1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的農復會一次會議，討論農業教育改進和保送臺大學生出國深造問題。在這個會上，傅提了不少意見，據在現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯后稍事休息，傅又于下午2時許趕往省議會廳，列席臺灣省參議會第五次會議。這一天，參議會上所質詢的問題全是有關教育行政方面的事務。下午會議開始后，傅斯年登臺講話，但主要由時任臺灣省教育廳廳長的陳雪屏作答。大約到了5點40分左右，參議員郭國基突然蹦將起來質詢有關臺大的問題。這郭國基乃臺灣省屏東人，生于1900年，曾留學日本。此人好勇斗狠，一生的理想追求就是造反起事，占山為王，或先把天下搞亂，然后再由他出面來個“天下大治”等。在日本留學時，郭氏就開始率領李鐵拐、張歪嘴、王拴狗等一幫烏合之眾與流氓無產者，打起“蒼天已死，國基當立”的大旗或明或暗地鬧將起來。抗戰勝利后，他對國民政府派員接收臺灣極不甘心，再度以流氓無產者的姿態和當地碼頭黑老大的形象，糾集蔣渭川、王添燈等一批流氓惡棍加日治時期豢養的漢奸走狗，與以國民政府接收大員陳儀為代表的臺灣省行政公署長官公開叫起板來，對大陸赴臺軍政官員極盡丑化、污蔑之能事。未久，郭又鯉魚跳龍門，一躍成為臺灣省參議會的議員和立法委員。坐上政府大員專用木頭皮椅的郭氏，大有小人得志的做派，無論在什么場合，總是難以收斂流氓無產者的本性，胡亂發一些聰明中伴著糊涂、真理中伴著歪理邪說并散發著燒殺劫掠火藥味甚濃的長篇宏論，氣焰兇妄，舉止輕狂，江湖上人送外號“郭大炮”。

意想不到的是，作為臺大校長的傅斯年竟與這樣一個流氓惡棍在議會大廳遭遇了。

當時的臺灣大學屬臺灣省政府撥款，故“郭大炮”便以地頭蛇身份，怪叫著向“傅大炮”斯年開起火來。據在場者事后透露，郭的發難主要是國民黨教育部從大陸搶運來臺并存放于臺灣大學的器材如何處理，以及放寬臺大招生尺度等問題。此事看起來簡單，而又十分敏感、復雜、棘手。如臺大之招生，尺度已盡量放寬，招生人數已達最大限度，但各界仍不滿意，特別是郭國基輩糾集部分失意政客，以各種方式和手段向學校施加壓力，惹得傅氏極其惱火憤怒。今日郭氏之質詢，當然需由傅斯年親自答復，于是傅不得不第二次登臺講話。在回答完上述兩個問題之后，郭又提出臺灣大學用的是臺灣人的錢，就應該多聘臺籍教授，多取臺灣土著學生，否則便是與臺籍人民作對云云。傅針對郭的無知狂妄，開始予以反擊，在講臺上大談其辦學的原則、規矩、計劃與理想等，并稱臺大考試對臺籍學生已盡量照顧，考慮到臺籍學生的國語水平較差，光復未久，在錄取時專門規定國文科分數比大陸學生降低10分錄取等。講著講著情緒激動起來，傅說道：“獎學金制度，不應廢止，對于那些資質好、肯用功的學生，僅僅因為沒有錢而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄于校門之外。”最后他高聲說道：“我們辦學，應該先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然后再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有求學的安定環境，而只要求他們用功讀書，那是不近人情的……”講完話時，大約是6時10分，傅斯年滿含怨氣地慢步走下講壇。就在即將回到座位時，他突然臉色蒼白，步履踉蹌，坐在臺下的陳雪屏見狀，趕緊上前攙扶，傅只說了一句“不好！”便倒在陳雪屏懷中昏厥過去。離得較近的議員劉傳來趕緊跑上前來，把傅斯年扶到列席人員的坐席上，讓其躺下，順便拿陳雪屏的皮包做了枕頭。從此傅進入昏迷狀態，再也沒有醒來。

劉傳來本身是臺大的醫學教授，經他初步診斷，傅是高血壓病發作，于是一面用冷毛巾貼其額，一面打電話通知臺大附屬醫院和傅斯年的夫人俞大。傅原定當天晚上6點鐘在他家中召集有關人員開會，商討臺灣省政府和臺灣大學合辦“血清疫苗制造所”事宜。下午兩點多鐘，傅斯年還打電話給校長室秘書那廉君，讓他把自己親筆擬定的合作辦法準時送到家中，以便開會時用。5點多鐘，那廉君來到傅家，俞大以為眾人在家里開會，自己不便打攪，準備外出去吃飯。不久，傅的司機老楊氣喘吁吁地跑進來呼喊：“校長不行了，校長暈倒了！”俞大、那廉君等急忙驅車趕到省議會廳。

