袁世凱死后，皖系以北洋正統(tǒng)自居，操縱政局，聲勢顯赫。但好景不長，1920年7月直皖戰(zhàn)爭，皖系一敗涂地，一蹶不振，盡管后來段祺瑞又曾出山擔(dān)任“執(zhí)政”，不過是有職無權(quán)。在北洋三大派系中，皖系最先興盛，亦最早衰敗。作為段祺瑞的心腹謀士，皖系的核心人物，徐樹錚的所作所為與皖系的興衰有著直接的極大的關(guān)聯(lián)。從某種意義上說，皖系興則在徐，敗亦在徐。

徐段邂逅。徐樹錚字又錚，安徽蕭縣人。1901年赴濟(jì)南擬投袁世凱，投袁不成，卻意外碰到了段祺瑞，段“約與長談，深相契，遂延攬焉”，聘為書記官。1905年由段支持赴日本留學(xué)軍事，1910年學(xué)成歸國任江北軍事參議，實(shí)為江北提督段祺瑞的總參謀，武昌起義爆發(fā)后不久，段祺瑞署湖廣總督，統(tǒng)率第一軍，委徐樹錚為總參謀。

時(shí)南北且戰(zhàn)且和，相持不下，段奉袁世凱之命聯(lián)合北洋軍官50人通電擁護(hù)共和，電文云：“立定共和政體，以觀內(nèi)閣及國務(wù)大臣等，暫時(shí)代表政府……再行召集國會，組織共和政府?！?/p>

這份轟動一時(shí)的電文便是徐樹錚草擬的，它對促使清帝退位，為段祺瑞撈取政治資本起了不可低估的作用。以后段為北京政府陸軍總長，徐則任陸軍次長;段為國務(wù)總理，徐則任國務(wù)秘書;段為參戰(zhàn)督辦，徐則任西北邊防軍(前身為參戰(zhàn)軍)司令，可見二人一榮俱榮，步步相攜，段視徐為肱股，徐奉段為至尊。

撲滅了“二次革命”后，袁世凱利令智昏，意欲帝制自為。段祺瑞從一開始就不附和，所以袁段的關(guān)系鬧得很僵。徐樹錚是段最親信的人，陸軍部事務(wù)基本上由其全權(quán)代理，故袁很討厭徐，幾次想把徐調(diào)離陸軍部，段都拒不照辦。1915年5月，段經(jīng)與徐樹錚等心腹密商后，決定“藉病退養(yǎng)”，消極對抗。后形勢有變，護(hù)國軍興，袁很希望段能出山助一臂之力，段委他人與徐商量對策，徐建議段稱病不出。段果然一直歸隱不出，隨著袁世凱一命嗚呼，中國的政治格局發(fā)生了很大的變化，各大軍閥派系勢均力敵，爭權(quán)奪利，徐對段的影響，對皖系的作用也愈來愈大。二、奔走策劃不遺余力出于獨(dú)攬大權(quán)的政治需要，段祺瑞二任總理后拒絕恢復(fù)《臨時(shí)約法》。1917年7月，孫中山發(fā)動了“護(hù)法運(yùn)動”，矛頭直指段祺瑞，段以此為由，推行其武力統(tǒng)一政策。

1917年11月，因?qū)δ戏阶鲬?zhàn)陷入僵局，段祺瑞宣布辭去國務(wù)總理職務(wù)。11月18日，直系將領(lǐng)曹錕和長江三督聯(lián)名發(fā)電，主張停止內(nèi)戰(zhàn)。可是不久曹錕便聲明，電文未經(jīng)本人同意，故不能負(fù)責(zé)。曹錕在北洋派中實(shí)力最大，地盤又最接近北京，他的態(tài)度很有影響。徐樹錚見有隙可鉆，立刻跑到天津?qū)Σ艽笏琳T惑，表示曹如傾向主戰(zhàn)派，以后改選時(shí)一定捧他為副總統(tǒng)。曹果然于21日單獨(dú)宣布，主張以南軍退出長沙為南北議和的條件，初看起來是一折衷方案，實(shí)際上是另一種形式的主戰(zhàn)論。

段的野心、徐的跋扈，終于使直皖矛盾公開化，由于自感實(shí)力不足，于是段派徐到奉天勸調(diào)奉軍入關(guān)，以壯聲勢。徐樹錚十分清楚，要把“東北王”請進(jìn)關(guān)內(nèi)，不給一點(diǎn)好處是不行的。正巧陸軍部向日本政府購買的軍械有一批將在秦皇島上岸，徐便自作主張將這批軍械留下來，作為送給奉軍的見面禮。由于做得十分巧妙，不僅馮國璋抓不住把柄，連段祺瑞知道了也不能多說什么。

張作霖本來就很想干預(yù)中原政局，有了現(xiàn)成的禮物，自然愿意傾向皖系。1918年3月12日，奉軍設(shè)總司令部于軍糧城，張作霖自任總司會，委徐為副司令，“總司令一切職權(quán)，完全由副司令代行”。奉軍入關(guān)，對馮國璋構(gòu)成極大的威脅，他只好親自請段祺瑞重新組閣。段內(nèi)閣的復(fù)活表明皖系在同直系的爭斗中取得了極大的勝利，其中徐樹錚立了大功。

但是，奉軍入關(guān)并非真正要到前線同南方軍作戰(zhàn)，當(dāng)徐樹錚不停地奔走于京、漢兩地，計(jì)劃將前線部隊(duì)全都換成奉軍共6個(gè)混成旅時(shí)，張作霖立刻感到不能容忍了，他以邊防吃緊為由，調(diào)回已經(jīng)開到湘東的奉軍。

依靠他人軍隊(duì)絕非長久之計(jì)，關(guān)于這一點(diǎn)，段祺瑞早有意識。1917年底段被任命為參戰(zhàn)督辦，即著手編練參戰(zhàn)軍，1919年1月參戰(zhàn)軍正式成立，共編成三個(gè)師。很明顯，段以參戰(zhàn)為名，在建立自己的嫡系部隊(duì)。由于第一次世界大戰(zhàn)結(jié)束，參戰(zhàn)軍之名已不適宜，于是改稱邊防軍，徐樹錚則選擇了西北地區(qū)作為發(fā)展邊防軍的根據(jù)地。

1919年6月，北洋政府正式任命徐樹錚為西北籌邊使兼西北邊防軍司令。徐就職不久，外蒙少數(shù)民族分裂分子掀起“自治”風(fēng)潮，北洋政府將庫倫都護(hù)使陳毅改授豫威將軍，由徐樹錚督辦外蒙善后事宜，皖系勢力逐步深入外蒙。重兵戍邊，措施得力，客觀上維護(hù)了祖國的統(tǒng)一，制止了民族分裂，在捍衛(wèi)國家和民族主權(quán)及領(lǐng)土完整方面，徐是有一定貢獻(xiàn)的，由此，既加強(qiáng)了邊防軍的實(shí)戰(zhàn)能力，又提高了皖系及徐個(gè)人的政治聲望。

由于徐樹錚出謀劃策和積極奔走，皖系的權(quán)勢日益增大，達(dá)到了全盛時(shí)期。