1620年(天啟元年)，葉向高成為內(nèi)閣首輔，孫慎行任禮部尚書，鄒元標(biāo)任都御史;天啟二年，孫承宗入閣，兼掌兵部事，趙南星任都御史，第二年改吏部尚書。此外，高攀龍任左副都御史，楊漣也升至左副都御史，左光斗升至僉都御史。

開始，魏忠賢與這派官僚的關(guān)系還不太緊張。他敬重趙南星，在熹宗面前對(duì)他大加稱贊。二人并坐弘政門議事，趙南星鄭重告誡魏忠賢：“主上沖年，內(nèi)外臣子，會(huì)各努力為善。”這話雖使魏忠賢心中不快，也還沒有到翻臉的程度。

1623年(天啟三年)，魏忠賢受命提督東廠，顧秉謙、魏廣微等選入內(nèi)閣。顧、魏不斷受到言路的彈劾，不為清流所容。趙南星與魏廣微之父魏允貞是朋友，但他三拒魏廣微于門外，公開說魏允貞無子。魏忠賢需要外朝官僚的配合，不為清流所容的官僚也需要投靠魏忠賢，他們很自然形成一個(gè)政治派別。

1624年(天啟四年)四月，給事中傅櫆等上疏，稱左光斗、魏大中等與內(nèi)閣中書汪文言互有來往。六月，楊漣疏劾魏忠賢，列數(shù)他迫害朝臣、迫害太監(jiān)、迫害妃嬪、蓄養(yǎng)內(nèi)兵、羅織獄案等罪狀，一共有二十四條，其他大臣也紛紛彈劾，不下百余疏。閹黨與東林黨的斗爭(zhēng)，進(jìn)入公開的階段。從當(dāng)時(shí)的形勢(shì)看，反對(duì)魏忠賢和閹黨的力量還很強(qiáng)大，無論哪一方都沒有必勝的把握。魏忠賢找到閣臣韓爐，希望他從中調(diào)解。韓爐不肯合作，其他大臣也不肯息戰(zhàn)。

魏忠賢只能依靠他和客氏擺布熹宗的能力。熹宗年少愛玩游戲，魏忠賢等人就引導(dǎo)他在陸地走馬行獵，在池中竅水瀉珠為樂，又利用他喜愛木工的特點(diǎn)，每在他手持斧鋸時(shí)奏事。在熹宗的眼里，國事遠(yuǎn)不如他引繩削墨、營(yíng)筑小室重要，他不等聽完，就說：“你看著辦吧。”魏忠賢逐漸把持朝政的議決權(quán)。

魏忠賢的同黨把反對(duì)派官僚開列名單，括入百余人，稱為邪黨，而將閹黨六十余人列為正人，以此作為黜陟的根據(jù)。給事中阮大鋮別出心裁，作《點(diǎn)將錄》，以《水滸傳》中的聚義領(lǐng)袖的名號(hào)排東林黨人，如天罡星三十六人：托塔天王李三才、及時(shí)雨葉向高、浪子錢謙益、圣手書生文震孟、白面郎君鄭鄖、霹靂火惠世揚(yáng)、鼓上蚤汪文言、大刀楊漣、智多星纓昌期等;地煞星七十二人，有神機(jī)軍師顧大章、青面獸左光斗、金眼彪魏大中、旱地忽律游士任等。天啟四年七月，葉向高被迫去官。

此前，中官為了搜尋一個(gè)被緝拿的御史，闖入葉向高宅邸，鼓噪謾罵，這也是歷代首輔從未受過的大辱。十月，趙南星、高攀龍致仕，楊漣、左光斗削籍。

汪文言是魏忠賢打擊東林人士的重要人物。他不由科舉出身，初為縣變，豪俠機(jī)智。進(jìn)入京城后，與太監(jiān)王安傾心結(jié)納，在王安與內(nèi)閣間進(jìn)行聯(lián)絡(luò)。被葉向高器重，用作內(nèi)閣中書，與楊漣、左光斗、魏大中及趙南星等都有來往。

