有關(guān)建文帝蹤跡的探尋從來沒有停止過。600多年前，朱棣的軍隊(duì)攻入宮中，建文帝從此下落不明。同時(shí)明朝的史書中，對(duì)這段歷史的記載也是模模糊糊的。自此以后，有關(guān)他蹤跡的傳說就不斷出現(xiàn)，單單明末清初一本很著名的歷史書《罪惟錄》中就開列了23種說法。建文帝下落之謎一直是600多年來的一個(gè)歷史懸案。

據(jù)有學(xué)者考證，朱允炆晚年化名詹碧云，隱蹤在江西上饒玉山三清山任三清宮住持道士，在三清福地借修建道教宮觀為掩護(hù)，巧妙修筑了“明治山詹碧云藏竹之所“的陵墓和其他相關(guān)石雕、楹聯(lián)、三清山石刻260余處，留下了“風(fēng)流建水翁承贊，樽酒論文千載同“、“方豪上“、“都俞脫生“、“壺市安井“等一系列可供考研的石刻隱逸文化密碼。

此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》里記載：明成祖朱棣當(dāng)了皇帝后，對(duì)朱允炆自焚而死，也產(chǎn)生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的尸體是馬皇后的，朱允炆削發(fā)為僧外逃了。他就把朱允炆的主錄僧溥洽抓了起來關(guān)進(jìn)監(jiān)獄長(zhǎng)達(dá)十余年，逼他供出朱允炆下落。

并派鄭和下西洋“欲尋蹤跡“，派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉(xiāng)、邑長(zhǎng)達(dá)16年，搜尋朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一個(gè)晚上，他已睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨(dú)召見。胡濙訪得朱允炆離開紫禁宮后，削發(fā)為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周游避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內(nèi)，此后一心為僧，無復(fù)國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻(xiàn)和實(shí)地考察后，指出：永樂二十一年(1423年)，朱允炆死于江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬于皇駕庵后的小山坡上。

也有人指出，朱允炆自焚身亡是歷史真實(shí)，因?yàn)楫?dāng)時(shí)燕軍兵臨城下，把紫禁宮團(tuán)團(tuán)圍住，朱允炆想逃也來不及了，更何況經(jīng)考查也無鬼門、御溝逃路。朱允炆也深知他的四叔是個(gè)貪?rùn)?quán)無厭、殘暴無情的武夫，落在他手里決無好下場(chǎng)，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會(huì)讓朱允炆活下去，否則，他就不能當(dāng)皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位“之臭名，苦心尋找朱允炆下落，留下了歷史疑案。

綜上，朱棣在即位后，下令搜尋朱允炆，這是歷史事實(shí)。朱允炆的真正下落，至今仍是一個(gè)未揭開的歷史之謎。

有的學(xué)者認(rèn)為，朱允炆并沒有死，而是走了后門，到了山中去做了和尚，紅崖天書就是他寫下的。