1939年10月，西南聯大新生光遠來到昆明時，新校舍已經落成。剛來的時候，學校沒有裝電燈。寢室里是八人一組，公用一盞油燈。圖書館用汽燈。偌大一個圖書館并沒有幾盞，因此搶座位比在電影院購票還要擁擠。光遠寫道：“天未黑，館外黑壓壓地站滿了人，門一開便向里涌，涌進門便分頭向汽燈下面跑，等跑到坐定，低頭一看，往往便會發現筆記本擠爛了，洋裝書的硬封面擠脫了，筆記丟了。這還是幸運的。不幸的是出了一身汗還分不到一點燈光的人，于是便只有垂頭喪氣地又踏出了倚斜的館門。”那時，聯大的學習氛圍很濃。從內地來的、從淪陷區集中上海再從海道來的，都集在這里，抱著一種希望，想學到一些什么。那時昆明的鳳翥街很熱鬧，那是昆明以北數縣上省的馱馬隊駐足的地方，這些莘莘學子便與販夫走卒為伍，燃馬糞看書。在聯大上課，課分散，教室更分散，無時不須“馬拉松”。聯大學生記錄道：“一課在新舍東北區，一課在后來改為女生宿舍的南天一柱，或是乾坤正氣大教室，另一課也許在昆北食堂，再一課也許又得跑出大西門到現在師院去，而又一課或者又須跑進城到現在的云端中學(那時的昆中)，跑到教室，工作并未完，還得搶椅子，因為座位不夠，到遲一步，便只有立著聽課了。”

雖然條件艱苦而清貧，聯大的課堂卻是大師云集的地方。后來成為翻譯大家的許淵沖在昆中北院一號教室旁聽陳寅恪講“南北隋朝唐史研究”。許淵沖在他的書《逝水年華》中回憶道：“他閉著眼睛，一只手放在椅背上，另一只手放在膝頭，不時發出笑聲。”錢鍾書那時才20多歲，戴一副黑邊大眼睛，手拿著線裝書和洋裝書，常穿一套淡咖啡色的西裝，有時換一身藏青色的禮服。他除了給“大一”新生開課，還為外文系高年級學生開了兩門選修課，“歐洲文藝復興”和“當代文學”。他講課只說英語，一口牛津腔，要求學生們學習標準的倫敦音。聯大的課堂上，清華、北大、南開的名教授八仙過海、各顯神通，非常精彩。有朱自清講《古詩十九首》、聞一多講《詩經》、陳夢家講《論語》、許駿齋講《左傳》、劉文典講《文選》、唐蘭講《史通》、羅庸講“唐詩”、浦江清講“宋詞”、魏建功講《狂人日記》、馮友蘭講哲學等等。聯大不但校內名師云集，校外名人來演講的也不少。茅盾、老舍、范長江都來聯大作過大報告；孫伏園、曹禺來作過小報告；巴金、沈從文、蕭乾來參加過座談會。聯大沒有禮堂。一些重要的演講就安排在昆華中學北院進行，有的就在云南大學禮堂舉行。

抗戰期間，考古學家董作賓、科學社社長任鴻雋、政治學家羅隆基、甲骨文研究權威陳夢家和長老會傳教士W.H。克拉克都被學生自治會邀請來聯大演講。在學生自治會的協助下，錢端升談美國與東亞的關系，何永佶談英國與東亞的關系，洪思齊談蘇聯與東亞的關系，賀麟談青年與信仰，沈從文、朱自清、羅常培和聞一多則探討各種文藝問題。抗戰時期，聯大在昆明為大學生提供了一塊相對遠離戰亂與喧囂的精神家園。據美國學者杜易強統計，僅僅是1942年秋，一個學期下來，“國文學會和歷史學會聯合舉辦的文史論壇就推出了聯大教授主講的20多場講座，每位演講人在自己的領域都有深湛的造詣”。

1941年初，昆明已屢有空襲。到了8、9月，學校大遭轟炸，圖書館、飯廳、教室、寢室都有損壞，聯大同學當時是“床床雨漏無干處”。跑警報逐漸成了日常課程。費孝通后來寫道：“警報密的時候，天天有；偶然也隔幾天來一次。我在這些日子，把翻譯《人文類型》排成早課。大概說來，十點左右時最可能放警報的。一跑可能有三四個鐘頭，要下午一二點鐘才能回來。所以，一吃過早點，我太太就煮飯，警報來時，飯也熟了，燜在鍋里，跑警報回來，一熱就可以吃。”有一次躲警報回來，“文化巷已經炸得不大認識了。……哭聲從隔壁傳來，前院住著一家五口，抽大煙的父親跑不動，三個孩子，一個太太，伴著他，炸彈正落在他們頭上，全死了。親戚們來找他們，剩下一些零碎的尸體。在哭。更壞的一件一件傳來。對面的丫頭被反鎖在門里，炸死了。沒有人哭，是殉葬的奴隸。我鼓著膽子出門去看，幾口棺材擋著去路，血跡滿地。我打了一個惡心，想吐，連忙縮了回來。……城里的轟炸從那時起一直到‘飛虎隊’光臨，足足有兩年，著實兇惡了不少”。在戰爭中，畢生的學術成果可能毀于一顆炸彈，也可能消失在一次空襲警報的混亂中。無論什么時候跑警報，金岳霖教授都攜帶著《認識論》的稿子，這部稿子花了他近30年心血的成果。躲在小山坳里避難時，他就坐在那件寶貝上，格外注意防范。一天，空襲警報解除之后，他匆匆忙忙往城里趕。剎那間，他意識到自己把手頭的巨著丟下了，便趕緊返回原地，但書稿已經不見蹤影。事隔差不多40年后，他調侃著回憶，“很可能被別人拿去包花生米了”。他重寫了全部70萬字的書稿。

