《清史稿》在刻印過程中，出現了版本問題。袁金鎧因忙于他事，轉托金梁協助校刻此書。金梁遂趁時局紛擾之際，利用職權，擅改原稿，并將印成的一千一百部書中的四百部運往東北發行，這就是所謂“關外本”(又稱關外一次本)。當原編纂人員發現金梁私自篡改原稿，便決定將留在北京的原印本更正重印。如刪去《張勛傳》(附張彪傳)，《康有為傳》及金梁所寫的“校刻記”;改訂了“清史館職名”;刪去了“易類”書目六十四種;抽換了《藝文志·序》;修改了個別傳記，這就成了所謂“關內本”。以后，金梁堅持以“關外本”為基礎，并根據當時學者對《清史稿》提出的批評和關內本所作的一些重要更正，再作刪改、增補，刪去了《張彪附傳》、《公主表·序》和數學工具書“八線對數表”，增加或壓縮了個別傳略，較前兩個版本均少了七卷，僅有五百二十九卷，這就是所謂“重印本”(又稱關外二次本)。版本的不同造成了混亂，后來，市場上又有所謂“聯合書店影印本”和“日本人鉛印本”兩種流傳。南京國民政府曾兩次組織人力。要修改《清史稿》，但因種種原因，毫無結果。《清史稿》的版本比較多，主要有關外本、關內本、金梁重印本、上海聯合書店影印本、日本印本等，其中以關外本與關內本最早流傳，影響頗大。

馮爾康《清史史料學初稿》列舉了以下幾種：

關外本(或曰“關外一次本”)《清史稿》纂定以后，共計536卷，于1928年在北京印刷。當時資助清史館的黑龍江方面的金梁擔任“校對”，他利用負責刊印之便，私下給自己加了“總閱”的名義，附刻了他自己的《清史稿校刻記》，又修改了某些文字，然后將印成的一千一百部中的四百部運往東北。運到東北的這四百部《清史稿》就被稱為“關外本”。后來這個版本經過修改重印，故又稱作“關外一次本”。

關內本1928年印刷的一千一百部《清史稿》留在關內的七百部，被清史館的一些人發現了金梁的篡改，又將它改回來，并取消了金梁的“校刻記”和《張勛傳》《張彪附傳》《康有為傳》，就是所謂的“關內本”。實際上，關內本與關外本是同一次印刷的，只是關內本在局部上作了一點抽調。關內本與關外兩次本之版本異同，大致如下：關內本刪去關外一次本原有的《張勛傳附張彪傳》中的《張彪傳》、《康有為傳附康廣仁傳》中的《康廣仁傳》以及金梁所撰《校刻記》。而關外二次本只刪去關外一次本的《張彪附傳》，并抽掉《公主表·序》和《時憲志》末附的《八線對數表》七卷，增加了陳黌舉、朱筠、翁方綱三傳。按關內本此卷原是《勞乃宣傳》《沈曾植傳》，無《張勛傳》《康有為傳》。傳后有論，其文為“論曰：乃宣、曾植皆學有遠識，本其所學，使獲競其所施，其治績當更有遠到者。乃朝局遷移，掛冠神武，雖皆僑居海濱，而平居故國之思，無時敢或忘者。卒至憔悴憂傷，赍志以沒。悲夫！”清史館對張勛、康有為原定暫不立傳，是金梁將二傳底稿私自付刻。今關外一次本于《張勛傳》后附有《張彪傳》。

又關內本抽換了關外一次本的《藝文志·序》，因增入的《序》過長，以致脫奪自《易》類《易經通注》、《日講易經解義》、《周易折中》、《周易述義》、《易圖解》、《周易補注》、《易翼》、《讀易大旨》、《周易裨疏》、《考異》、《周易內傳》、《發例》、《周易大象解》、《周易外傳》、《易學象數論》、《周易象辭》、《尋門馀論》、《圖書辨惑》、《讀易筆記》、《周易說略》、《易酌》、《易聞》、《田間易學》、《大易則通》、《閏》、《易史》、《周易疏略》、《易學闡》、《讀易緒言》、《易經衷論》、《讀易日鈔》、《周易通論》、《周易觀彖大指》、《周易觀彖》、《周易淺述》、《周易定本》、《易經識解》、《易經筮貞》、《周易明善錄》、《易原就正》、《周易通》、《周易辨正》、《合訂刪補大易集義粹言》、《周易筮述》、《周易應氏集解》、《仲氏易》、《推易始末》、《春秋占筮書》、《易小帖》、《太極圖說遺議》、《河圖洛書原舛編》、《喬氏易俟》、《大易通解》、《周易本義蘊》、《周易傳注》、《周易筮考》、《學易初津》、《易翼宗》、《易翼說》、《周易刳記》、《易經詳說》、《易經辨疑》、《周易傳義合訂》、《易宮》、《讀易管窺》、《讀易觀象惺惺錄》、《讀易觀象圖說》、《太極圖說》、《周易原始》、《天水答問》、《羲皇易象》、《羲皇易象新補》、《孔門易緒》、《易圖明辨》、《身易實義》、《先天易貫》、《易互》、《周易玩辭集解》、《易說》、《易說》、《周易函書約存》、《約注》、《別集》、《易箋》、《周易觀象補義略》、《索易肊說》、《周易孔義集說》、《陸堂易學》、《易經揆》、《易學啟蒙補》、《易經詮義》、《易經如話》、《周易本義爻征》、《周易圖說正編》、《易翼述信》、《周易原始》、《周易淺釋》、《易學大象要參》等八十八種之多。關內本有《趙爾豐傳》的傳文長達二千四百字，而關外二次本壓縮至九百二十字，不啻減去了一半以上。關內本《趙爾豐傳》作者以趙爾豐為清史館館長趙爾巽之親弟，作此長傳，不免有迎合討好館長之嫌，故以刪削為是。

金梁重印本(關外二次本)。1934年，金梁在東北刊行，絕大部分依關外本，只是去掉了志卷29-34的《時憲志》六卷，《公主表·序》等部分，增加了朱筠等三傳，總卷數為529卷。

上海聯合書店影印本。1942年出版，對關內、關外兩本的不同處加以選擇，多處采用了關內本。它同二十四史《新元史》合為“二十六史”，故亦稱為“廿六史本”。

日本印本。據說有兩個本子，一為大本兩冊，一為小本二冊，從“關外一次本”翻印而來。

香港文學研究社印本。1960年出版，依關外一次本付梓。

中華書局本。中華書局組織史學工作者，依關外二次本為工作本，將《清史稿》作了標點、分段，他們審查了關內本、關外一次本、關外二次本三種本子的篇目，內容上的不同，作了附注，錄出異文，以盡量反映各種本子的優點，對史文的脫、誤、衍、倒和異體、古體字作了校改;清朝的避諱字，盡量改回，對已發現的由于行、段錯排造成事理不合的地方，進行了查核校正，對于史實錯誤及同音異譯的人名、地點、官名、部落名稱等，一般不予改動，但大也作了一定的統一工作。于1977年出版，這是此書問世50年來最好的版本。(《中國通史第十一卷-近代前編(上冊)》)

臺北新文豐出版公司印本。1981年印行，兩大冊。系據關外二次本刻印而成，計529卷，有金梁的校刊記。

此外，張其昀、蕭一山、彭國棟等人在臺灣將《清史稿》略加修改和補充，將其列傳分類予以調整而成，名曰《清史》，于六十年代出版，計550卷。