永樂二十二年(1424年)七月十八日，65歲的朱棣在北征返京的途中病逝，英國公張輔、閣臣楊榮為了避免朱高煦、朱高燧趁機作亂，因此秘不發(fā)喪，將軍中的漆器融成一口大棺材，將朱棣的遺體裝入棺材中，每日還是照例進餐、請安，只是皇帝的車簾再也沒有掀開、皇帝也再沒有說話，軍中一切如常，同時，派楊榮與太監(jiān)海壽進京密報，朱高熾得知后立即派兒子朱瞻基出京迎喪，由于大臣們的精心安排，總算沒有爆發(fā)什么叛亂，政權(quán)得以平穩(wěn)過渡。

朱高熾直到永樂二十二年(1424年)八月二十五日才得知朱棣之死，這時皇帝的代表帶著傳位的遺詔到達北京。他立刻與吏部尚書蹇義、大學士楊士奇和楊榮商量。他下令加強京城的治安，并派大太監(jiān)王貴通去南京任鎮(zhèn)守。次日，他釋放了前戶部尚書夏元吉;夏因反對第三次遠征蒙古而在當年四月被朱棣囚禁。九月七日他正式登基，頒布了大赦令，并定次年為洪熙元年。同一天，他采納夏元吉的建議，取消了鄭和預定的海上遠航，取消了邊境的茶、馬貿(mào)易，并停派去云南和交趾(安南)的采辦黃金和珍珠的使團。他重新命夏元吉和另一名被貶的官員吳中分別任戶部尚書和工部尚書。朱高熾以這些行動開始取消或調(diào)整他父親的行政政策。

朱高熾即位后開始了一系列改革，首先赦免了建文帝舊臣和永樂時遭連坐流放邊境的官員家屬，并允許他們返回原處，又平反冤獄，使得許多冤案得以昭雪(如建文忠臣方孝孺的“誅十族”慘案，永樂朝解縉的冤案都在這一時期得到平反)，并恢復一些大臣的官爵，從而緩和了統(tǒng)治集團內(nèi)部的矛盾。

最后，在他死前的一個月，朱高熾在扭轉(zhuǎn)其父政策方面采取了一個最激烈的措施，即把京師遷回南京。據(jù)說此舉是夏元吉和其他高級朝廷官員作為把資源從北方邊境轉(zhuǎn)移出來的策略的部分行動而強烈要求的。朱高熾自他登基時起，顯然已有此意;這時他已設南京守備，并派他信任的將軍和宦官去指揮。朱高熾對朱棣的北征不感興趣，也不喜歡北京;此外，他在南京當過監(jiān)國，熟悉南京的情況，感到那里更為舒適。另外他還關(guān)心維持北方首都的費用，這項費用不但大大地增加了中國東南的負擔，也使各政府部門難以應付。

洪熙元年(1425年)四月十六日，他定北京所有政府部門為行在。半個月后，他派皇太子朱瞻基到南京去拜謁朱元璋的皇陵，并留在那里負責。盡管南京地區(qū)有地震的報告，但皇帝的返回和他朝廷的南遷勢在必行。然而朱高熾在實施這一行動前死去。此外，他的繼承者宣德帝朱瞻基并未參與這一計劃，朱瞻基與永樂帝更親近，對偏向北方的政策不那么討厭。北京依然是京師，南京又成了輔助性的都城。