就在段祺瑞不辭辛勞，替袁世凱鞍前馬后，東征西討的時(shí)候，兩人之間的裂痕卻在不斷擴(kuò)大。袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。“二次革命”前，按照制度設(shè)定，國家軍事大權(quán)本應(yīng)由陸軍部和參謀部分掌。可參謀部只是個(gè)毫無實(shí)權(quán)的空殼，以致于袁世凱想讓黃興當(dāng)參謀總長，黃興都不愿干，最后只得由當(dāng)時(shí)尚在武漢的黎元洪遙領(lǐng)。參謀部的具體事務(wù)由參謀次長負(fù)責(zé)，實(shí)際發(fā)揮不了什么作用，更談不上對(duì)陸軍部進(jìn)行牽制。

袁世凱為此在總統(tǒng)府設(shè)立了軍事處，規(guī)定軍機(jī)要?jiǎng)?wù)須由陸軍部、參謀部提出處理方案，呈請(qǐng)總統(tǒng)批示執(zhí)行，具體怎么執(zhí)行，由軍事處研議。

就像是民初的國會(huì)和政黨政治一樣，制度聽上去都不錯(cuò)，但實(shí)際運(yùn)作往往又是另外一回事。軍事處原處長李書城是同盟會(huì)會(huì)員，毫無權(quán)力，甚至于連文件都看不到，到任不久就氣得掛冠而去。李書城一走，日常事務(wù)便由副處長傅良佐完全負(fù)責(zé)。

傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不會(huì)對(duì)陸軍部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把軍事處放在眼里，有時(shí)對(duì)袁世凱交代要辦的事都愛理不理。

由于缺少制約，軍事大權(quán)中的相當(dāng)一部分尤其是軍官的任免，一直被陸軍部所掌握。對(duì)軍官的進(jìn)退，段祺瑞往往不請(qǐng)示袁世凱就直接下達(dá)命令，在他所提拔的軍官中，又有很多是門生舊部。段祺瑞與這些軍官函電往來，廣泛聯(lián)系，外人看來，從中央到地方已隱然形成一個(gè)派系，其勢(shì)頭猶如當(dāng)年袁世凱之與北洋系。

后來段祺瑞所謂的皖系當(dāng)時(shí)實(shí)際并未形成，但袁世凱還是感到非常不安，他對(duì)段祺瑞的猜忌也開始一步步加深。

蔣方震，字百里，國人一般都以字相稱。蔣百里先留學(xué)日本并以優(yōu)異成績(jī)畢業(yè)于士官學(xué)校，后又赴德國學(xué)習(xí)軍事，是民初公認(rèn)的第一流兵學(xué)家。袁世凱對(duì)他很器重，當(dāng)時(shí)袁世凱正打算對(duì)保定軍校進(jìn)行改造，從而培養(yǎng)出一批能夠牽制“段派”的新生力量，于是便任命蔣百里為保定軍校校長。

保定軍校直屬陸軍部管轄，但袁世凱在發(fā)布這一任命時(shí)根本就沒跟陸軍部打招呼，段祺瑞對(duì)此當(dāng)然不會(huì)高興。這使得蔣百里一上任就碰到了硬對(duì)頭——時(shí)任陸軍部軍學(xué)司司長的魏宗瀚。

魏宗瀚是段祺瑞一手提拔而成的親信，見蔣百里為段祺瑞所不喜，他便在保定軍校的用人、經(jīng)費(fèi)、學(xué)校規(guī)劃等方面處處予以為難。

蔣百里對(duì)日本的軍事水平評(píng)價(jià)不高，他更認(rèn)可的是德國軍事。按照德國軍事教育的模式，蔣百里決定對(duì)學(xué)校進(jìn)行擴(kuò)建。在與陸軍部多次協(xié)商，并以為對(duì)方已同意之后，他將精心制定的擴(kuò)建計(jì)劃送交軍學(xué)司批準(zhǔn)，不料卻被魏宗瀚擱置不理。蔣百里前去催問，魏宗瀚索性將計(jì)劃給完全推翻了。

送交計(jì)劃之前，蔣百里已在校內(nèi)多次組織開會(huì)討論，還曾向?qū)W生透露過其中的一部分內(nèi)容，現(xiàn)在弄得一事無成，不由羞憤交加。在全校師生大會(huì)上，他當(dāng)著師生們的面，宣布計(jì)劃因受到阻撓而無法施行，然后拔出手槍，對(duì)著自己的胸口開了一槍！

蔣百里有一個(gè)少年侍衛(wèi)，十六七歲即跟隨左右，對(duì)蔣百里的行為特點(diǎn)很了解。他從未見到過蔣百里如此悲憤，又看到對(duì)方伸手摸腰際，預(yù)感到情形不對(duì)，就做好了沖上講臺(tái)的準(zhǔn)備。

及至蔣百里真的拔出手槍，這名侍衛(wèi)不顧一切地奔上講臺(tái)，拼盡全力把蔣百里握槍的右手往外拉。經(jīng)過這么一拉扯，子彈偏離了方向，沒有危及心臟。

蔣百里在住院養(yǎng)傷期間，痛斥魏宗瀚：“我從此認(rèn)識(shí)了這一班狐群狗黨的下流軍人！”他所受的打擊出于段祺瑞的陸軍部之下，魏宗瀚又是段的親信，因此后來不管段祺瑞及其皖系有多么炙手可熱，他始終未再與其有過任何關(guān)聯(lián)。

蔣百里自殺事件在社會(huì)上引起了很大反響。雖然表面看來它僅僅是蔣百里和魏宗瀚的沖突，可明眼人都能看出，這是袁世凱和段祺瑞發(fā)生矛盾的結(jié)果，并顯示出他們的矛盾已經(jīng)日趨嚴(yán)重。