的軍事、政治、文化、監(jiān)察和人事大權(quán)全都被東林黨人掌握，他們從在野的清流成為了主持朝政的主要力量，《明史》記述此時(shí)“東林勢(shì)盛，眾正盈朝”。按理說(shuō)，這是他們治理國(guó)政的最佳時(shí)機(jī)。然而此時(shí)，東林黨人與閹黨集團(tuán)之間因朝政爭(zhēng)論相互攻擊達(dá)到不可調(diào)和的地步。

閹黨是以魏忠賢為核心人物的宦官集團(tuán)。熹宗不喜歡管理朝政，只喜歡木工，經(jīng)常沉溺于此，不覺(jué)厭倦。而魏忠賢總是等熹宗做木工的時(shí)候故意拿出一大堆奏章出來(lái)讓熹宗批閱，而熹宗這時(shí)總是不耐煩地讓魏忠賢去處理，時(shí)間長(zhǎng)了，朝中大小事務(wù)都要先請(qǐng)示魏忠賢，魏忠賢也就執(zhí)掌了朝政大權(quán)，被東林黨排斥的齊、楚、浙諸黨爭(zhēng)相依附形成了強(qiáng)大的力量。魏忠賢排斥異己、收羅爪牙，建立了遍布各地的特務(wù)網(wǎng)絡(luò)。朝中巴結(jié)魏忠賢的人也越來(lái)越多，魏忠賢被人稱為“九千歲”。

閹黨的行為引起了正直官員的痛恨。楊漣上書陳述魏忠賢的二十四條罪狀，但是反而被罷官，從此，魏忠賢就對(duì)東林黨人恨之入骨。天啟五年(1625)，魏忠賢對(duì)東林黨采取了殘酷的鎮(zhèn)壓行動(dòng)，他借熊廷弼事件，誣東林黨的左光斗、楊漣、周起元、周順昌、繆昌期等人有貪贓之罪，大肆搜捕東林黨人，許多著名的東林黨人冤死獄中。天啟六年，魏忠賢又殺害了高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應(yīng)升7人，東林書院被限期全部拆毀，講學(xué)亦告中止。

曾經(jīng)掌握朝政的東林黨，在短短四年后就被宦官魏忠賢驅(qū)盡殺絕，全部覆沒(méi)，這主要是由于他們?cè)谡莆照?quán)的時(shí)候坐失良機(jī)。作為當(dāng)權(quán)的群體力量，他們沒(méi)有趕快拿出一套行之有效的治國(guó)方案，又對(duì)閹黨喪失警惕，提出了一個(gè)“籠絡(luò)群閹”的錯(cuò)誤政策，姑息養(yǎng)奸，試圖勸告魏忠賢不要干政，這顯然是沒(méi)有用處的。面對(duì)著日益強(qiáng)大的閹黨，他們不用武力做后盾，在閹黨步步緊逼的時(shí)候，一味息事寧人，妥協(xié)退讓，所以很快喪失了在朝中的優(yōu)勢(shì)地位，被閹黨輕而易舉地消滅。

崇禎帝朱由檢即位后，懲處了魏忠賢為首的閹黨集團(tuán)，同時(shí)昭雪平反東林黨人冤案，并下旨修復(fù)東林書院。東林黨人雖然又一度入閣，但不久，到袁崇煥被捕治罪以后，東林黨人又被迫退出內(nèi)閣。

從表面上來(lái)看，明朝的統(tǒng)治者消滅了一群不安分子，保證了當(dāng)權(quán)者的權(quán)位，是統(tǒng)治者的勝利，但是對(duì)王朝而言，與其說(shuō)是凱歌不如說(shuō)是挽歌，像東林黨人這樣不惜一己安危，用自己的信念和道義來(lái)扶持王朝，挽救世道，最后卻被他們所信任和效忠的統(tǒng)治者所屠殺。一個(gè)封建王朝到了靠屠殺忠臣以維持一時(shí)的所謂“穩(wěn)定”時(shí)，這個(gè)王朝的末日也就來(lái)臨了。萬(wàn)歷皇帝(包括之前之后的一些皇帝)利用宦官掌握政權(quán)，打擊奉法的士大夫，一些有識(shí)之士縱有憂國(guó)憂民之心，也束手無(wú)策。明朝皇帝可以說(shuō)是自毀長(zhǎng)城。

然而歷史是公正的，東林黨人并沒(méi)有因?yàn)橐粫r(shí)受當(dāng)權(quán)者的打擊而被歷史所掩蓋。盡管東林黨人自身帶有很多局限性，并不是完美的，甚至是有很多缺陷的，但是近代以來(lái)，東林書院一直被廣大人民所愛(ài)護(hù)，并在官方和民間多種力量的支持下多次修繕，成為愛(ài)國(guó)人民，尤其是愛(ài)國(guó)知識(shí)分子的瞻仰憑吊之地。人們看到顧憲成撰寫的那副對(duì)聯(lián)，就會(huì)聯(lián)想到東林學(xué)者提倡的關(guān)心國(guó)事、廉潔奉公、關(guān)心民生的優(yōu)秀學(xué)風(fēng)，以及抗擊權(quán)貴、革新時(shí)弊的不屈斗爭(zhēng)精神。