1938年12月初，長期戰(zhàn)斗在海南島的瓊崖紅軍游擊隊，改編為廣東省民眾抗日自衛(wèi)團第十四區(qū)獨立隊。馮白駒、馬白山分任正副大隊長，下轄三個中隊，隊員300多人。1939年2月10日，日軍數(shù)千人在海口一線登陸，國民黨軍撤退，海口、榆林淪陷。是日，獨立隊派一中隊在敵東進必經(jīng)之地潭口設(shè)伏，戰(zhàn)斗從早晨持續(xù)到黃昏。潭口阻擊戰(zhàn)，揭開了瓊崖抗戰(zhàn)的序幕。

1939年5月，獨立隊擴編為瓊崖人民抗日自衛(wèi)團獨立總隊，隊伍擴大到千人，總隊長馮白駒。總隊在瓊山、文昌、定安一帶開展游擊戰(zhàn)爭，瓊(山)文(昌)抗日游擊根據(jù)地逐步建立。8月，總隊改稱廣東省瓊崖抗日游擊隊獨立第一總隊，總隊長仍為馮白駒。1939年10月21日，總隊三大隊和國民黨儋縣3個游擊中隊，以及那大鎮(zhèn)周圍8個鄉(xiāng)2000多名地方武裝，由馬白山任總指揮，圍攻駐瓊西那大鎮(zhèn)的日、偽軍，6日攻克那大。這次戰(zhàn)斗，擊斃日軍指揮官1名，斃傷日軍多名，俘偽軍中隊長以下官兵80余名。至年底，瓊崖總隊先后對日作戰(zhàn)70余次，擊斃日軍800余人，繳獲大批軍用物資。

1939年12月，中共瓊崖特委召開第八次擴大會議，會議提出積極創(chuàng)建游擊根據(jù)地的任務(wù)。1940年中共中央也多次對瓊崖工作做出指示，要求瓊崖立足自力更生，積極開展游擊戰(zhàn)爭，發(fā)展和擴大根據(jù)地，特別提出要重視對華僑和少數(shù)民族的統(tǒng)一戰(zhàn)線工作。

按照開辟新的根據(jù)地的指示，1940年2月，獨立總隊在澄邁、臨高、瓊山三縣交界處的美合地區(qū)建立新的抗日根據(jù)地。到1940年底，獨立總隊發(fā)展到2500余人，活動遍及瓊山、文昌、澄邁、臨高等11個縣，建立了瓊(山)文(昌)平原根據(jù)地、美合山區(qū)根據(jù)地和六連嶺等小塊游擊根據(jù)地。在1941年5月展開的對日作戰(zhàn)中，三次襲擊偽軍據(jù)點，斃敵30余人，拔除了設(shè)在瓊文腹地的日軍美德?lián)c，鞏固了瓊(山)文(昌)根據(jù)地。

在開展軍事斗爭的同時，瓊崖特委積極開展根據(jù)地民主政權(quán)的建設(shè)工作。1940年10月海南成立了第一個抗日民主政權(quán)——文昌縣抗日民主政府。1941年5月后，先后建立了瓊山、瓊東等縣級政權(quán)。11月10日，瓊崖東北區(qū)抗日民主政府成立，馮白駒任主席。抗日民主政府不僅團結(jié)島內(nèi)傾向抗日的各民族、各階層人士，還積極主動地爭取海外愛國僑胞的支持和援助，感召他們?yōu)榭箲?zhàn)服務(wù)，或從政參軍，從而建立起更廣泛的抗日民族統(tǒng)一戰(zhàn)線。

1942年5月底日軍對根據(jù)地進行全面掃蕩，分割“蠶食”反復(fù)“清剿”。國民黨頑固派也不斷制造摩擦，海南抗戰(zhàn)進入困難階段。總隊靈活運用游擊戰(zhàn)，充分依靠包括黎、苗少數(shù)民族、僑胞在內(nèi)的人民力量，抗擊日軍5個警備隊6000余人和偽軍5000人的野蠻殘酷進攻。正如馮白駒事后回憶所說，“不是山藏人，而是人藏人”。共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的抗日武裝將日本侵略者陷入瓊崖人民戰(zhàn)爭的汪洋大海中。

1943年1月，總結(jié)了敵人大規(guī)模長時間的掃蕩特點，瓊崖特委及獨立總隊作出了“堅持內(nèi)線，挺進外線”的決策。第1支隊向西挺進，在儒萬山建立了抗日根據(jù)地。第2支隊第1大隊和瓊山基干大隊擴大瓊東南抗日根據(jù)地。后又轉(zhuǎn)戰(zhàn)數(shù)月，逐漸恢復(fù)了瓊(山)文(昌)抗日根據(jù)地，開辟了萬寧、陵水和保亭廣大游擊區(qū)，創(chuàng)建并鞏固了綠現(xiàn)山、儒萬山抗日根據(jù)地，將各抗日游擊根據(jù)地連成一片。

1944年初，瓊崖特委成立黎苗民族工作委員會，3月，成立黎族人民抗日后備隊，領(lǐng)導(dǎo)白沙黎族人民斗爭。1944年秋瓊崖總隊改稱廣東省瓊崖抗日游擊隊獨立縱隊(簡稱瓊崖縱隊)，馮白駒任縱隊司令員兼政治委員。

1945年7、8月，根據(jù)地軍民對日、偽軍實施反攻，攻克感恩、儋縣等縣城，解放全島三分之二的土地，100多座城鎮(zhèn)，100多萬人口。根據(jù)地從最初的僅限于東北部的瓊(山)文(昌)區(qū)和澄邁地區(qū)，擴大到全島的16個縣境。瓊崖縱隊從當年改編時的300人發(fā)展到7700余人，在6年多的艱苦斗爭中，共作戰(zhàn)2000余次，擊斃日、偽軍3500余人，堅持到抗戰(zhàn)勝利，完成了保島衛(wèi)民的歷史使命。