朱棣謀反，最終見(jiàn)到的是建文帝的一具燒焦了的尸體，那么廢墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死沒(méi)死，沒(méi)死的話他又逃到了哪里？朱棣非常懷疑，但也實(shí)在找不到建文帝。后世史學(xué)家和民間傳說(shuō)非常之多，也很離奇。

一種說(shuō)法認(rèn)為，建文帝并沒(méi)有死，而是逃出南京，到了貴州的一個(gè)寺廟當(dāng)了和尚。據(jù)說(shuō)，在燕王朱棣圍城之后，建文帝叫天天不靈，叫地地不應(yīng)，為防被俘受辱，建文帝決定自盡殉國(guó)。這時(shí)，突然有一個(gè)太監(jiān)跑了過(guò)來(lái)，他告訴建文帝，太祖皇帝臨終前曾經(jīng)交給他一個(gè)密匣，并叮囑他如果皇上遇到危難，可以打開(kāi)匣子。建文帝聽(tīng)后，急忙命這個(gè)老太監(jiān)取來(lái)密匣，打開(kāi)一看，里面裝有三套袈裟，三張度牒，一把剃刀，三張度牒上分別寫著應(yīng)賢、應(yīng)能、應(yīng)文三個(gè)名字。應(yīng)文指的是建文帝朱炆，應(yīng)賢、應(yīng)能分別是指建文帝的心腹近臣楊應(yīng)能、葉希賢。匣中還有一封信，上面寫道"應(yīng)文從鬼門出，余從水關(guān)御溝而行，薄暮，會(huì)于神樂(lè)觀之西房"。建文帝一看，便明白這是太祖皇帝早就預(yù)料到自己會(huì)有今天，傳此密匣，告知自己剃發(fā)為僧從密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃發(fā)做了和尚，從鬼門逃出宮去開(kāi)始了浪跡天涯的游行四方的僧人生活。

建文帝化妝出逃之后，皇后馬氏為了掩護(hù)他，命令太監(jiān)放火燒城，然后自己跳入火海。自焚而死。第二天朱棣攻入皇宮之后，搜尋建文帝的下落，太監(jiān)、宮女們迫于壓力，便慌稱建文帝以自焚而死，并指認(rèn)皇后的尸體就是建文帝，此時(shí)火中找出的尸體已被燒的面目全非，難以辨清，就這樣朱棣信以為真，沒(méi)再追究。

有人甚至還找到了建文帝出家后的隱居之所，貴州安順平壩縣境內(nèi)的高峰寺。據(jù)《平壩縣志》記載：高峰山寺內(nèi)齋堂地下有一個(gè)藏身洞，洞底有一塊石碑上刻有"秀峰肇建文跡塵知空般若門。"的銘文，此外，寺中的另一塊石碑上刻有開(kāi)山祖師秀峰收留建文帝的經(jīng)過(guò)。以此，后人推測(cè)此處就是建文帝出家之后的歸宿之地。

建文帝歸隱貴州高峰寺為一種說(shuō)法，還有人認(rèn)為，建文帝出逃之后沒(méi)有去貴州，而是就近在在蘭溪市東山上的一座古寺歸隱，東山又名皇回山，是金華山脈的一支，寺院里的和尚世代口傳建文帝在此削發(fā)隱蹕的傳說(shuō)，并說(shuō)寺院中還保留有建文帝的隱居之處和古碑遺跡。在寺院的大殿內(nèi)，塑的是身穿袈裟的建文帝像，左右兩旁分別為伴帝出家的楊應(yīng)能、葉希賢兩人，殿內(nèi)的后壁繪有建文帝遜國(guó)出逃的路線。此外寺院內(nèi)還保留有建文帝出家后所作的幾首詩(shī)："百官不知何處去，惟有群鳥(niǎo)早晚朝"；"塵心消盡無(wú)孝子，不受人間物色侵"。詩(shī)中意蘊(yùn)飽含倉(cāng)皇出逃，歸于世外的無(wú)奈和憂傷，為建文帝歸隱于此，又添一證據(jù)。

另外，還有一種比較流行的說(shuō)法，就是建文帝從南京城逃出之后，輾轉(zhuǎn)來(lái)到泉州，流落到海外，后來(lái)明成祖繼位之后，派鄭和下西洋，就是為了尋找流落海外的建文帝。傳說(shuō)，建文從密道中逃出京城之后，見(jiàn)前往北方的道路大都被燕王的軍隊(duì)圍阻，因此不得不化妝南下，輾轉(zhuǎn)來(lái)到武昌羅漢寺。羅漢寺的住持達(dá)玄和尚，看過(guò)建文帝的度牒后，趕緊將建文引入寺中躲藏。過(guò)了一段時(shí)間后，建文帝等人見(jiàn)此處易于被燕王的爪牙發(fā)現(xiàn)，他們又在達(dá)玄和尚的指引之下做船前往泉州開(kāi)元寺，然后輾轉(zhuǎn)逃到海外。據(jù)《泉州開(kāi)元寺志》記載，當(dāng)時(shí)泉州開(kāi)元寺的住持念海和尚正是羅漢寺住持達(dá)玄和尚的弟子。建文帝來(lái)到泉州開(kāi)元寺之后，便隱匿寺中，派人尋找出逃海外的機(jī)會(huì)。終于有一天，他們坐上了一個(gè)阿拉伯商人的貨船，隨行來(lái)到印度尼西亞的蘇門達(dá)臘島，開(kāi)始在此隱居，據(jù)說(shuō)，當(dāng)?shù)氐娜A人，至今仍在每年農(nóng)歷五月十六建文帝登基那天，舉行隆重的拜"皇爺"之禮。

關(guān)于建文帝的生死和下落自古至今一直眾說(shuō)紛紜，爭(zhēng)論不休，對(duì)于此，每一種說(shuō)法都只能說(shuō)是一家之言，因?yàn)闆](méi)有哪一種說(shuō)法說(shuō)自己有十分確鑿的證據(jù)，說(shuō)歷史事實(shí)就是這樣。也許建文帝的生死與下落真的如其它歷史之謎一樣，是一個(gè)永遠(yuǎn)解不開(kāi)的謎。