秦始皇統(tǒng)一六國(guó)以后，采取了一系列的措施，以便加強(qiáng)中央集權(quán)。在完成政治上的諸多加強(qiáng)控制的舉措之后，秦始皇便開始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸陽宮為群臣及眾多的儒生大排酒宴。在宴會(huì)上，圍繞著是否實(shí)行分封制，眾多儒生之間發(fā)生了激烈的爭(zhēng)論。丞相王綰、博士生淳于越等人主張實(shí)行分封，而丞相李斯等則贊同郡縣制，并指責(zé)淳于越等“不師今而學(xué)古”，“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的觀點(diǎn)，并采用、實(shí)施李斯的“焚書”建議，下令：除了秦紀(jì)(秦國(guó)史書)、醫(yī)藥、卜筮、農(nóng)書以及國(guó)家博士所藏《詩(shī)》、《書》、百家語以外，凡列國(guó)史籍、私人所藏的儒家作品、諸子百家著作和其他典籍，統(tǒng)統(tǒng)按時(shí)交官焚毀。同時(shí)，禁止談及《詩(shī)》、《書》和“以古非今”，違者定當(dāng)嚴(yán)懲乃至判其死罪。百姓如想學(xué)一些法令，可拜官吏為師。從這一點(diǎn)來看，焚書的舉動(dòng)秦始皇肯定做過。

秦始皇稱帝以后，力求長(zhǎng)生不老，迷戀仙道，不惜動(dòng)用重金，先后派徐福、韓眾、侯生、盧生等人尋求仙藥。侯生與盧生當(dāng)初是秦始皇身邊的方士，由于長(zhǎng)期為秦始皇求仙人和仙藥，卻始終沒有找到，而心急如焚，忐忑不安。依照秦國(guó)的法律，求不到仙藥就會(huì)被處死。因此他們深發(fā)感慨：像這樣靠?jī)春輾埍┒⑼?shì)并且貪婪權(quán)勢(shì)的人，不值得給他求仙藥。于是，侯生、盧生悄悄地遠(yuǎn)走他鄉(xiāng)。

這件事使秦始皇十分惱怒，于是他下令，對(duì)所有在咸陽的方士進(jìn)行審查訊問，欲查出造謠惑眾的侯生、盧生兩人。方士們?yōu)楸Ｈ约旱男悦坏孟嗷ジ姘l(fā)，秦始皇最后把圈定的460余人，都在咸陽挖坑活埋。

秦始皇的“坑儒”是“焚書”的繼續(xù)。至于坑殺的人究竟是方士還是儒生，學(xué)術(shù)界各持己見。從分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑殺的人應(yīng)該是方士;但從長(zhǎng)子扶蘇的進(jìn)諫“眾儒生都學(xué)習(xí)孔子的學(xué)說”來看，秦始皇所坑殺的又好像是儒生。

而且東漢衛(wèi)宏在《詔定古文官書序》中記載，秦始皇在驪山溫谷挖坑用以種瓜，以冬季瓜熟的奇異現(xiàn)象為由，誘惑博士諸生集于驪山觀看。當(dāng)眾儒生爭(zhēng)論不休、各抒己見時(shí)，秦始皇趁機(jī)下令秘殺填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山谷里。于是有人便根據(jù)這一點(diǎn)而偏向于傳統(tǒng)的說法，認(rèn)為秦始皇確實(shí)有過“坑儒”的行為。

但有人研究諸史籍，認(rèn)為“焚書”有之，“坑儒”則無，實(shí)是“坑方士”之訛。“坑方士”事見始皇三十五年，因?yàn)楹睢⒈R二人求仙藥不成，他們懼“秦法不得兼方，不驗(yàn)輒死”，罵了秦始皇一番后逃走。既然事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”，當(dāng)然不能說被殺的四百六十余人中沒有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被殺的主體應(yīng)該是方士，而被殺的原因更與儒家的政治主張和學(xué)派觀點(diǎn)無關(guān)。所以即使被殺者有儒生，也并非因其為儒生而得罪，總是與方士們有某種牽連之故。因此絕無理由說秦始皇“坑儒”。盡管秦始皇早因“坑儒”之舉背上千古罵名，然而，直到今天，秦始皇究竟有沒有“坑儒”這一謎團(tuán)還是沒有解開。