戰時的研究者是在極其惡劣的條件下工作的。藏有珍稀典籍的圖書館和配有最新科學設備的實驗室都擱置在淪陷區。運出的藏書和儀器要么毀于途中，要么在到達目的地時已七零八散。從化學用品到書寫用紙，基礎材料的供應都很吃緊。中國科技史專家李約瑟在1943年3月訪問云南后，發現自然科學的每個學科都有人在簡陋至極的實驗室里堅持工作。那時，戰時科學研究最有成果的階段已經過去了。戰時在云南開展的大量研究，尤其是理工科的項目，都是在昆明僻遠的鄉村進行的。清華的無線電研究所設在大普吉，距昆明城有五六公里路。清華的農業研究所病害組也設在大普吉。沈同教授在泥地瓦屋這樣簡陋的小屋里繼續開展動物生理學研究。戰時，數學系的華羅庚發表了20多篇論文，以他的第一部通論性著作《堆壘素數論》獲得教育部嘉獎。由于設備極度缺乏，實驗科學的研究成果削減得最為厲害。聯大的實驗物理相當薄弱。

北大的吳大猷認識到，除非中國最重要的學者在一定程度上繼續保持研究的技能和精神，否則戰后不可能開展學術建設。為了維持科研水平，他開始自行設計器材，利用搶救出的分光儀的光學部分，加上一具同事從美國帶回來的低壓汞弧燈，在崗頭村一個小泥屋里的臨時木架上拼湊成一個簡陋的分光儀，研究拉曼效應。曾經留學劍橋的趙忠堯和張文裕則繼續做實驗研究宇宙射線。后來獲得諾貝爾物理學獎的楊振寧曾回憶，他后來的工作，包括他獲得諾貝爾獎的研究，都可以追溯到他在聯大時期在吳大猷指導下寫的學士論文；而他的碩士導師、畢業于劍橋的王竹溪，是昆明“最熱情最淵博的教授之一”。1945年，楊振寧進入芝加哥大學深造，師從著名學者費米(Enrico Fermi)和泰勒(Edward Teller)，卻驚奇地發現，“在芝加哥課堂上的收獲并不比我在中國所學到的多”，因為中國的老師在教學上“更認真，準備更充分，內容也更深”。

1941年初，“皖南事變”爆發。年底，美國加入反法西斯的陣營。“皖南事變”發生后，壓抑的氣氛迫使學生退出政治行動，回到課本，滿足于茶館和電影院的小樂趣；“左派”被迫轉入地下活動，宣告了聯大三年來活躍政治氛圍的終結。陳納德及其“飛虎隊”來到中國，幫助擊退了日機，基本上消除了空襲的威脅。而就在這一年，通貨膨脹開始加劇，不停地蠶食著聯大沉潛研究的極其有限的資金保障。“皖南事變”以來，三青團和群社一度熱火朝天的政治辯論漸漸沉寂。聯大學生要么埋頭苦讀，要么泡茶館、打橋牌、跳舞打發時間；剛開始的激情四溢，而今意興闌珊，暮氣橫生。

對教授們來說，在通貨膨脹的形勢下憑著薪水養家糊口，戰爭歲月里在云南的生活一點也不浪漫，相反，是沮喪失意的。1943年，蔣夢麟校長在給當時在華盛頓任駐美大使的胡適的一封信中寫道：“聯大苦撐五載，一切緣軌而行，吾輩自覺不滿，而國中青年仍視為學府北辰，盛名之下，難副其實。圖書缺乏，生活困苦(物價較戰前漲百倍以上)，在此情形之下，其退步非人力所可阻止。弟則欲求聯大之成功，故不惜犧牲一切，但精神上之不痛快總覺難免，有時不免痛責兄與雪艇、孟真之創聯大之議。”北大語言學家羅常培描繪了一幅更加慘淡的畫面：“在昆明住了六年，頗有沉悶孤寂之感！……絕對的同行……偶爾寫一點東西，錯處沒人修正，好處沒人欣賞……我漸漸失去了學術重心，專以文科而論，如錫予、如覺明，都是想做些事的，一則限于經費，一則限于領導者的精力，處處都使工作者灰心短氣。”1943年5月，費正清訪問昆明時發現，營養不良的“聯大教授坐在太陽下喝茶，什么事都不想做”。

希望維系一個寧靜學術和精神家園的聯大，最終無法抗拒卷入抗戰與政治的浪潮中。1943至1944年冬天，西南地區的城市開始正式招募學生參加軍事服務，駐華美軍及美國人在印度訓練的遠征軍，人數越來越多，他們特別需要譯員與中方溝通。就在“珍珠港事件”爆發前，美國志愿軍(即“飛虎隊”，后來的第14航空隊)抵達昆明時，有些聯大學生響應號召參加雙語志愿團。1944年4月，聯大教授會表決要求，畢業班所有身強體壯的男生投筆從戎當譯員。激進的革命力量也在醞釀著。1943年10月的一天，有個學生經過新校舍一間教室，聽見聞一多高亢的聲音，他朗誦了《呈在大風沙里奔走的崗衛們》之后，放言高論：“我們沉醉在軟弱的弦調里太久了，我們需要鼓的音樂！鼓的敲擊使我們想到戰斗。什么是鼓的時代？戰爭的時代！”