當南云滿意看著自己的艦隊即將創造另外一個戰爭傳奇時候，突然出來了一陣空襲警報，接著三枚250磅炸彈命中赤城號，赤城號瞬間失去作戰能力，并不久就在海上停車，這時艦體中的機庫產生了激烈爆炸，燃燒的火焰和濃煙已經蔓延到了艦橋，這是輪機艙已經失去聯系，青木艦長立刻請求南云離艦，盡管南云百般無奈最后只能離開赤城號，可是準備離開時，去發現樓梯已經被大龍籠罩，無奈從窗口跳入大海，由巡洋艦營救，暫時把指揮轉移到了長良號巡洋艦，此時山口多聞接替南云，當南云爬上長良號時候，才發現自己浩浩蕩蕩的艦隊已經支離破碎，赤城加賀蒼龍全部擊毀，只有飛龍號還在繼續孤零零的繼續。

南云的悲劇，就個人而言，很多人認為他是水雷戰專家不適合從事機動部隊的指揮官，最終導致了中途島的悲劇，其實我感覺這不是南云的悲劇，而是日本當時航母艦隊長期積累的弱點的一次爆發。首先這次作戰， 南云的作戰思想就是模糊的。是首先攻下中途島，還是殲滅美軍機動部隊？由于南云的部隊在1942年上半年一直在印度洋作戰，實際上并沒有參與中途島的作戰計劃，這也就導致了南云在中途島戰役一開始就出現了迷茫，尤其是當美軍機動部隊出現之后，南云就在中途島和美軍機動部隊之間產生迷茫，為最后覆滅埋下了陰影。

其次南云戰敗的第二點在于南云對部下的過于依賴，南云年輕時候是標準的一個很好的日本海軍軍官，能吃苦，有鉆研的能力，然而當南云升為將軍，指揮第一機動部隊時候，南云出現了日本海軍將軍的通病，那就是每一個將軍都和藹可親，可是對部下的作戰方案只會簽名，而不會在用自己的想法思考，源田實曾回憶稱南云這種對自己作戰方案的信任有時候會讓他感覺到恐慌。過分依賴參謀，尤其是南云的參謀長草鹿龍之介，淵田美津熊在回憶錄中寫過南云放棄對珍珠港的第三次攻擊就是因為聽從參謀長的意見，同樣在中途島最關鍵的時刻第一波飛行隊回來時候，南云就是聽從草鹿龍之介建議先收回第一波飛機在起飛第二波，而就是這短短幾分鐘，美軍飛機在南云沒有將飛機送上天之前，將南云主力擊潰。而第一波飛機草鹿龍之介之所以會讓南云收回，很大原因在于第一波飛機上有很多飛行員是草鹿龍之介好友，這一點私心讓他向南云做了一個錯誤的提議。

第三，南云的性格的優柔掛斷，缺少決斷能力。在第一編隊空襲中途島效果不佳時候，第一波飛行指揮官友永丈市請求進行第二次空襲時候，南云立刻讓飛機掛炸彈準備再次空襲，可是這時候偵察飛機傳來電報，發現地方機動部隊，南云立刻命令機庫停止九七式飛機的炸彈裝載，更換為魚雷，準備對敵人艦隊攻擊，因為九七艦載機是一種既可以裝魚雷也可以裝炸彈的多用途飛機。所以南云可以淡定更換魚雷和炸彈。然后更換一半，偵察機飛行員發來電報敵人沒有航空母艦，這是B-17空襲南云艦隊，這讓南云再次決定換炸彈，然而之后偵查飛機發來電報，稱在這群艦隊后邊有一艘航母，這樣南云再次凌亂，重復作業，最終讓南云的航母機庫內裝滿各種炸藥，這時候只需要一顆小的引信就可以瞬間讓南云的航母變為一口棺材。這是南云在中途島的第一次猶豫不決但不是最后一次。在收回第一波飛機時候，南云的航母正在為戰斗機裝彈藥和汽油，和山口多聞的航母已經準備就緒，于是山口多聞請求讓他手下的蒼龍飛龍先起飛進行攻擊，而南云在這個決定面前再次猶豫，不知道怎么做，猶豫許久之后才給予拒絕，不久美軍飛機到了。。。。。。

最后南云戰敗的另外一點過于重視進攻，忘記了偵查。在當時，南云的航母采取仍然是單扇式搜索，而且沒有專業偵察機，用的還是老式水上飛機進行偵查，只有南云的赤城號帶了幾架零式改的偵察機，還是試驗機型，這就讓南云作戰時候，往往派遣出第一波編隊時候，偵察飛機才能報告出南云附近有沒有敵方艦隊，這樣可以用第二波編隊對敵攻擊，這在印度洋戰場上先出現過兩次，一次是空襲仰光之戰，一次空襲錫蘭，當時對方艦隊力量薄弱，所以很快被南云殲滅，英國的競技神號就是這么被南云干掉的，然而到了中途島，美軍的卡特琳娜一直在南云的上空盤旋，而南云卻有很長一段時間不知道美軍航母位置。同時在中途島之戰，利根號，筑摩號的彈射器出問題，南云竟然沒有及時派出艦載機去補救，這也是南云兵敗中途島的最重要原因。

戰爭沒有誰聰明誰愚蠢，有的只是雙方不停的犯錯，最終犯錯最多的一方丟掉戰爭，這一點“沉默提督”斯普魯恩斯在中途島給我們以完美的展示，而南云的失敗不是他一個人的悲哀，而是那個時期整個日本高級海軍將領的共同悲哀。