張居正死后初期，萬歷帝尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。他先采取非常手段，擺脫張居正、馮保和李太后的影響和控制，萬歷皇帝最重要的政績就是進行了“三大征”，表現出一定的魄力和能力。但是，萬歷皇帝并沒有在此基礎上更進一步，而是居功驕傲，怠于政事，從勵精圖治到消極怠政。

萬歷十四年九月，萬歷帝因病連日免朝，給內閣的解釋是“頭暈眼黑，力乏不興”，服藥之后依然“身體虛弱，頭暈未止”，不但無法上朝，祭祀太廟也無法親自前往。萬歷十四年后，萬歷帝就開始連續不上朝。李太后年紀漸大，對明神宗也實在無力再管束。

自萬歷十六年后，常朝也經常看不到萬歷帝。萬歷帝整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年還進行選美。神宗還好營建，經常大興土木。在他二十一歲時就開始籌建陵園。

萬歷十七年元旦后，萬歷帝以日食為由免去元旦朝賀。此后每年的元旦萬歷帝再也不視朝。同年十二月二十一日，大理寺左評事雒于仁上疏，稱神宗沉湎于酒、色、財、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請罷官。

萬歷帝還派礦監和稅監搜刮民間財產，導致多處民變發生。由于萬歷帝不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬歷三十年(1602年)，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名;各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。萬歷帝委頓于上，百官黨爭于下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：“論者謂：明之亡，實亡于神宗?！?/p>

最后萬歷帝竟三十年不上朝，只在萬歷四十三年(1615年)勉強到金鑾殿上，許多朝臣都沒見過皇帝一面，導致國力衰退。

萬歷帝在位期間另外兩項嚴重敗壞朝綱的事件是東林黨爭和國本之爭。東林黨源于顧憲成組辦的東林書院。東林黨一詞則起源于萬歷三十八年的一次人事變動事件。起因是內閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績的淮揚巡撫李三才入閣，結果被反對李三才入閣的勢力摸黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起后，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權后，東林黨更受到嚴重打擊。直到崇禎初年東林黨才重新被啟用。

另外一項政爭是國本之爭。主要是圍繞著皇長子朱常洛與鄭貴妃所生的福王朱常洵。萬歷帝遲遲不立太子，令群臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬歷二十九年，朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利后，福王才離京就藩。

不過萬歷朝的亮點則是包括援助朝鮮王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應龍之亂的的萬歷三大征都取得了勝利。萬歷四十六年(1618年)，后金努爾哈赤以“七大恨”告天，誓討明朝。次年在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝對女真從此轉為戰略防御。