孫傳庭逐奉命赴陜西代行其職。孫傳庭到任后，立即奉旨扣押了原撫剿總兵賀人龍，將其正法。為對(duì)付日益壯大的起義軍，孫傳庭日夜加緊整肅軍務(wù)。崇禎十五年(1642年)五月，李自成第三次包圍了開(kāi)封，崇禎帝連催孫傳庭火速出關(guān)入豫。孫傳庭則上疏回復(fù)：“兵新募，不堪用”。但心急如焚的崇禎帝不加理會(huì)，只是逼迫孫傳庭盡快救援開(kāi)封。孫傳庭只得起兵馳援，于九月底進(jìn)抵潼關(guān)。時(shí)恰逢大雨連下數(shù)十日，河水驟漲，李自成遂決黃河馬家口段，水灌開(kāi)封。就在孫傳庭的援軍剛出潼關(guān)之時(shí)，李自成早已揮軍南下，撤離了成為水鄉(xiāng)澤國(guó)的開(kāi)封，于是孫傳庭便揮軍直趨南陽(yáng)。李自成與羅汝才合兵西進(jìn)，與孫傳庭的陜西軍交戰(zhàn)，并在郟縣大敗之。孫傳庭率殘部逃至鞏縣，由孟塬進(jìn)入陜西。

孫傳庭敗回陜西后，決心死守潼關(guān)，以扼京城之上游要地。當(dāng)時(shí)明軍因在郟縣之戰(zhàn)中損失慘重，補(bǔ)充了許多新兵。根據(jù)這種情況，孫傳庭制定了不宜速戰(zhàn)，開(kāi)墾屯田，修繕兵器，儲(chǔ)存糧食的戰(zhàn)略方針。為對(duì)付李自成強(qiáng)大的騎兵，增強(qiáng)明軍的火力和防護(hù)能力，孫傳庭特地趕制了三萬(wàn)輛載有火炮的“火車(chē)”，這種“火車(chē)”行進(jìn)時(shí)可抵御騎兵的沖擊，駐扎時(shí)則可環(huán)陣拱衛(wèi)。崇禎十六年(1643年)五月，明廷授孫傳庭為兵部尚書(shū)，并加督河南、四川、山西、湖廣、貴州及江南、江北七省軍務(wù)，令其迅速兵出潼關(guān)。此時(shí)，李自成已相繼殲滅了明軍數(shù)支主力，久經(jīng)戰(zhàn)陣，兵強(qiáng)馬壯。孫傳庭深知與如此強(qiáng)大的對(duì)手交戰(zhàn)必是兇多吉少，不由得頓足嘆息：“奈何乎！吾固知往而不返也，然大丈夫豈能再度對(duì)獄吏乎！”表示了寧死疆場(chǎng)的決心。八月十日，孫傳庭師出潼關(guān)，最初在汝州、靈寶、唐縣(今河南泌陽(yáng))、郟縣連勝起義軍，但襄城一戰(zhàn)遭到慘敗，他逃回陜西。

起義軍繳獲了孫傳庭的帥旗，士氣大振，一鼓作氣，乘勝攻破潼關(guān)。孫傳庭與監(jiān)軍副使喬遷高策馬大呼，戰(zhàn)死陣中。但是孫傳庭的尸體一直未找到，以至后來(lái)崇禎帝對(duì)其下落產(chǎn)生了懷疑，始終未追封加謚于他。孫傳庭之死，對(duì)李自成的起義軍來(lái)說(shuō)，關(guān)中唾手可得。同時(shí)，明廷再也沒(méi)有可以同李自成相抗衡的悍將勁旅了。