軍統(tǒng)前身是“軍事委員會(huì)密查組”(1927年)、復(fù)興社特務(wù)處(1932年4月)、軍事委員會(huì)調(diào)查統(tǒng)計(jì)局第二處(1937年)。主要負(fù)責(zé)人為戴笠。軍統(tǒng)局內(nèi)勤組織共有八處、六室、一所;外勤組織在各在城市設(shè)“區(qū)”，在各省設(shè)“站”，在一些重要城市“特別班”。其基本組織為“組”及直屬情報(bào)人員。

1946年戴笠乘坐飛機(jī)失事死后，軍統(tǒng)局進(jìn)行改組，其公開特務(wù)武裝部分與軍委會(huì)軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統(tǒng)主要機(jī)構(gòu)撤至臺(tái)灣。中統(tǒng)是國民黨CC系陳果夫、陳立夫控制的全國性特務(wù)組織。即中國國民中央執(zhí)行委員會(huì)調(diào)查統(tǒng)計(jì)局的簡稱，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年國民黨中央組織部調(diào)查科。中統(tǒng)局由國民黨中央黨部秘書長兼任局長，實(shí)際由副局長負(fù)責(zé)。陳立夫、朱家驊先后任局長、徐恩曾、葉秀峰先后任副局長。中統(tǒng)局在國民黨各省、市、縣黨部都有有分支機(jī)構(gòu)，以黨政機(jī)關(guān)、文化團(tuán)體和大中學(xué)校為活動(dòng)重點(diǎn)，特務(wù)活動(dòng)遍及全國。

到了臺(tái)灣，中統(tǒng)沒有了，只有軍統(tǒng)，陳立夫到了美國，開辦養(yǎng)雞場(chǎng)，日子過得很苦。后來，軍統(tǒng)逐漸演變成了現(xiàn)在的臺(tái)灣的安全部門。1949年蔣家王朝覆滅，“中統(tǒng)”和“軍統(tǒng)”隨著國民黨大陸統(tǒng)治的解體也在大陸覆滅了。但“中統(tǒng)”和“軍統(tǒng)”不少高級(jí)官員及分支機(jī)構(gòu)的高級(jí)特工大都輾轉(zhuǎn)至臺(tái)灣，成為蔣介石在臺(tái)灣組建情治系統(tǒng)的中堅(jiān)力量。蔣介石逃往臺(tái)灣后，為了維護(hù)其統(tǒng)治地位，實(shí)現(xiàn)其“光復(fù)大陸”的美夢(mèng)，仍然繼續(xù)苦心經(jīng)營他的特務(wù)組織，發(fā)展情治系統(tǒng)。所謂情治，就是情報(bào)治安的簡稱。

在1949年9月至1950年12月二年多的時(shí)間里，臺(tái)灣當(dāng)局先后成立了“統(tǒng)一、強(qiáng)化所有情報(bào)工作”的政治行動(dòng)委員會(huì)、臺(tái)灣情報(bào)工作委員會(huì)，以分析、研究、綜合情報(bào)為主要任務(wù)的總統(tǒng)府資料室，以訓(xùn)練、派遣特務(wù)為主要任務(wù)的“革命行動(dòng)委員會(huì)”，以專門搞武裝游擊騷擾活動(dòng)為主要任務(wù)的“國防部”大陸工作處和黨務(wù)系統(tǒng)的國民黨改造委員會(huì)第六組等幾個(gè)特務(wù)機(jī)構(gòu)，并相繼調(diào) 整了保密局、內(nèi)調(diào)局和國防二廳三大特務(wù)系統(tǒng)的人事，蔣經(jīng)國出任“總統(tǒng)府”資料室主任。

1952年，蔣介石進(jìn)一步改組臺(tái)灣的特務(wù)機(jī)構(gòu)，把“革命行動(dòng)委員會(huì)”撤銷，在國民黨中央委員會(huì)下設(shè)第二組和第六組兩個(gè)特務(wù)機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)以大陸為主要目標(biāo)的“敵后建黨”和“心理作戰(zhàn)”等特務(wù)活動(dòng)。隨后又設(shè)立了“國家最高國防會(huì)議”，蔣介石自任主席。1954年10月，蔣介石仿照美國在國家安全委員會(huì)下設(shè)中央情報(bào)局的模式，在“最高國防會(huì)議”之下，。以“總統(tǒng)府”資料室為基礎(chǔ)，成立了“國家安全局”，隨著“國家安全局”的設(shè)立，“國防部”保密局和內(nèi)調(diào)局等特務(wù)機(jī)構(gòu)也相應(yīng)地進(jìn)行了調(diào)整：以保密局為基礎(chǔ)，將大陸處和內(nèi)調(diào)局所屬對(duì)大陸進(jìn)行派遣活動(dòng)的機(jī)構(gòu)改組為“國防部”情報(bào)局，成為專門對(duì)大陸進(jìn)行特務(wù)活動(dòng)的機(jī)構(gòu);以“內(nèi)政部”調(diào)查局為基礎(chǔ)，將保密局中負(fù)責(zé)“保防”的部門劃歸“司法部”領(lǐng)導(dǎo)，成立“法務(wù)部”調(diào)查局，專門對(duì)臺(tái)灣、澎湖、金門、馬祖等地進(jìn)行特務(wù)活動(dòng)。

1958年5月，蔣介石又將“國防部”二廳改組為“國防部特種軍事情報(bào)處”(簡稱“特情處”)，1961年5月，它又?jǐn)U編為“國防部特種軍事情報(bào)室(簡稱“特情室”)、專司搜集軍事情報(bào)和勾聯(lián)策反活動(dòng)。同時(shí)在“保密局”骨干的基礎(chǔ)上，組建負(fù)責(zé)島內(nèi)安全的警備總司令部和憲兵司令部。上述各情治機(jī)構(gòu)，形成了密布于臺(tái)灣各地的情治網(wǎng)，成為維護(hù)國民黨在臺(tái)灣的統(tǒng)治和鎮(zhèn)壓人民的工具。

此后，還陸續(xù)地進(jìn)行過多次調(diào)整，如1972年5月，以國民中央委員會(huì)的第三組為主體和第六組的一部分合并為國民黨中委會(huì)海外工作委員會(huì);1973年，又將中委會(huì)第二組全部和中六組的另一部分合并成為國民黨中委會(huì)大陸工作委員會(huì)。蔣經(jīng)國、李登輝主政臺(tái)灣時(shí)，也先后對(duì)臺(tái)灣的情治系統(tǒng)進(jìn)行改組和強(qiáng)化。