魏忠賢痛恨楊漣、左光斗，必欲置之死地。他選擇汪文言這條線索，把他下詔獄，嚴(yán)刑拷訊兩個(gè)多月，要他供出楊漣等受賄情狀。汪文言很有骨氣，說：“以此蔑清廉之士，有死不承。”最后受刑氣絕。負(fù)責(zé)審獄的錦衣衛(wèi)官許顯純自造獄詞，把楊漣等下獄。同時(shí)下獄的還有經(jīng)略遼東軍務(wù)的兵部尚書熊廷弼。熊廷弼得罪過朝中權(quán)貴，又倡議放棄遼東，撤回關(guān)內(nèi)，擔(dān)負(fù)有丟失國土的責(zé)任;而且有人傳言，楊漣彈劾魏忠賢的奏疏由他起草，于是他在劫難逃。魏忠賢認(rèn)為，只以移宮一案定楊漣的罪，還難以讓人信服，牽涉的人員太少，如果以交通邊帥，收取賄賂定罪，則死有余辜。

1625年(天啟五年)八月，熊廷弼被殺頭棄市，傳首九邊。八九月間，楊漣、魏大中、左光斗、顧大章等人相繼死于獄中。受楊漣等案件牽連，被逮被殺的官僚還有多人。魏大中被逮，押解過吳縣時(shí)，吳縣人、吏部主事周順昌正在家中。他挽留魏大中，周旋數(shù)日，并結(jié)為親家。這是對(duì)魏忠賢的公然蔑視。魏忠賢派緹騎前去逮人，在蘇州引起騷亂。聚集的群眾為周順昌求情留命，擊斃堤騎一人，擊傷多人。

周順昌在獄中大罵許顯純，許顯純用銅錘擊打周順昌齒，他的牙齒全部脫落。周宗建罵魏忠賢不識(shí)一丁，魏忠賢令命用鐵釘釘他，又讓他穿上綿衣，用沸湯澆他，頃刻皮膚卷爛，赤肉滿身，不久斃命。在處理蘇州民變時(shí)，市民顏佩韋、馬杰、沈揚(yáng)、楊念如和周順昌的輿隸周文元五人也被處死。他們被合葬在虎丘附近，墓碑題曰“五人之墓”。

高攀龍得到消息，自知不免，寫下遺表，于三月十七日凌晨從容赴水，終年64歲。崇幀初年得以昭雪，贈(zèng)太子太保、兵部尚書，謚忠憲。遺著經(jīng)后人整理為《高子遺書》和《高忠憲公集》。

高攀龍?jiān)聲険从言闪⒌溃骸暗芨逡唬瑹o以報(bào)國，近風(fēng)波生於講會(huì)，鄒馮二老行，弟亦從此去矣”，其言猶未盡之厚望可見于筆端，從此袁可立這位力圖遠(yuǎn)離黨爭(zhēng)多做事的正直大臣走上了對(duì)抗閹黨的前臺(tái)，每議事與閹黨針鋒相對(duì)。

1626年(天啟六年)十一月，袁可立抗疏說：“這難道不就是把帽子掛到神武門的時(shí)候么？”閹黨更加惱怒。派出大批爪牙對(duì)袁可立整日盯梢，但終因袁可立正直立朝，在朝中很有清望而無可乘之機(jī)。

適逢九卿公推舉袁可立為南京戶部尚書，再改兵部尚書參贊?rùn)C(jī)務(wù)，于是被魏忠賢排擠出朝中，回到鄉(xiāng)里。魏忠賢以心腹劉廷元代袁可立掌南兵部，時(shí)北則崔呈秀為本兵，天下兵馬大權(quán)二人一手握定。

天啟六年，魏忠賢又殺害了周宗建、黃尊素、李應(yīng)升等人，東林書院被全部拆毀，講學(xué)亦告中止。至此，東林黨被閹黨勢(shì)力徹底消滅，時(shí)東林“纍纍相接，駢首就誅”。

魏忠賢與東林黨的斗爭(zhēng)已超出朝廷的范圍，在社會(huì)上引起強(qiáng)烈的反響。魏忠賢在用刑獄對(duì)付反對(duì)派官僚的同時(shí)，還命其黨羽編纂《三朝要典》，重新記述和評(píng)價(jià)“三案”，為打擊異己制造輿論。魏忠賢的地位不斷提升，相當(dāng)一部分官僚出于各種原因，向他靠攏，協(xié)助他控制局面，打擊反對(duì)派，他們被稱為魏黨或閹黨。