明清間因天主教而引起的風俗之變，進一步地引起了固守中國傳統思想的各方人士的激烈反應。儒道佛三教都有人出來批評天主教。所有批評和攻擊都說天主教是“邪教”，而自己是在行“辟邪”之舉。

“辟邪”之舉，盛于韓愈。《原道》大辟佛老，在宋明思想史上影響很大，它代表正統的中國儒家，確立了一種對待外來文化的基本態度。這種基本態度就是明拒暗受，表面上激烈攻擊，而內部漸漸對話、融合。整個宋明時期的理學和心學，就是在和佛學、道家和禪學錯綜復雜的關系中發展出來的。有趣的是，明末清初，儒家和道教兩家，聯合已經在中國文化結構中穩定下來的佛教，三教共同地用這種基本態度來對付新來的外來文化--天主教。三教中，儒家傾向的攻擊者態度最激烈，直接受耶穌會批評的佛道二教反而比正統儒家要寬容。

朱謙之指出：“《天主實義》對付中國思想的方法，是分裂儒佛;儒佛對付天主教的方法，則聯合起來，和他對抗。”我們看到在所有“辟邪”言論中，確有這樣的現象。現存有《圣朝破邪集》八卷，版于崇禎十二年，今天流傳的是日本安政乙卯翻刻本。本書在福建，由士紳黃貞收集明萬歷崇禎年間的反教文章編輯而成。這是近代中國士紳長期反對西方基督教的先聲，是儒佛合璧，其中既有沈的《參遠夷疏》，鄒維璉的《辟邪管見錄》，許大受《圣朝佐辟》，黃貞的《請顏壯其先生辟天主教書》，也有云棲和尚的《天說》，虞淳熙居士的《天主實義殺生篇》，釋元賢的《緇素共證》，釋圓悟的《辨天說》，釋通容的《原道辟邪說》，釋成勇的《辟天主教檄》，釋如純的《天主初辟》。當時人徐昌治在《〈圣朝破邪集〉序》中說：“閩諸君子，浙諸大夫……，佛與儒同一衛道之心。”

云棲宏，即蓮池大師，俗姓沈。浙江仁和人。十七歲為諸生。知佛后書座右銘：“生死事大”，與理學“餓死事小，失節事大”相映。嘉靖四十五年(1566)入北京西山寺。五年后歸浙。萬歷四十(1612)去世，年八十一。他主張“一心念佛”來了卻世間萬緣，“不出一心，萬行具足”。在囂囂然，紛紛然的明末，云棲的參禪定心之論打動了很多追求人生真蒂的人們。在他周圍的著名居士有：吏部尚書嚴訥、中書舍人嚴徵、湖廣提學王志堅、編修黃輝、進士虞淳熙等。楊廷筠在入教前也游于這群人中。明清間，居士是佛學中堅，這群人的特點就是行走于儒佛之間。元賢(1578-1657)福建建陽人，字永覺，被稱為明代禪學之殿軍。萬歷六年生，為諸生時，嗜周程張朱之學，二十五歲時，在山中寺廟讀《法華經》，忽覺周孔之外別有道，四十歲離家為僧。元賢有“儒釋一致說”，認為“釋迦”有入世一面，而“孔子”也有出世一面，二者正可調和一致，結為盟友：

人皆知釋迦是出世底圣人，而不知正入世底圣人，不入世不能出世也。人皆知孔子是入世底圣人，而不知正出世底圣人，不出世不能入世也。

福建、浙江、江蘇地區出現佛教和儒家合同對抗天主教的情況并不偶然。在耶穌會進入江南之前，江南許多士大夫在佛教中尋找人生意義。江南地區，思想異常活躍，禪學、心學和“天學”，以及“東林學”同時并存，既相互吸收，也就相互沖突。明末的社會，經濟上富裕，政治卻混亂。對知識分子來說，雖然比較地開放和自由，但人事糾紛不斷，宦途艱險難測，價值觀劇烈沖突。通觀明末的佛學、禪學、心學，大多是從人的生存狀態，從生命的真正意義來談論人，關心人。比起當時政治化的儒學、“東林學”來，它們確實有更能夠打動人的地方，否則難以出現李贄“狂禪”，風蘼東南的情景。

