菲律賓與中國華南隔海相望，自古就是華人移居的重要目的地。明初鄭和七下西洋后，中國聲威所及，菲律賓的呂宋、蘇祿等國都時段時續地同明廷保持著朝貢貿易，但直到16世紀70年代移居菲律賓的華人才逐漸增多。當時明王朝部分開放海禁，而剛剛殖民菲律賓的西班牙對商品和人員極為渴求。華僑的增多也令晚期明帝國與西班牙在菲律賓產生碰撞。

殖民者肆意屠殺旅菲華僑

1565年，西班牙殖民者入侵菲律賓，攻占宿務島，1571年侵占呂宋，建馬尼拉城。西班牙人對菲律賓統治初期，對前往菲律賓的華人采取拉攏政策，因為菲律賓當時的經貿發展要仰賴華人的努力和貿易。但隨著華人影響的提升，西班牙殖民者與華人的矛盾開始凸顯，并最終導致1603年的大屠殺。

1574年，活躍于福建一帶的私人武裝頭領林鳳差點攻占馬尼拉，讓西班牙殖民者對華人大為恐懼。1593年，菲律賓總督達斯馬里納斯遠征摩鹿加群島，由于他強迫華僑充當槳手，引發不滿。途中，達斯馬里納斯所在旗艦上的華僑潘和五等人奮起反抗，將船上包括總督在內的西班牙人幾乎盡數殺死(僅12名士兵死里逃生)，隨后駕船遠走。這次事件后，馬尼拉當局煽動排華浪潮。在這一背景下，1594年初，一支中國船隊在福建官員帶領下，載著士兵和武器到達馬尼拉，接回3000名華人。

1603年，菲律賓島又出現一則傳聞：中國皇帝有意占領菲律賓以獲取這里的黃金。這一傳聞源自一名在呂宋生活多年的木匠，他稱呂宋有一機易山，“其上金豆自生”。萬歷皇帝信以為真，下令福建官員前去勘查。西班牙人本就對中國頗為忌憚，何況菲島華僑眾多，因此疑心中國想“開疆裂土”。隨著排華情緒漸濃，西菲當局欲迫害甚至屠殺華僑的意圖越來越明顯。

1603年10月3日，不愿坐以待斃的華僑爆發大起義，但由于缺少武器和軍事經驗，他們僅堅持了41天。起義很快演變成一場大屠殺。在當局的煽動和蒙騙下，包括土著、日僑在內的各方力量都參與到屠殺中。據統計，至少2萬華僑被殺。

馬尼拉憂心明廷報復

大量屠殺華僑對菲律賓本土經濟產生致命影響，物資匱乏、經濟蕭條。當局財政狀況嚴重惡化，甚至需要借貸度日。西班牙人憂心中國商船不再到來，會令遙遠的美洲受到波及。更大的恐懼是，他們擔心明朝政府會進行報復。西菲當局緊急加強戰備，但軍隊士氣低落，口糧嚴重不足。殖民者只能心驚肉跳地等待，馬尼拉籠罩在絕望和蕭條氣氛中。1604年6月，一批對前途悲觀的富人離開馬尼拉，舉家遷往墨西哥。

西班牙駐菲律賓總督阿庫尼亞一面做些表面工作，如部分發還華僑商人的財產，發動幸存者給國內寫信，企圖證明西班牙殖民者“清白”;一面派特使奎瓦攜帶致廣東、福建兩省巡撫和其他官員的函件，于1603年12月10日乘船前往澳門，并趁機刺探中國有否進攻菲律賓打算的軍事情報。考慮到澳門的葡萄牙人對中國比較了解，阿庫尼亞還寫了幾封信，詳述華僑起義事件，并附上致中國官員函件的副本，讓奎瓦分發給澳門的司令官、主教、在政務方面有著較大發言權的耶穌會教士等。

奎瓦一行因遭遇風暴于1604年2月折返馬尼拉，2月25日又由150名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳門。但葡萄牙人出于打擊貿易競爭對手的考慮，始終未將函件轉交中國方面。

萬歷王朝做出荒唐決定

奎瓦等抵達澳門的消息傳到漳州，有經常往來漳州和馬尼拉的中國富商到澳門與其會見，答應把函件轉交中國官員，設法動員華僑繼續貿易。奎瓦在澳門了解到，明朝政府已獲悉屠殺事件，但全國平靜，沒有集結艦只進攻馬尼拉的跡象。獲得這個重要情報后，奎瓦購買了一批軍事物資，于5月回到馬尼拉。

奎瓦帶回的消息令西菲當局憂懼大減，但直至1605年5月，西班牙人望眼欲穿的華商船只仍難覓蹤影，相反卻從澳門傳來消息，中國已經集結一支軍隊，準備前來興師問罪，一時間又使西班牙人驚懼不已。事實上，盡管明朝當局了解了事件真相，但它一貫把移民國外的華僑視為賤民，因此僅寫了一份《諭呂宋檄》，于1605年5月底、6月初由中國貿易船隊中一名船主帶到馬尼拉，分交菲律賓總督、馬尼拉最高法院和馬尼拉大主教。檄文未對屠殺行為進一步嚴加追究，只要西班牙殖民當局保證華僑今后生命財產的安全，并宣布對殖民者“不忍加誅”，“其海外戕殺姑不窮治”，要求西班牙方面“當思皇帝浩蕩之恩，中國仁義之大”。

明朝未出兵討伐還有當時現實條件的限制。在西班牙屠殺華人大致同一時期，大明王朝進行了三場大規模戰爭：在西北的寧夏，西南的播州，特別是從萬歷二十年(1592)開始的長達7年與日本在朝鮮進行的戰爭。這三場大戰明朝都取得勝利，但國家軍事和財政能力損耗極大。

鄭氏父子曾欲出兵

明朝的縱容使得殖民者對菲律賓華僑的欺壓更加有恃無恐，絕境中的華僑不堪其苦。1639年，華僑再次發動起義，并堅持近4個月。這一次，西班牙殖民者徹底殺紅了眼，無數華僑平民包括虔誠的天主教徒死于屠殺。

得知菲律賓華僑的悲慘處境后，1657年，堅持抗清的明朝大臣鄭成功致函爪哇島巴達維亞的一名華僑，要求他停止與西菲當局進行貿易。他還提出要率兵攻取菲律賓，以示懲罰。1662年，鄭成功攻下臺灣后，派人向菲律賓總督下書，譴責其殺戮掠奪華僑的罪行，嚴令其改邪歸正。

面對鄭成功的威脅，西班牙人反而進行了第三次對華僑的集體屠殺。鄭成功聞訊大怒，他一面撫恤逃到臺灣的華僑，一面組織籌備軍隊，于是菲律賓島上再度風聲鶴唳，人人自危。當時荷蘭人也威脅著西班牙人在菲律賓的地位，島上菲律賓人反西起義頻發，西班牙殖民者感到回天乏術，隨時準備撤離。

但鄭成功尚未出兵就出現內亂，不久鄭成功病逝。他的兒子鄭經接著治理臺灣，并派人同西班牙殖民當局交涉。據說鄭經在1670年和1671年兩次準備征討馬尼拉，但因各種因素而未能出兵。