經學

馬融之學，屬于古文經學中的一種典型。在儒家經學的發展史上，馬融開始了綜合各家、遍注群經這種帶有開創性的工作，他的經注成就，使古文經學開始達到成熟的境地，預示著漢代經學發展將步入新的時期。

馬融長期在東觀校書著述，為他能綜合各家之學，遍注古文經典，提供了十分有利的條件。他善于吸取前人的學術研究成果，他曾經想注解《左氏春秋》，見了賈逵、鄭眾的注解，就說：“賈君精而不博，鄭君博而不精。有精有博，我沒有什么說的了?！彼C合了賈、鄭二家的優點，撰成《春秋三傳異同說》，是《春秋》學集大成的一部專著。馬融還曾與北地太守劉環討論過《春秋》學的一些分歧問題。據考證，馬融注《易》源于《費氏易》，又雜采子夏之說以及孟氏、梁丘氏、京房氏諸家《易》學。注《尚書》，取鄭氏父子和賈逵之說。注《詩》，除《毛氏詩》外，兼采《韓詩》。此外，馬融還注《三禮》、《孝經》、《論語》、《老子》、《淮南子》、《離騷》、《列女傳》等。著賦、頌、碑、誄、書、記、表、奏、七言、琴歌、對策、遺令，共二十一篇。

馬融的經學著作多已散佚。清人編的《玉函山房叢書》、《漢學堂叢書》都有輯錄。另有賦頌等作品，有集已佚，明人輯有《馬季長集》。馬融會鼓琴，好吹笛，據《昭明文選》載，他作有《長笛賦》。

教學

馬融才高，學識淵博，是當世的通儒。他教授門徒，常有千人之多。涿郡人盧植、北海人鄭玄，都是他的學生。馬融性格放達任性，不為儒者的小節所拘。他的房屋器用衣物，都崇尚奢侈，常常坐高堂，掛紅紗帳，前面教授門徒，帳后設置女樂。他的弟子按順序傳授，很少有進入室內的。他還擅長鼓琴，好吹笛，任性而為，“不拘儒者之節”。他的前授生徒，后列女樂的作法，對以后魏晉清談家的破棄禮教產生了一定的影響。