大約6時30分左右，臺大附屬醫院院長魏火曜、臺大醫學院代院長葉曙、副教授王大杰亦趕到會場。經王大杰診斷，傅斯年得了腦溢血，當即采取急救措施，抽血300CC，這時血壓尚高至190。7時30分左右，國防醫學院院長盧致德、內科教授丁農、臺大醫學院教授林天賜、嚴智鐘等亦聞訊趕到，診斷結果與前同，于是商議再抽血150CC。此時，陳誠、何應欽、王世杰、程天放、羅家倫、朱家驊等政界要人，以及學術界人士李濟、董作賓、毛子水、薩孟武、英千里、勞幹等紛紛趕來探視病情。蔣介石聞訊后，立即指令陳誠動員臺灣所有名醫，不惜代價搶救傅斯年的生命，并要陳誠每過半個小時打一次電話向自己報告傅斯年的病情。陳誠得令，竭盡全力組織臺灣一流的醫務人員搶救治療。病床上的傅斯年一動不動，西裝已被剪開，頭部堆滿了冰塊，醫生、護士跑前跑后緊張地忙碌著。滿臉焦慮之色的陳誠在會議室來回踱步，周圍站立的一圈黨政要人均不敢坐下，同樣滿臉焦慮、神態凝重地觀望著來自病室的風吹草動。

晚上9時30分左右，傅斯年的血壓漸降至180左右，體溫亦降至38℃，情況稍有好轉。至11時，血壓又增至230，體溫升至40℃。至11時23分，仰躺著的傅斯年突然睜開了眼睛，床前眾人驚喜交加，以為傅氏終于醒了過來。醫師急忙走過來按了按脈，抬手合上了傅斯年的眼皮，一聲不吭地退后低下了頭。這時眾人才真正地頓悟——傅斯年走了。門外的俞大會意，急步進來抱著傅斯年號啕大哭：“孟真呵，孟真……”陳誠等人聞訊，沖出會議室呼呼隆隆地向病房奔來。傅斯年就此與大家永別。

第二天，臺灣省議會副議長李萬居召開記者招待會，宣布臺大傅斯年校長于20日夜“棄世”。李萬居乃臺灣土著，國語水平極差，有記者誤把“棄世”聽成“氣死”。于是馬上傳出消息，說傅斯年參加省議會，被參議員郭國基活活氣死于講臺上。當天臺灣報界刊發消息，稱“郭大炮”與“傅大炮”兩門大炮不幸交火，“大炮議員郭國基罵倒傅斯年，傅氏絕命身亡”。

12月21日，臺灣大學宣布停課一天，悼念傅校長，并下半旗致哀，由各院系學生代表聯合會組織學生排隊前往極樂殯儀館致唁。當學生們聽說傅斯年是被郭國基活活氣死的消息后，心中的悲痛立即轉成憤怒，紛紛沖出靈堂，打著“失我良師”的白色橫幅，向省議會廳涌去。學生們聚集在省議會廳門口，強烈要求氣死傅斯年的郭國基出來述說昨日會場中質詢之經過。郭國基隔著門縫看到學生們包圍了參議會大廳，并聽到學生們高聲怒吼：“郭國基有種你出來，你出來……”沖在前方的學生喊叫著與參議會阻攔人員扭打在一起。躲在門后的郭國基見狀，立即意識到事情嚴重，怕遭到對方的群毆與痛擊，往日的張狂之氣頓消，急忙溜出后門，老鼠一樣逃竄了。副議長李萬居一看郭氏溜之乎也，萬般無奈中，只得硬著頭皮出面向學生解釋，說郭國基昨天提出的質詢沒有傷害傅校長處，言辭也不過分等，學生們置之不理。陳雪屏又出面加以解釋說：“昨天的質詢，總共有六項，我本人回答了四項，傅校長回答了兩項，那些問題都不是什么難題……”但學生堅持要郭國基出來答話。人越聚越多，有人喊出了“殺郭國基以為傅校長報仇雪恨”等口號，開始沖撞議會大廳，局面異常緊張，臺北市警察局長親臨現場指揮大批警察維持秩序。此時陰風頓起，大雨驟降，風雨交織中現場更加混亂，憤怒的學生終不肯離去，繼續沖擊議會大廳，并與警察發生肢體沖突。直至下午1時20分，臺灣大學訓導長傅啟學冒雨趕來，向群情激奮的學生說：“我跟傅校長一塊在北大時，即是好朋友，我到臺大也是由于傅校長讓我來的，這次出事我十分憤慨。不過現在大家只有百多人，我們回去聚集全校師生開會討伐他。而且現在是戒嚴時期……”傅啟學轉頭看了一下眼前全副武裝的憲警，又說：“郭國基在議會里講話，可以不負責任，他所問的問題，都是些沒有常識的問題。傅校長是學術界第一流的人物，拿他和一個毫無常識的參議員是不能相比的。今天大家到這里來，是出于對傅校長的敬愛，假如他在世的話，一定不愿大家這樣做。如果今天同學們出了事，叫我如何對得起地下的傅校長。”言畢，傅啟學已是淚流滿面。學生們見狀，悲從中來，同聲哭泣，淚水和著雨水在整個議會大廈前彌漫流淌。眼看已是黃昏時分，傅啟學含淚表示會將同學們提出的問題交省參議會，由參議員作書面答復，尚未吃中午飯的學生們已是饑腸轆轆，又聽說郭國基已從后門逃跑，一時難以抓住，只好返校。

