馬曉云，原名馬方杲，1906年9月4日出生于山東省長山縣三區北旺莊(現淄博市周村區)一個比較富裕的農民兼手工業者家庭。兄弟3人，兄馬耀南，弟馬天民。馬曉云高小畢業后，回家務農。農閑時，他經常與村里的伙伴們一起舞槍弄棒，到處拜師訪友，習練武藝。他的這些活動，引起家人的不滿。為此，年輕氣盛的馬曉云，竟拋下新婚的妻子，跑到天津在東北軍里當了兵。由于他有文化，為人機警，很快就被接連提拔，后來當上了營副。1931年九一八事變后，東北三省相繼淪陷，日本侵略軍在東北的滔天罪行，激起了馬曉云的無比仇恨。同時，他對蔣介石賣國投降，推行不抵抗政策，感到十分失望。遂決心脫離國民黨部隊，回家鄉組織抗日武裝。

馬曉云首先找到其內兄石文齋，然后又找到聶麥青、馬涵山、尹德村等人，讓大家互相串連宣傳抗日，并積極籌集槍支彈藥，等待時機拉隊伍抗日。

1937年12月27日，姚仲明、廖容標、趙明新等在長山中學校長、進步人士馬曉云的哥哥馬耀南的支持下，率領長山中學百余名師生，在黑鐵山下太平莊舉行了有名的黑鐵山起義，成立了山東人民抗日救國軍第五軍，由廖容標任司令員，姚仲明任政委，馬耀南任參謀長。馬曉云和馬天民也帶領隊伍和槍支彈藥參加了這支起義部隊。

黑鐵山起義，震動了周村和長山地區。廣大人民為之歡欣鼓舞，敵人為之膽戰心驚。日軍妄圖用武力消滅這支新生的抗日武裝。

1938年1月19日下午，日偽軍突然包圍了北旺莊。馬曉云混入慌亂的人群中，想突圍出村。可是村子周圍崗哨林立，通向村外的路口已被封鎖，只好回到家里。他剛把槍藏好，敵人就闖進來，把他逮捕了。

在周村憲兵隊里，敵人對馬曉云嚴刑拷問，要他說出馬耀南和起義部隊的情況，馬曉云只字不吐。氣急敗壞的敵人給他灌辣椒水，坐老虎凳，他被折磨得幾次昏死過去，依然堅貞不屈，嚴守抗日隊伍的秘密。

馬曉云被捕后，其母心急如焚，變賣家產籌款營救。山東人民抗日救國軍第五軍的領導同志得知消息后，決定由馬天民化裝進入周村，通過各種關系，重金賄賂，買通洋行、漢奸隊，并由社會人士保釋，敵人才以“抓錯”為名，把馬曉云釋放。

同年4月，山東人民抗日救國第五軍第七支隊正式成立，馬曉云任支隊長。支隊下轄第二十五、第二十六、第二十七中隊和一個特務隊。第七支隊在馬曉云領導下，神出鬼沒地在膠濟鐵路沿線打伏擊、扒鐵路、摸碉堡、搶敵人的物資、懲罰漢奸。隊伍一天天發展壯大，戰斗力不斷增強。

為了適應抗日的需要，把部隊建設成為一支堅強的抗日武裝，中共蘇魯豫皖邊區省委決定對第五軍進行整編。馬曉云對省委的決定，態度明朗，堅決擁護。1938年6月，第五軍在鄒平縣城東關召開了整編會議，楊國夫傳達了省委的批示，宣布將山東人民抗日救國軍第五軍整編為八路軍山東人民抗日濟南第三支隊。馬耀南任司令員，楊國夫任副司令員，霍士廉任政治委員。馬曉云領導的七支隊、馬涵三領導的二支隊及槐煥文帶來的兩個中隊，合編為第七團。馬曉云任團長，陳興任政委，樊語鄉任政治處主任。

不久，混入部隊的國民黨員張景南、高竹筠妄圖叛變投敵，并乘副司令員楊國夫率特務營去臨淄之際，帶領4個連隊，包圍了駐在鄒平縣城東關的第三支隊司令部。在這危急時刻，駐在鄒平城外劉家莊的馬曉云，立即率領部隊前來救援，并殺開重圍，進入司令部，加強了防守力量。叛變分子組成敢死隊向司令部發動了幾次進攻，都遭到英勇抗擊，只好匆匆逃去。

叛變分子的進攻被粉碎后，副司令員楊國夫回到鄒平，他對馬曉云保衛司令部的果敢行動極為贊賞。隨后，馬曉云還幫助部隊解決了經費和彈藥缺乏的問題。

1939年5月，日軍對清河地區抗日根據地進行“掃蕩”，馬曉云奉命帶領第七團深入敵占區，在膠濟鐵路兩側活動，打擊和牽制敵人，配合第三支隊主力進行反“掃蕩”斗爭。

一天，馬曉云得到情報，小周家莊據點的敵人外出執行任務，據點內只有7名日軍駐守。馬曉云當即決定端掉這個據點，并和同志們共同研究制定了嚴密的行動計劃。他親自帶領部分戰士連夜趕到小周家莊，并按照情報員提供的情況和路線，悄悄地摸進了據點院內，然后兵分三路，干凈利落地消滅了敵人，接著放火燒毀了據點，帶著戰利品迅速撤離。第二天晚上，他又和7名戰士化裝成日軍官兵，大搖大擺地走進了涯莊車站，乘敵不備，突然一齊動手，把駐車站的8個日軍全部消滅，繳獲了一批武器彈藥。

