1644年的中國，正是明清交替。歷史舞臺上有三位主角：明朝皇帝朱由檢、農民起義軍闖王李自成、清朝的攝政王多爾袞，或許還應加上一位，明朝的遼東總兵吳三桂。其實，還有一位主角一直為人們忽略：小老鼠。

1644年，農歷3月15日，闖王李自成率大順軍抵達北京城北郊的居庸關。這里是北京城的最后一道天險，然而關隘卻無人防守，明朝總兵唐通出降。接下來發生的事，人人皆知：李自成的隊伍勢如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由檢吊死在景山一棵老槐樹上。

然而，1644年3月李自成所面對的北京，實際已是一座疫病蹂躪的鬼城。這場大疫，是從崇禎六年到崇禎十七年間流行，發源地大致在山西的興縣，然后到大同，再到潞安。接著，鼠疫傳到陜西的榆林等地。崇禎十四年時，大疫傳到河北大名府、順天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相殺食”的記載。崇禎十六年，也就是北京城破的前一年，北京也發生大疫。

為何判定北京的這場大疫是鼠疫？明人當時的筆記稱這場大疫為“疙瘩瘟”、“疙疽病”，這實際是對腺鼠疫患者淋巴結腫大的稱呼，而當時的傳染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。”只有鼠疫才能有如此烈性威力。

到崇禎十六年四月時，北京每天死人上萬，以至于城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。有一個統計數字，這場大疫奪走20萬北京人的性命，而北京城當時的人口，估計在80萬到100萬，也就是說，每四到五個北京人中，就死掉一人。“堪稱是一場超級大瘟疫”。當時的北京城里盛傳種種白衣人勾魂的流言，一到晚上，民間整夜敲擊銅鐵器驅鬼，“聲達九重”，官方也沒法制止——這是怎樣的一座鬼氣森森的城市！

這時候，政府還能做點什么？當時的皇帝似乎已經顧不上這事。雖然在崇禎十六年二月疫情就爆發了，直到了七月，駙馬鞏永革上疏說，請皇帝“軫念孓遺，亟賜拯救”，這時朱由檢才下了一道諭旨，撥銀兩萬兩，令五城巡城御史收埋死尸，再撥一千兩銀子給太醫院，醫治病民。然而病人、死人太多，這點銀子杯水車薪，根本不夠用。

即使貴為宮廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。開始宮中每死一人，還能得到四千錢的撫恤，后來，連這個錢也沒了。

可以想象，這時駐在北京的明朝軍隊怎能幸免于瘟疫。當時在北京的明朝軍隊，名義上說有十來萬，大疫過后，少了一半。按一位明朝遺民張怡的說法，當時李自成的隊伍殺過來時，能上京城城墻上防守的軍人，連一萬人都湊不齊。不但是士兵、小販、雇工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。當時的守城將官低聲下氣求人來守城，“逾五六日尚未集”，朱由檢下令讓太監三四千人上了城墻。到了李自成兵臨城下時，北京內城上五個城垛才有一個士兵，而且都是老弱病殘，“鳩形鵠面，充數而已”，三月十七日李自成已經到了西直門時，京城還沒什么像樣的防御，而士兵們每天只有百余文錢去買粥充饑，怎能抵擋李自成的精銳之師？

有史料說，當時的明朝軍隊打仗時，士兵躺在地上不肯動，軍官“鞭一人則一人起”，可是這個起了那個又趴下，說他們是軍心渙散也罷，全無斗志也罷，或許，這都是一群半死的病人。

但是，這里仍有疑問。首先就是，李自成的隊伍攻進一個大疫之城，他們自己難道不會被傳染？專家對此的解釋是，李自成進城的時刻恰逢其時。正好到這個時候，北京的腺鼠疫已經基本平息，而肺鼠疫，因為天氣轉暖，還沒能流行開來。

這里要解釋一下腺鼠疫與肺鼠疫。一般人們都知道，鼠疫是一種由老鼠傳染的烈性傳染病。具體說，是由老鼠身上所帶的跳蚤，將鼠疫桿菌傳染給了人。這是腺鼠疫。腺鼠疫的顯著特征，就是淋巴結腫大潰爛。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫轉化而來，表現為劇烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厲害，在于它是人與人之間的傳染，已經不需要老鼠作為中介。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在氣溫低的條件下。

每一種疾病，有每一種疾病的機理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度時，它就會平息下來。這個時候李自成來了。如果李自成早幾個月進來，他們也會被鼠疫消滅掉，不過，到最終清軍還會進來，這個大趨勢不會變。歷史的演變真是非常有意思。

如果沒有戰事，或許明朝政府還可以集中精力去應付災荒。但明朝末年的時候，明王朝面臨著強大的外敵入侵。為了應付遼東防務的沉重負擔，于是加緊對社會攤派苛捐雜稅，這又導致社會矛盾激化，激起一輪又一輪的民變。戰爭，又導致災荒和疫病的后果成倍擴大，無法收拾。

災荒、疫病、戰爭，1640年代的中國，這幾種因素相互影響，相互作用，使得神州大地生靈涂炭，山河破碎。據學者統計，明清易代之際，因非正常死亡，中國的人口減少了約四五千萬。