關于努爾哈赤的死因，史學界一直眾說紛紜，而爭論的焦點主要集中在，他是被袁崇煥的炮火所傷，郁憤而死，還是因為身患毒疽，不治身亡。

病死說出自《清史稿》，據記載，在天命十一年七秋七月“上不豫”，至“八月丙午，上大漸，乘舟回。庚戌，至愛雞堡，上崩”。

而重傷致死出自朝鮮人李星齡所著的《春坡堂日月錄》，據該書記載，朝鮮譯官韓瑗隨使團來明時，碰巧與袁崇煥相見，袁很喜歡他，寧遠之戰時曾把他帶在身邊，于是韓瑗得以親眼目擊這次戰役的全過程。寧遠戰事結束后，袁崇煥曾經派遣使臣帶著禮物前往后金營寨向努爾哈赤“致歉”(實為冷言譏諷)，說“老將(按：指努爾哈赤)橫行天下久矣，今日見敗于小子(按：指袁崇煥)，豈其數耶！”努爾哈赤“先已重傷”，這時備好禮物和名馬回謝，請求約定再戰的日期，最后終于“因懣恚而斃”。這條史料明確記載努爾哈赤是在寧遠之戰中受了“重傷”，并由于寧遠兵敗，精神上也受到很大的創傷，整日悒悒不自得。在肉體和精神受到雙重創傷的情況下，這位沙場老將終于郁郁而終。

但清史專家李鴻彬在《滿族崛起與清帝國建立》一書中，卻對努爾哈赤炮傷而死論者的關鍵證據《春坡堂日月錄》提出了質疑，并提出第三種觀點“憤懣致死”說。

疑點一：既然朝鮮譯官韓瑗都知道努爾哈赤“先已重傷”，那么守衛寧遠的最高統帥袁崇煥就應更加清楚，何況袁崇煥還曾派遣使臣前往后金營中察看過呢。如果努爾哈赤確實身負“重傷”，這當然是袁崇煥的特大功勞，也是明軍的重大勝利，不僅袁崇煥本人，而且朝廷上下、文武百官都將對此事大書特書，以便激勵軍民的士氣。

但是，無論是袁崇煥本人報告寧遠大捷的折奏，還是朝廷表彰袁崇煥的圣旨抑或朝臣祝賀袁崇煥寧遠大捷的奏疏，其中都只字不提努爾哈赤受傷之事，顯然是后人附會之說。

疑點二：努爾哈赤戰敗于寧遠，是1626年正月，至八月二十日死，其間八個多月。從大量史料記載看，在這八個多月中，努爾哈赤并沒有去治病，而是“整修舟車，試演火器”，并且到“遠邊射獵，挑選披甲”，積極準備再進攻寧遠，以復前仇。四月，親率大軍，征蒙古喀爾喀，“進略西拉木輪，獲其牲畜”。五月，毛文龍進攻鞍山，后方吃緊，這才回師沈陽。六月，蒙古科爾沁部的鄂巴洪臺吉來朝，他親自“出郭迎十里”，全不像“重傷”之人。

因此，李鴻彬認為，努爾哈赤在寧遠之戰中有沒有身受“重傷”，是不是“懣恚而斃”，很值得懷疑。

李鴻彬認為，努爾哈赤回到沈陽以后，一則由于寧遠兵敗，赫赫有名的沙場老將敗在初歷戰陣的青年將領手中，精神上受到很大的創傷，整日心情郁忿;二則因為年邁體衰，長期馳騁疆場，鞍馬勞累，積勞成疾。同年七月中，努爾哈赤身患毒疽，并非炮傷，二十三日往清河湯泉療養。

到了八月七日，他的病情突然加重。于五日之后，八月十一日，便乘船順太子河而下，轉入渾河時，與前來迎接大妃烏拉那拉氏相見后，行至離沈陽四十里的叆雞堡逝世。