明朝在平定云南之后就根據(jù)云南少數(shù)民族的特點，在廣大少數(shù)民族地區(qū)實行土司制度，并不斷的使之完善。可是隨著社會的不斷發(fā)展和進步，土司制度的弊端越來越明顯，已經(jīng)不再適合邊疆少數(shù)民族地區(qū)的發(fā)展和中央的統(tǒng)治了。它雖然在歷史上起過有益的作用，但是本身這一制度就有不少的弊端。

土司統(tǒng)治下，土司世官其土，世有其民，對所屬人民有生殺予奪的權(quán)力，“主仆之分，百世不移”。土司統(tǒng)治下，人民生活艱難，同時也嚴重的阻礙了社會經(jīng)濟的發(fā)展。土司之間，土司內(nèi)部也時常斗爭，相互搶劫村寨，濫殺無辜，使人民遭殃，影響了邊疆的穩(wěn)定。土司擁有自己的武裝，他們利用自己的兵丁鎮(zhèn)壓當?shù)厝嗣瘢姑ⅲ褋y不絕。土司制度的長期存在，不利于國家的統(tǒng)一。隨著歷史的發(fā)展，土司制度的落后性與弊端日益突出。廢除土司制度已成為歷史發(fā)展的必然。

于是，在明朝末年的時候，在一些條件比較成熟的地方首先就廢除了土司，改以流官取代土官，實行改土歸流。

但是，有目的、有計劃的大規(guī)模的改土歸流主要是發(fā)生在清代雍正年間，主持西南改土歸流的是云貴總督鄂爾泰。鄂爾泰認為土司制度是西南邊疆的最大隱患，必須盡早盡快解決。只有將橫暴桀驁的土司逐漸擒拿，在其統(tǒng)治地區(qū)逐漸改設流官，才是治本的方法。否則是不能解決西南邊疆的穩(wěn)定和安寧的。鄂爾泰的改土歸流主要以政治手段即招撫為主，在一些地區(qū)也通過武力強制實行改土貴流。

經(jīng)過雍正年間的改土歸流后，云南境內(nèi)的土司所剩已不多，剩余土司中的大部分一直延續(xù)到20世紀50年代。改土歸流后，清政府在原土司領(lǐng)地分別設置府、州、廳、縣，委派有任期、非世襲的流官進行直接統(tǒng)治，實行和內(nèi)地一樣的各項制度，如設立保甲、編制戶口、丈量土地、厘定租稅、清查錢糧、建立學校、推廣儒學等。這不但促進了西南地區(qū)社會經(jīng)濟的發(fā)展和文化教育的進步，也大大加強了清王朝在云南的統(tǒng)治，使云南邊疆與內(nèi)地在政體上統(tǒng)一，進一步鞏固了多民族國家的統(tǒng)一。