再看耶穌會的“天學”，他們是在“文藝復興”后，帶著西方天文地理歷算等科學技術手段進入中國的。進入中國后，按他們變“西僧”為“西儒”的既定策略，接觸的都是傳統士大夫。在此過程中，來華耶穌會士主要發揮了從亞里士多德到阿奎那的理性的宗教精神，而不是從柏拉圖到奧古斯丁的靈性的宗教精神。因此，在他們尋找和中國文化結合的時侯，自然比較看中重實證，講理性的儒家，而不是“空談性理”的禪學、心學。天佛間的對立就不可避免。

在明末思想界大分化、大建立的局勢下，儒學在天主教神學面前也一分為二。以徐光啟等“三柱石”為首的人，注重理性精神，學習科學技術，通過“天學”所揭示的宇宙秩序，理解了天主教，成為儒學化的天主教徒。另一些像李贄、焦等傾向佛學的人，雖然曾與利瑪竇有過交往，但終于因為耶穌會排斥佛學，沒有積極參與明末熱烈的人生、人性問題的討論，所以許多儒家知識分子仍在王門后學“泰州學派”，在佛學中尋出路。這兩路思潮，在南京、杭州、福州有面對面的交鋒，《圣朝破邪集》就是這爭論的實錄。

中西學說不是天然對立的，而是各有千秋，相互補充的。偏于理性信仰的耶穌會神學完全可以像他們在歐洲那樣，和偏于靈性信仰的其它神學流派共存。“天學”和儒學改革派合力批評佛學、道家。利瑪竇《天主實義》聯合了儒家，而戴震的《孟子字義疏證》暗中吸收了“西學”。這是中西雙方改革派的觀點。

沈和楊光先的態度，代表儒家保守派的觀點，他們關心的核心問題是中國的“道統”和“心法”不能亂。沈的《參遠夷疏》是近代“辟邪”的第一聲，“本儒術以定綱紀”，它對儒家士大夫傾向于“天學”尤為痛心：“其說浸淫人心，即士君子亦有信向之者。”《圣朝破邪集》收晏文輝疏，衛道之心更明：“惟天地開辟以來，中國之教，自伏羲以迄周孔，傳心有道，闡道有宗，天人之理，發明盡矣，無知容以異說參矣。……乃今又有倡為天主教，若北有龐迪我，南有王豐肅等，其名似附于儒，其說實異乎正。”儒家關心道統不能斷。

天主教也重“道統”。它驕傲的是耶穌以后，教會的譜系沒有斷過。為與中國的“道統”相抗，他們說中國的先民是猶太民族的后裔。欽天監官員，中國教徒李祖白(？-1665)編《天學傳概》，說：“中國之初人伏羲氏，實如德亞之苗裔，自西徂東，天學固其所懷來也。生長子孫，家傳戶習。……沿至唐虞，下迄三代，君臣告誡于朝，圣賢垂訓于后，往往呼天稱帝，以相警勵。夫有所受，豈偶然哉？”“如德亞”，猶太人。說中國人是猶太人的后代。文藝復興后的《圣經》考據學，和中國歷來的經學研究，甚至是二十世紀的考古學、人類學、遺傳學都無法證明“三王五帝”是猶太人的后代，但是耶穌士為了建立一個普世的人類世系，拿中國思想來說，就是“統”，他們必然這樣做。我們說，人類在人種上應該是同源的，但人類思想和宗教的發生是相當后來的事情，而不是統一起源的。各民族歷史上有不同的認識方法。怎樣不放棄自己的“道統”而獲得一種普世性，這是大問題。明末的中西“道統之爭”，證明這問題的嚴重性。