公元1908年，光緒帝駕崩于涵元殿，死的時候年僅38歲，對于這個短命的皇帝，民間紛紛傳聞光緒帝是被毒死的，只是光緒死在深宮中，帝王之死向來隱晦，真兇到底是誰并沒有明確的說法。話說戊戍變法的時候，袁世凱辜負了光緒帝的信任，向慈禧告密，導致戊戍變法失敗，光緒帝從而被軟禁起來。光緒帝痛恨袁世凱，在慈禧一行人西逃的時候，光緒帝就在紙上畫了一只烏龜，將紙條貼在墻上，并用竹弓射之，但是還不解恨，取下之后用剪刀剪碎，發泄心頭之恨。關于光緒之死，有一個說法是袁世凱擔心慈禧死后，光緒帝找他“秋后算賬”，便借進藥的機會，將光緒毒死。而這件事在溥儀寫的《我的前半生》中也提到過，說明是袁世凱送的藥。而且，光緒帝臨終的時候，用手在空中畫了“斬袁”兩個字。

如此講來袁世凱確實有作案動機，但是如果說光緒帝被他毒死卻有些說不過去。因為清宮皇帝用藥的制度十分嚴格，開藥方、煎藥、送藥等環節都有嚴格的規定，袁世凱不可能隨便送藥進宮。就算能進藥也要經多道檢驗，豈能隨隨便便就拿給皇帝喝？要毒死皇帝，那可不是一件簡單的事情，袁世凱要承擔的風險很大，他不會拿自己的性命做賭注的，再者要是一個皇帝隨隨便便就被毒死，那豈不是成了大清的笑話，這簡直有損大清國體。

另有傳說說是慈禧毒死了光緒帝，當時慈禧重病在床，有人向慈禧報告，說是皇帝聽到太后生病，面露喜色，慈禧很是生氣，說道：“我不能死在你前頭。”當代國家大師啟功曾聽聞曾祖父溥良講述慈禧和光緒帝的事情：“慈禧得的是痢疾，從病危到彌留之際拉的時間較長，在宣布西太后臨死前，我曾祖父看見一個太監端著一個碗出來，出于職責，就問這個太監端的是什么，太監說是老佛爺賞給萬歲爺的‘塌喇’，‘塌喇’在滿語中是酸奶的意思。當時光緒帝被軟禁在中南海，之前沒有聽說過他有什么急癥，隆裕皇后始終在慈禧這邊忙活。但不久之后，隆裕皇后的太監小德張向太醫院宣布光緒帝駕崩，接著這邊的屋里才開始哭起來，表示太后已死。

本來溥良是這件事情親身經歷者，他的回憶具有較高的可信度，但是這段回憶卻有一些漏洞，不足為信。首先，描述光緒帝的病情不對，當時他身患重病，朝廷多次向全國征求名醫，光緒帝的病情朝野皆知，不可能是“之前沒有聽說過他有什么急癥。”再者，宣布光緒帝死亡的人和地點不對，按溥良所說，宣布光緒帝死亡是隆裕太后的太監小德張，但小德張當時是慈禧身邊的太監，慈禧死后，才成為隆裕太后的太監，而且小德張沒有理由跑到紫禁城外的太醫院宣布光緒帝死亡的消息，他應該在儀鸞殿宣布才合理。因此這段口述歷史可信度不是很高。而據歷史記載的說法，光緒帝是正常病死，記錄他本身體質就很弱，患有遺精病將近20年，前幾年每月遺精十幾次，后來更是嚴重，冬天的時候腿部經常冰涼，而且頭疼，腰酸背痛，耳鳴。

光緒帝成年后身體一度好轉，雖說有遺精、腰酸背痛的癥狀，但是用藥的次數相對下降，可惜這種情況持續時間不長，病情又加劇惡化，讓他患上嚴重的神經官能癥、關節炎等疾病，導致了他早亡，而他的病連外國人都知道。光緒帝對自己的病情也十分著急，一再指責御醫們無能，朝廷的御醫們無計可施，就發布諭令廣招名醫入宮為光緒帝治病，一大批名醫入宮為皇上治病，但是無論用什么藥，皇帝的病根本不見效，光緒帝的病到了無可救藥的地步。

在光緒帝生命最后的時光，他胸悶氣短，咳嗽不斷，全身疲倦，神志不清，靠良藥吊著，后來進入彌留之際，四肢僵硬，白眼上翻，牙關咬緊，藥汁不入，陷入昏迷狀況，終于光緒帝咽下最后一口氣。從現代醫學的角度看，光緒帝死于肺結核，肝臟，心臟等器官衰弱疾病。光緒帝死于疾病無疑，但是有一位叫屈桂庭的西醫寫文章，說是最后一次為光緒帝診病的時候，本來光緒帝已經好轉，但是突然惡化，肚子劇痛，不過三天就駕崩。然而這件事并沒有任何檔案記錄，隨著屈桂庭去世，他的記述得不到證實。

無論光緒帝是正常死亡還是被毒死，他的死終究和慈禧逃脫不了關系。光緒帝表面看是個皇帝，很是風光，卻孤苦無依，他四歲的時候就繼位，一個四歲的孩子本來是天真無邪，愛玩的時候，他卻要在冷清的深宮里面，就算是他的母親也不允許和他見面，從小就和生母分離，這對他幼小的心靈產生極大的危害。他每天都要到慈禧面前請安，慈禧沒有讓他站起來，他就得一直跪下去，慈禧稍有不滿意便令他長跪不起，一見面便對他加以教訓，光緒帝見到她就好比老鼠見到貓，膽戰心驚。

宮里那些太監也是極為勢力的人，他們知道這個皇帝是個傀儡皇帝，在給他做的飯菜當中，大多數都是發出臭味的餿飯，光緒帝每餐都吃不飽，更別提吃好了。有時候他想吃點什么，讓御膳房做，根本沒有人理睬，導致他身體營養不良。那些山珍海味，慈禧身邊的宮女尚且能一飽口福，光緒帝反而一點都吃不到，做皇帝做成這樣，何其悲哀！光緒帝常年得不到關愛，身體本來就不強壯的他更加虛弱，成年后的他，其婚姻生活又收到慈禧的干涉，他根本沒有權力選擇自己所喜愛的妃子當老婆，他最喜歡的愛侶珍妃死后，他的精神世界也隨之崩潰。

光緒帝被囚禁在瀛臺，完全成為一個傀儡皇帝，此時他更加懦弱，每當慈禧召見大臣，他在一旁陪坐，卻不許開口，只有慈禧問他話時，他才低低問道：“外間安靜否？年歲豐熟否？”每次都是這兩句話。

光緒帝身體虛弱，精神又飽受摧殘，這一切加劇他的病情，導致他英年早逝，如果不是慈禧這個老太婆，光緒帝很有可能是一個極有作為的皇帝，可惜他生不逢時，從某種程度上來說，他確實是被慈禧害死的，慈禧是光緒帝死亡的罪魁禍首！