12月22日，傅斯年遺體大殮，自早晨7時起，前來吊唁者陸續涌至，爾后人越來越多，殯儀館的屋子和院子幾無立足之地。在上千吊唁者中，有臺灣學者、名流、國民黨高級官員、傅斯年的親友、同事和臺灣大學的學生。國民黨大佬于右任扶杖前來，陳誠哭得兩眼紅腫，王寵惠、蔣夢麟、羅家倫、王世杰、朱家驊、李濟、董作賓、毛子水等人，另外加上一個剛從香港赴臺，與傅斯年生前關系并不融洽的錢穆，都站立在人群中默然相送。10時30分，傅斯年的遺體送往火葬場，上千人冒著大雨，踏著泥濘道路，慢慢行走。熱淚橫流的學生們手執小旗，上面寫著：“校長，回頭來瞧瞧我們！”望之令人心碎。目睹此場面的臺灣記者于衡，在1973年撰寫的回憶采訪生涯的長文中說：“傅斯年先生逝世，是我采訪二十五年中，所見到的最真誠、最感人的一幕。”

12月31日，亦即1950年的最后一天，治喪委員會在臺灣大學法學院禮堂(當時臺灣大學本部尚無大禮堂)舉行傅斯年追悼大會。禮堂正中，懸掛著蔣介石親筆書寫的“國失師表”的挽章，國民黨高級官員、名人學者的挽章、挽聯分掛兩旁。蔣介石親臨致祭，各界要人亦皆前來，竟日致祭者達5000余人。據統計，當時各界致送挽聯達270余幅，挽詩60余首，挽詞20余首，祭文6篇，唁電唁函90余封。各報章、雜志、專刊登載紀念文章110余篇。其中中央研究院歷史語言研究所同人的挽聯是：

廿二載遠矚高瞻，深謀長慮，學術方基，忍看一瞑

五百年名世奇才，閎中肆外，江山如此，痛切招魂

臺灣大學全體師生的挽聯曰：

早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子

忍看銘旌，正滿天云物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生

蔣介石于12月22日發唁函致俞大夫人。12月30日又頻布褒獎令，曰：

國立臺灣大學校長兼中央研究院歷史語言研究所所長傅斯年，性秉剛正，學造淵微。早歲從事文化運動，克樹風聲;留學歐西，益增淵涉。都講大癢，成材綦眾。主持歷史語言研究所，商量邃密，纂記繁豐;絕學昌明，有光盛業。中間歷膺國民參政員、立法委員，讜論淵謨，時政多所匡正，清議資以轉移。比年膺任臺灣大學校長，教學水準，日漸提高;青年思想，入于正軌。其苦心誘導，力挽橫流之功，尤堪矜試。揆其生平始末，困學之勇，憂國之忠，嫉惡之嚴，信道之篤，允為學行并茂之全才，亦民主自由之斗士。方期遺大投艱，更隆厥用，乃以國步艱屯，自忘痼疾，巨細躬親，卒致腦溢血而逝。緬懷猷績，痛切良深！應予明令褒揚，交由行政院從優議恤;生平事跡，存備宣付國史館;用示政府篤念忠賢之至意。

傅斯年去世后，國民黨政府任命錢思亮為臺大校長。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，臺灣大學為紀念其開創臺大一代新風之功績，按照美國弗吉尼亞大學為第三位總統杰斐遜(Thomas Jefferson)總統專門在園內建造陵墓的成例，特在臺大實驗植物園內專門劃出一塊地建造羅馬式紀念亭，亭中砌長方形墓一座，墓前立有無字碑，修有噴水池。園中有兵工署捐贈的一座紀念鐘，鐘上鑄有傅斯年提出的“敦品勵學，愛國愛人”八字校訓。由傅斯年生前同窗加好友羅家倫前導，臺大學生會主席羅錦堂手捧骨灰盒，錢思亮校長主持，將傅斯年的骨灰安葬在紀念亭內的大理石墓中。自此，此處被稱為“傅園”，紀念鐘為“傅鐘”，墓與鐘掩映在碧綠的椰林大道旁的鮮花翠柏之中。

臺大校園內的傅園供人瞻仰，傅鐘更成為臺大每日上課、下課的鳴鐘。每當深沉悠揚的鐘聲響徹，在激起臺大師生工作、學習熱情的同時，也從流逝飄散的歲月中喚起對故傅校長斯年的懷念之情。每年的12月20日，臺灣大學都在傅園布置鮮花瓜果以示紀念。3月26日，即傅斯年的誕辰之日，則由史語所和臺灣大學輪流舉行學術演講紀念活動。自1954年始，此項活動作為一種傳統延續下來，歷久不輟。傅園內外，那枝葉繁盛，高聳入云的椰子樹，既象征自由知識分子的卓然風骨，又如同藹然慈厚的神祇，寶愛著這一介書生和諤諤之士的高傲靈魂，于天地間永恒地存活。