《元史》由于編修時間倉促，而且出于眾手，使它不可避免地存在許多不足之處，歷來就遭到學者們的非難。同時也因為它多照抄史料，所以保存了大量原始資料，使它具有比其他某些正史更高的史料價值。元朝的13朝實錄和《經世大典》已經失傳，部分內容只是靠《元史》才得以保存下來。《元史》的本紀和志占全書一半，而本紀又占全書近1/4，保存了大量失傳的史料。列傳部分，由于元代史館的資料就不完備，漢人(特別是文人)常有碑傳資料可以參考，而一些蒙古名臣的資料常常無處可找，因此立傳的不及一半。就列傳中的蒙古、色目人而言，其中一部分人已沒有別的史料可供參考，后世對這些在當時很有影響的歷史人物的事跡只有通過《元史》才能了解。《元史》的編修者違反一般的修史慣例，把一些儒家學者認為不值一提的史實也記入《元史》。如本紀中記載作佛事，禮樂志中記載游皇城，列傳則把佛教、道教人物排在最前面，其次是方伎傳。這些內容雖還有悖慣例，但恰恰反映了元代真實的社會情況，對研究金朝、元朝時期佛教，尤其是道教各流派的情況提供了重要資料。

《元史》存在的不足也是很多的。就資料而言，在長期戰亂之后，史籍散失很多，一時難以征集，很難完備，已經收集到的資料，限于翻譯條件，也沒有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、檔案等等，都是很大的缺憾。所指出的問題主要是：隨得隨抄，前后重復，失于剪裁;又不彼此互對，考定異同，時見抵牾。如本紀或一事而再書，列傳或一人而兩傳。同一專名，譯名不一。史文譯改，有時全反原意。沿襲案牘之文，以致《河渠志》、《祭祀志》出現了耿參政、田司徒、郝參政等官稱而不記其名。又據案牘編宰相年表，僅刪去其官銜而不予考訂，以致有姓無名。

《元史》列傳照抄碑志家傳之類，取舍不當之處甚多。改寫紀年的干支，竟有誤推一甲子六十年的情況，使史實完全錯亂。史料中沒有具體廟號的皇帝，改寫時弄錯的例子甚多，如將太祖誤為太宗，太宗誤為太祖，憲宗誤為世祖，世祖誤為憲宗等。纂修人對前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有軍號、郡名，《地理志》述沿革，卻寫成某州已改為某軍、某郡之類。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帳不曠”，由后代后妃世守以享用其歲賜，《后妃表》編者竟據此名單列為某一皇帝的妻妾。如此等等。所以清人錢大昕嘲笑“修《元史》者，皆草澤腐儒，不諳掌故”，因此下筆“無不差謬”。

不過，由于《元史》的編纂距元朝滅亡只有一兩年時間，元朝的一些史料，當時還沒有得到。像大將常遇春攻克開平，俘獲元順帝北逃時帶走的史料，因是洪武三年六月，《元史》已二次修成。這些史料就來不及引用了。又因當時的編纂人不懂蒙古文，考訂的功夫也不夠，造成《元史》中出現了不少問題，如有的應立傳而無傳，甚至開國勛臣的傳記也有缺略;有的一個人立有兩傳。至于史實錯誤，譯音不統一等，就更不勝枚舉。因此，閱讀《元史》，應參考《元朝秘史》、《新元史》等書籍。

朱元璋在建國之初，立即著手組織《元史》的編纂，而且在很短的期間成書，主要出于政治上的需要。他的意圖是以此來說明元朝的滅亡和明朝的興起都出于天命”，而他自己則是“奉天承運”的真命天子。