鐘粹宮在清朝晚期，因慈安太后在此居住，建筑格局，有了變化，如增建垂花門、拓建游廊等。

清慈安太后，鈕祜祿氏，廣西右江道穆揚阿女，奕詝登極前，便是側福晉。嫡福晉薩克達氏在咸豐登極前去世。咸豐帝登極，先將側福晉鈕祜祿氏封為貞嬪，后晉為貞貴妃，咸豐二年(1852年)冊封為皇后。慈安太后從受冊封為皇后起，雖然曾短暫居住在西六宮區的長春宮，但從同治親政，到光緒七年(1881年)暴崩，鐘粹宮是慈安太后一生中最重要的居住宮院。同治帝曾到鐘粹宮慈安太后前，陪侍午膳。同治十年(1871年)正月初二，同治帝又到鐘粹宮問慈安皇太后安，隨后奉慈安和慈禧到漱芳齋，侍午膳。

慈安皇后在咸豐十年(1860年)，隨帝逃往避暑山莊。轉年(1861年)七月，咸豐帝死，她為未亡人，年二十五歲。載淳繼位，就是同治帝，兩宮并尊：尊慈安為“母后皇太后”、慈禧為“圣母皇太后”，加以區別。因慈安太后住居在東六宮的鐘粹宮，俗稱慈安太后為“東太后”;慈禧太后住居在西六宮的長春宮，俗稱慈禧太后為“西太后”。

慈安太后有三件事被歷史記憶，也被后世關注：

第一件是兩宮太后垂簾聽政。同治帝繼位年的十一月初一日，明清政治史上發生一件大事：“兩太后御養心殿，垂簾聽政?！边@不僅是改變清朝祖制，而且是明清皇朝史上的空前之舉。第二件是同治八年(1869年)，慈禧大太監安得海出京，山東巡撫丁寶楨將其捉拿，慈安太后立命誅之。第三件是光緒七年(1881年)三月初十日，慈安皇太后在鐘粹宮突然崩逝，年四十五。

安得海的死和慈安的死，兩者之間，有關聯嗎？有人、有書說有。

先說安得海的死?！肚迨犯濉ず箦鷤鳌酚涊d：“同治八年，內監安得海出京，山東巡撫丁寶楨以聞，(慈安)太后立命誅之?！睆拇舜褥劝步Y下嫌怨。事情經過是：慈禧貼身太監安得海，受慈禧派遣，乘樓船南下，行至山東泰安，山東巡撫丁寶楨密派人跟蹤追捕抓獲，將其送到濟南。安得海言：“我奉皇太后命，織龍衣廣東！”丁寶楨上奏朝廷，慈安太后問：“法當如何？”諸臣叩頭奏：“祖制太監不得出都門，擅出者，死無赦！”巡撫丁寶楨“棄安得海于市”，丁寶楨殺了安得海，暴尸三天。慈禧當時沒有怨恨、報復，反而讓他升為總督。為什么？有人分析道：慈禧年輕守寡，傳聞同安得海“有一腿”。安得海暴尸三天，公示安得海確是一個太監，從而為慈禧太后洗刷了不白之傳言。

再說慈安太后的死。慈安的死，死得突然?！肚迨犯濉さ伦诒炯o》記載：光緒七年(1881年)三月“辛未(初九日)，慈安皇太后不豫，壬申(初十日)，崩于鐘粹宮”。人們傳說慈安是被慈禧害死的。這是怎么回事呢？慈禧害了一場大病，據說是患“蓐(rù)勞”，《王力古漢語字典》說：“蓐，孕婦生產。”醫生薛福辰“說假病、下真方”，用補藥，效果好。慈禧病愈，慈安知道慈禧失德，仍置酒感悟她。慈安保存咸豐臨終前給她的手諭——內容是如果慈禧跋扈，就用此諭誅之。慈安把這份手諭給慈禧看了，又當著慈禧面燒了。慈禧對慈安的舉動既驚訝又感動。

數日后，慈禧請慈安到長春宮，拿出點心招待慈安。慈安有午睡醒后吃點心的習慣，就吃了點心，連說：“好，好！”慈禧說這是她娘家送來的。過了幾天，慈禧派人送點心給慈安。慈安吃了慈禧派人送來的點心后，腹痛惡心，遽然死去，年四十五。慈安死后，沒等娘家人來就入殮，更加引起人們的猜疑。據載：孝貞(慈安)崩，諸臣皆大驚，抵宮見孝貞已小斂，慈禧坐矮凳上。按慣例，后妃薨，即傳戚屬入內瞻視后小斂，但孝貞薨，椒房無預其事者。又云：孝貞故喜小食，薨日，慈禧以糕餅進御，逾數時薨。(《述庵秘錄》)然而，慈安得的是什么病，慈禧是否害死慈安，慈安是否保存咸豐帝手諭，宮廷詭秘，沒有確證。這正給戲曲小說和影視創作留下想象空間，也成為學者難以解開的歷史懸案。

常言道：害人之心不可有，防人之心不可無。慈安太后死因懸案，給后人留下點思考。