總督直接掌管的部隊稱為督標，相應的巡撫的部隊稱為撫標，這部分部隊由總督或巡撫直接調配，但調動部隊應通知中央的兵部或軍機處，否則可能遭到彈劾。其將領由兵部任命，但總督巡撫也可直接任命，并報兵部備案。

各省的其他部隊還包括有將軍管理的駐防八旗，這部分軍隊督撫調動不了。部分專業部隊，比如漕運、巡鹽、河道等等部隊，有各自領導管理，各省督撫通常也動不了。其他綠營兵有本省提督管轄，除直屬提標以外，以下還有總兵、副將、參將、游擊、都司、守備、把總等等各級軍官，層層管理。提督受兵部和總督雙重領導，在地方軍隊的指揮系統中屬于總督的下屬，但其任命通常由軍機處直接任命，總督對提督只有參劾權，沒有任免權。清政府把提督作為對總督的地方兵權的一種牽制。提督以下各級將領，高級將領如總兵、副將由中央任命，中低級將領由總督提名，中央批準。

到了清末，綠營形同虛設，地方上基本靠湘、淮等私兵系統維持。督標撫標自然是督撫的親兵，其調動、人事任免等權利基本由督撫掌握，中央基本失去對其控制的能力。提督多與總督巡撫有密切聯系，否則就會被督撫欺凌彈劾，難以任職，而中央不敢得罪督撫，因此督撫對提督以下軍官的控制權大大增強，各級軍官與督撫逐步形成依附關系，其調動任免雖然形式上依然由中央控制，但中央基本上要遵循督撫的意圖，雙方雖有摩擦，但總的形勢是兵權逐步下移。

總的來說，總督的兵權在清中前期較大，但受到的制約也很多。雖然中央給予了總督很大的臨時決定權，但同時也設置了將軍、巡撫、提督等等對總督的軍權加以制約，而且軍官的任免權被牢牢地控制在中央手中，因此總督調兵遣將并不能隨心所欲，而是要受控于中央。到了清朝末期，總督對軍隊的控制權逐步增強，各省部隊逐步變為督撫的私兵，督撫也逐步成為各地的軍閥前身。

要注意的是，清末時期，總督和巡撫之間的關系有所調整，在清朝中前期，總督偏重軍政，巡撫偏重民政，巡撫并非提督的上司，總督對所轄各省軍隊均有控制權，而巡撫在此方面則遠遠不如總督。但清末時期，總督在駐在省的軍權迅速增強的同時，逐步失去了其所轄其他省的軍隊調度權，比如湖廣總督，其對湖北軍隊有直接管轄調度權，但對湖南軍隊基本不能加以指揮調動，湖南的軍隊由湖南巡撫控制。也就是說，在沒有總督駐在的省份，巡撫對軍隊的控制與總督一樣，巡撫由偏重民政變為軍民共重，督撫之間的差異基本消失。

《清史稿·職官三》：“總督，從一品。掌釐治軍民，綜制文武，察舉官吏，修飭封疆。標下有副將、參將等官。巡撫，從二品。掌宣布德意，撫安齊民，修明政刑，興革利弊，考覈群吏，會總督以詔廢置。標下有參將、游擊等官。”

《清史稿·職官四》：“副將，從二品。為提、鎮分守險汛曰提標，為總督綜理軍務曰督標中軍，將軍標、河標、漕標亦如之。參將，正三品。游擊，初制正三品。順治十年改從。掌防汛軍政，充各鎮中軍官。”