在我國古代史籍中，對新疆長期通稱為西域。清朝統一新疆之后，曾一度數名并用;西域、西疆、西陲、新疆等四個名稱的使用，屢見與公私著作與公文之中，如：《西域圖志》《西陲要略》《新疆識略》，等等。1884年新疆建省之后，就一直通用新疆一名，而不再使用西域、西疆、西陲等名稱。這中間的歷史原委，需要加以說明。

清朝入關以前，它所統轄的疆域僅限與東北地區。清朝統一中國之后，將它所統轄的版圖的幾個地區均曾一度稱為新疆，除稱“云南烏蒙地區、貴州黔東南古州一帶、貴州安順與鎮寧附近一帶和西域等幾個地區為新疆”以外，(見肖之興同志所寫的《清代的幾個新疆》載《歷史研究》，1979年第八期)“還有一個被稱為新疆的地區，即四川大渡河上游的大小金川地區。”(見齊清順同志所寫的《大小金川地區也曾被稱為新疆》，載《新疆史學》，1980年第一期。)從整個的中國歷史來看，西域連同四川、云南、貴州等省的一些地區自古以來都是中國的領土，都是中國的舊疆。清朝皇室所以把它們名之曰新疆，只是由于它們對清朝皇室來說是新統治的地區罷了。

那么，在新疆建省之后，為什么廢棄了西域、西疆、西陲等名稱，而通用新疆這一名稱呢？這是有其深刻的歷史根源的。自從近代以來，資本主義列強對我國大肆侵略，對我國的領土貪婪地鯨吞蠶食。對地處我國西北邊疆的新疆，沙俄和英國的侵略尤為囂張。1865年浩罕國的阿古柏匪幫在沙俄和英國的支持下，侵入新疆，侵占了我國天山南北的大片領土，沙俄也趁機侵占了新疆的伊犁地區。在這個國土被蹂躪、人民遭涂炭的嚴重時刻，在全國輿論的壓力下，清朝政府派出了以左宗棠為統帥的大軍，著手收復新疆。在新疆各族人民簞食壺漿、配合作戰的積極支援下，清軍于1878年徹底消滅了阿古柏匪幫，并于1882年迫使沙俄侵略軍撤出了伊犁。

左宗棠積極主張建立新疆省，以鞏固邊防，抗御外國侵略。這個正確的主張，終于為清朝政府所采納。左宗棠在1882年給清朝政府的奏議中，曾提出了“他族逼處，故土新歸”的論點(見《左文囊公全集·奏稿》第五十九卷)這是含有深刻的意義的。為什么叫做“故土”呢？因為自漢唐以來就是我國固有的領土。為什么又叫做“新歸”呢？因為是新從沙俄和阿古柏匪幫的魔爪中收復的失地。在“故土新歸”的歷史條件下，建省后統一用新疆之名，而廢止了前此使用的其他名稱，實含有深意：有著收復失地的紀念意義;有著驅逐了外國侵略者的紀念意義。因此，在熱愛祖國的我國各族人民的心目中，新疆這個名稱確實是一個很好的名稱，是一座富有歷史紀念意義的豐碑。

需要特別強調的是，自從公元前60年(漢宣帝神爵二年)西漢政府設置西域都護以來，新疆始終是祖國領土的一部分。雖然在歷史上新疆曾經出現過一些割據一時的地方性政權，統一始終是歷史發展的主流。存在了兩個多世紀的喀喇汗朝是一個地方性的政權，其歷代汗(王)的名字之前多冠以“桃花石”(意既中國)，當時他們還把中國分為三個部分：把南宋管轄的地區稱為上中國;把契丹所管轄的地區稱為中中國;把喀喇汗朝所管轄的地區稱為下中國。這個史例足以說明，即使在當時全國處于分裂狀態的歷史條件下，喀喇汗朝還自認為是中國的一部分的。