在這時期，馬曉云帶領部隊在膠濟鐵路沿線頻頻出擊，連戰皆捷。敵人被打得焦頭爛額，惶惶不安。因此，敵人只好把“掃蕩”清河抗日根據地的部隊抽調回來，保護鐵路沿線，從而粉碎了敵人對清河地區抗日根據地的“掃蕩”。

1939年7月22日，三支隊主力轉移桓臺縣牛王莊，突然遭到日偽軍的襲擊。司令員馬耀南在大寨村壯烈犧牲。

兄長犧牲的消息傳來，馬曉云非常悲痛。清河特委宣傳部長趙明新代表黨組織來看他，馬曉云強忍住內心的悲痛，低聲說：“不要說了，我都知道了，感謝楊司令員和同志們對我的關心。大哥活著的時候，對我教育很大，今天想起來我做得還不夠。今后，我不但要繼續堅持抗日到底，而且要堅決按共產黨指的路向前走”。

在黨組織和同志們的幫助下，馬曉云很快就光榮地加入了中國共產黨。

馬曉云后來得知，三支隊主力多次被敵人包圍襲擊，都是由漢奸段書云通風報信所致。馬曉云遂決定除掉這個漢奸。

1939年8月下旬的一天傍晚，段書云的警衛員劉旭海，突然找到馬曉云說：“段書云最近策劃，要騙你和你身邊的幾位同志到他那里，說是老朋友會面，實際上是要殺害你們，請千萬小心，不要上當！我一向很敬重你的為人，所以才冒險出來給你報信。”

劉旭海走后，馬曉云與其他同志研究決定將計就計，并制定了周密的行動計劃。最后順利地槍決了段書云這個罪大惡極的漢奸。

1939年底，黨組織抽調馬曉云去延安抗日軍政大學學習。臨行前八路軍山東縱隊徐向前司令員和朱瑞政委接見了他。馬曉云對組織的決定十分高興，并感謝黨組織的培養，表示一定竭盡全力圓滿完成學習任務。

1940年初，馬曉云一行7人在部隊的護送下踏上征程。4月底，終于輾轉來到了日夜思念的革命圣地——延安。馬曉云仰望高聳的寶塔山，抑制不住喜悅幸福的心情。

馬曉云在抗大比較系統地學習了馬列主義和毛澤東的著作。通過學習，他的政治思想覺悟更高了，革命的信心更加堅定了。特別是毛澤東主席和其他中央首長親臨學校看望學員，給他們作報告，和他們促膝談心，使馬曉云受到極大的鼓舞和教育。

1942年春末夏初，學習期滿。他離開生活了兩年的延安，回到山東，被分配到清西軍分區任副司令員。

馬曉云在開展對敵斗爭中，十分注意斗爭策略，對敵偽人員能分別不同情況區別對待。對于那些死心塌地與人民為敵的漢奸、叛變投敵分子堅決打擊，嚴懲不貸。對于那些罪惡不大，能夠爭取的敵偽人員，則盡力爭取教育，使其立功贖罪或參加到抗日隊伍中來，分化瓦解了敵人。

經過一段時間的艱苦工作，清西抗日根據地得到鞏固，抗日隊伍不斷發展壯大。不久，上級根據斗爭形勢的需要，批準成立了清西專員公署。馬曉云被任命為專員。

1944年1月，根據中共山東分局、山東軍區的指示，清西軍分區改為渤海軍區第六軍分區，許云軒任司令員，李曼村任政委，馬曉云任副司令員。為了沉重地打擊敵人，部隊分兩路行動。司令員許云軒率一部去小清河以南作戰；政委李曼村和馬曉云率6個主力連、青城縣大隊及地方武工隊共800余人，去拔除青城縣王家莊據點。

王家莊戰斗打響了。經過反復爭奪，據點內的四個炮樓已被攻下3個，殘余的日偽軍龜縮到西南角的一個炮樓里負隅頑抗，部隊幾次攻打都未成功。馬曉云遂決定用大型炸藥包把它炸毀。他怕現有的炸藥受潮，爆炸時出問題，就專門派人領來30公斤炸藥。馬曉云從指揮所出來，想檢查一下炸藥的質量，就在這時，敵人的一發炮彈落在炸藥上，一聲巨響，墻倒屋塌。馬曉云壯烈犧牲，時年38歲。

馬曉云的犧牲，給全體指戰員帶來巨大的悲痛，然而，這悲痛立即化成了為烈士復仇的怒火。他們高呼著“為馬副司令員報仇”的口號，奮勇沖殺，勢不可擋，很快炸毀了炮樓，全殲守敵，取得了戰斗的勝利。

戰斗結束后，在政委李曼村的主持下，渤海軍區第六軍分區在田鎮(現高青縣)召開了馬曉云烈士追悼大會。